ChemDraw - программа рисования структурных формул

[EvgeniX]

Перепробовал различные рисовалки схем, наиболее удобной и красивой для меня оказалась ChemDraw из пакета ChemOffice. Однако всё же есть проблемы и с данной программой. Предлагаю делиться в данной теме секретами работы с программой ChemDraw.

Вопрос 01. Может быть кто-то знает из форумчан как сделать так, чтобы при рисовании различных экзотических структурных формул ChemDraw не добавляла лишние атомы водорода, т.е. вообще ничего лишнего не дорисовывало?

[Maryna]

А что, дорисовывает? Моя просто ругается (подчеркивает), если считает, что валентности не соблюдены

[EvgeniX]

А что, дорисовывает? Моя просто ругается (подчеркивает), если считает, что валентности не соблюдены

Чтобы не ругалась, достаточно выделить всё и убрать галочку Display Warnings. Если что-то ещё дорисовать, для нового фрагмента отображение ошибок опять включается.

Но вот если перенести или скопировать формулу с ненормальной валентность, и там и там появляются лишние водороды, на усмотрение программы.

[Cherep]

Вопрос 01. Может быть кто-то знает из форумчан как сделать так, чтобы при рисовании различных экзотических структурных формул ChemDraw не добавляла лишние атомы водорода, т.е. вообще ничего лишнего не дорисовывало?

АФАИК, если из Templates, то никак, ибо они там уже с ними. Правда я не пользовался кемофисом версии старше 8.0. В нём я рисовал структурки углеводов для дисера, риовал ручками, темплэйтами не пользовался. Ничего лишнего не добавлялось.

P. S. Под линем юзаю BKChem

[EvgeniX]

Рисую не из шаблонов. Только-что проверил, лишние водороды проставляются тогда, когда программа не может распознать атомы.

Например, создаю группу "CR3", пытаюсь от атома C нарисовать одинарную связь, получаю: "CH2R3-". Вот эти H2 я не добавлял, а "R3" считает за одну валетность. Но особенно сильно это раздражает, если выделить здоровенную схему, скопировать, и в старой и в новой версии появляются лишние атомы где попало.

Как бы вообще дорисовывалку вырубить. Использую ChemBioDraw 11.0

[Cherep]

Здесь у соседа 11-ый. Такого явления нет.
Может попробовать загрузить набор преднастроек, например для американского химического общества?

[Marxist]

Например, создаю группу "CR3", пытаюсь от атома C нарисовать одинарную связь, получаю: "CH2R3-". Вот эти H2 я не добавлял, а "R3" считает за одну валетность.

Дык это потому, что она распознаёт R3 как произвольный радикал №3. Странно, что вас это удивляет. Разрисуйте все связи, на каждую посадите по R -- будет вам щастье. Употребление сокращённой записи в структурных формулах -- вообще не дело.

[EvgeniX]

Здесь у соседа 11-ый. Такого явления нет.
Может попробовать загрузить набор преднастроек, например для американского химического общества?

Попробую.

Дык это потому, что она распознаёт R3 как произвольный радикал №3. Странно, что вас это удивляет. Разрисуйте все связи, на каждую посадите по R -- будет вам щастье.

CR3 задано в виде формулы, 3 находится снизу, так что вроде бы это не номер 3, а три штуки.

Употребление сокращённой записи в структурных формулах -- вообще не дело.

Другой пример - ClAlMe2, исправляется на ClAlHMe2. Если задаётся какой-нибудь гигантский металлорганический комплекс, всё подробно расписать экрана не хватит.

[Marxist]

CR3 задано в виде формулы, 3 находится снизу, так что вроде бы это не номер 3, а три штуки.

Вы уверены? А CF₃ она корректно распознаёт?

Другой пример - ClAlMe2, исправляется на ClAlHMe2.

Дык всё логично, у неё нет в базе группы Me как атома. То есть группа Me, даже если она есть, не может быть свёрнута подобно атому. Используйте функцию Condense или логически подобную ей, которая будет сворачивать обозначения. Если умеет, конечно. Или более корректно -- не пишите Me, а нарисуйте просто две палки от алюминия.

Если задаётся какой-нибудь гигантский металлорганический комплекс, всё подробно расписать экрана не хватит.

Да всё равно писать Ph₂ не в тексте -- порнография и противоречит духу структурных формул. Надо просто рисовать фенилы по отдельности.

[chem_vova]

Как бы вообще дорисовывалку вырубить

File-->Preferences: вкладка Building/Display, убрать флаг Automatically Rectify Hydrogens in Atom Labels

[EvgeniX]

chem_vova, Большое спасибо!

[Shlavik]

й лично я chemwin 3.1.4 пользуются для win 3.11 еще шел, как Мацкявичус научил так и пользуюсь


Супер вещь,подобных проблем не возникает вообще, файлы вектора, в ворд как родные встают, весят меньш е текстовых, суупер были бы еще слои и иллюстратор не пользовал бы сам он весит дискетку попробуйте понравится

[Cherep]

ндя...

мсье знает толк в извращениях

[Shlavik]

Зато она всегда со мной, есть кривая Безье (нарисую все что угодно) и исправить я могу на крайняк в windraw прямо в ворде, вернее это могут делать другие, конечно Дмитрий Александрович вешал за это на соседних с ИОХом столбах, но тем не менее!


Жаль только на 7 винде 64 бит он уже не ставится ине запускается!
Ну значит ради нее будем менять винду ))))

[Cherep]

фи... ворд

[Viksya]

й лично я chemwin 3.1.4

И я

[EvgeniX]

А ChemWind - это ChemWindow? Раньше тоже пользовался, получается менее красиво и менее "трёхмерно", чем в ChemDraw. Есть множество проблем со шрифтами, переносом в другие документы и т.п. Опять же, сложные структуры рисовать/вращать удобнее в ChemDraw.

[Cherep]

+1

[Shlavik]

А ChemWind - это ChemWindow? Раньше тоже пользовался, получается менее красиво и менее "трёхмерно", чем в ChemDraw. Есть множество проблем со шрифтами, переносом в другие документы и т.п. Опять же, сложные структуры рисовать/вращать удобнее в ChemDraw.

Проблем со шрифтами не встречал! ДА нужны кириллические шрифты та кони в нем есть!
Переносы В другие документы? Вам в chemdraw надо было пренести формулы да с этим будут проблемы!?
А в какие еще программы надо было перенести?
Он сохраняет в eps переносите хоть в illustrator да в любой вектор!

Вращать возможно, это в обще то не предназначено для 3-d визуализации, есть другие программы, но для рисования формул простых нормальны формул и в объеме тоже вообщем то тоже, крутим обычно в голове!

Что значит менее красиво??? Эта программа создна для химиков и при участии химиков и получается как раз красиво и классически!

[Marxist]

Красиво -- это по шаблону ACS