Библиотеки для расчёта потенциалов межмолекулярного взаимод.

[alien308]

Подскажите есть ли библиотеки для расчёта потенциала молекулярного и внутримолекулярного взаимодействия. Интересуют в первую очередь вода, азот, двуокись углерода, лёгкие углеводороды. Задачи геофизические температура -40..1200 C плотности от жидкого состояния до газа. Или может знаете как их выдернуть например из avogadro или другого свободного пакета.

[Marxist]

Эээ, может, я чего не понимаю, но расчёт потенциала -- это же самое простое, координаты подставляются в формулу. Вот параметры -- это дааа.

[alien308]

У нас физиков всё сферическое и в вакууме. Поэтому попытки общения с описаниями потенциалов и параметризацией геометрии молекул вызывает некоторый шок - ещё бывает в вакууме, но всегда почему то не сферическое. Может посоветуете пристойный букварь. Формулы при наличии параметров тоже подойдут. Пытался смотреть в исходный код avogadro, создалось впечатление бесконечности необходимого времени.

[Marxist]

http://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_mechanics

[Jeffry]

Посмотрите в Справочниках под ред. Глушко - Термодин. св-ва индивид. в-в.

Код: Выделить всё

http://free-books.dontexist.com/search?req=%D0%93%D0%BB%D1%83%D1%88%D0%BA%D0%BE+%D0%92.%D0%9F.&nametype=orig

Книга Морачевский, Сладков - там есть параметры межмол. взаимодействия Леннард-Джонса и др., даже методы их оценок.

Код: Выделить всё

http://free-books.dontexist.com/search?req=%D0%9C%D0%BE%D1%80%D0%B0%D1%87%D0%B5%D0%B2%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B9&nametype=orig

Есть такая база данных INFO - там есть параметры межмол. взиамод.

[alien308]

Marxist:
Пробовал уже ходить, до результата не добил. Всё больше ужасные монстры для расчета полипептидов и аналогично. Страшно аж жуть. Голова распухла в комнату не вмещается.
Под Force field понимают потенциал взаимодействия? Пишут сила - понимают энергия?

Jeffry:
Большое спасибо за Морачевского, пропустил как то.
Но необходимы верифицированные потенцилы для монте-карло, молекулярной динамики, расчёта вириальных коэффициентов.
Глушко - там термодинамические параметры, а не силовые или я не так смотрел?

[Marxist]

Пробовал уже ходить, до результата не добил. Всё больше ужасные монстры для расчета полипептидов и аналогично. Страшно аж жуть. Голова распухла в комнату не вмещается.

Что вы хотели этим сказать?

Под Force field понимают потенциал взаимодействия? Пишут сила - понимают энергия?

http://en.wikipedia.org/wiki/Force_fiel ... emistry%29
Потенциальная энергия рассчитывается с помощью силового поля, это просто набор параметров.

Но необходимы верифицированные потенцилы для монте-карло, молекулярной динамики, расчёта вириальных коэффициентов.

В википедии они перечислены. Посмотрите MMFF и GAFF.

[alien308]

Что вы хотели этим сказать?

Не разобрался, однако

Потенциальная энергия рассчитывается с помощью силового поля

Я всегда считал наоборот. Или под Force field понимают набор параметров с помощью которых можно вычислить как потенциал, так силу?

Посмотрите MMFF и GAFF.

Про ММFF читаю.
По GAFF в ambermd.org/antechamber/gaff.html не понял какого типа углерод в метане и углекислом газе, и какой кислород в воде. К роме того в этом документе не указали параметров A и B ответственных за межмолекулярное взаимодействие.

[Marxist]

Все методы молмеханики устроены приблизительно одинаково. Параметры и координаты подставляются в уравнение. По уравнению рассчитывается потенциальная энергия. Соответственно, сложная задача -- подбор параметров и ускорение расчёта, простая задача -- собственно расчёт энергии.

Силовое поле -- набор параметров и уравнений. Это написано в википедической статье Далось вам слово "сила" Впрочем, по энергии можно вычислить силу, если очень надо.

GAFF -- пример универсального и легко расширяемого поля. В биологических системах как-то редко встречаются метан и углекислый газ

Вам надо просто взять список силовых полей из той же википедии или какой-нибудь обзор по теме и выбрать подходящее.

[alien308]

Да, пробую.

[amge]

Может, Вам понравится силовое поле Дрейдинга. Оно реализовано, например, в MarvinSketch.

[alien308]

amge: Спасибо, смотрю.

avogadro вроде берёт силовые поля из библиотеки openbabel. Копаем дальше.

[VTur]

Обязательно посмотрите, на чём параметризованы силовые поля. Они только на этих молекулах и работают. Да и температурные поправки, ещё тот сифилис.

[anashkin]

Параметры для взаимодействий вытаскивал из этой программы:
http://towhee.sourceforge.net/
в архиве есть папка в которой содержится текстовики с параметрами для разных полей. Ссылки на источники есть на сайте.
В основном основаны на Леннард-Джонсе, хотя для углеводородов лучше подходит Букингем. для н-алканов - Jeffrey R. E. A new intermolecular potential model for the n-alkane homologous series / R.E. Jeffrey , A.Z. Panagiotopoulos // J. Phys. Chem. — 1999. — v. B103. — pp 6314–6322.
Если не заморачиваться тогда лучше использовать TraPPE для углеводородов. Пробовал параметры для азота, но ссылку не помню. ЛД его хорошо описывает. Для воды тоже различные поля есть, но с водой никогда не сталкивался.