требуется совет по РСА

[olgerdovich]

Уважаемые участники Форума,

Возник вопрос, в прнципиальной разрешимости которого я достоверно убежден, но как фактически достичь цели - я пес его знает.
Имеется кристаллографическая статья, в типичной акте кристаллографике 89-го года, в которой решена структура, приведены параметры ячейки, координаты атомов, длины связей, углы между связями, однако двугранные углы не приведены.

Меня интересуют как раз двугранные углы (точнее, этот угол и длина центральной связи, но последнее известно).

Какими средствами эту информацию можено извлечь?
Например, по приведенным данным сгенерировать CIF? Как? Где об этом прочитать? Через формульную единицу проходит элемент симметрии, как это учитывать, насколько это усложняет/упрощает задачу?

Моя квалификация: типичный химик-органик, CIF открыть-покрутить умею, даже просмотреть текстовым вьюером могу и понять, что это CIF, ума хватит, но не более того, т.е. в РСА - начинающий пользователь.

Попытка "в лоб" устроить .xyz-файл по координатам атомов реалистичного ответа не дала.

Если данный вопрос уместен в другом разделе форума - пожалуйста, сообщите.

UPD: уважаемые участники форума любезно предложили посмотреть собственно проблемный материал, который я с удовольствием прикрепляю.
В приложениии ПДФ статьи и перенабранные в файл txt координаты атомов, за исключением водородных, которые вообще неинтересны. Строго говоря, интересует вообще мелочь, тринирометанидный анион, образуемый атомами O1,O2,O3,O4,N2,N3,C8

[Ahha]

Попытка "в лоб" устроить .xyz-файл по координатам атомов реалистичного ответа не дала.

Сразу говорю, я не рентгенщик. Но вот эту фразу я просто не понял. Что значит "реалистичного ответа не дала"? Атомов слишком много, лениво все руками набирать или что? Я правильно понимаю проблему: есть набор коодинат, надо его визуализировать и померить двугранные углы, так? Или все сложнее?

[olgerdovich]

Я правильно понимаю проблему: есть набор коодинат, надо его визуализировать и померить двугранные углы, так? Или все сложнее?

Почти правильно, еще есть вопрос, как эти координаты понимать. Есть сведенный в таблицу набор координат, озаглавленный, "atomic coordinates", я его понимаю как координаты в долях параметров ячейки, но понимаю это только из контекста, поскольку если из этих координат составить xyz-файл, то получится нечто не из нашей Вселенной. Как прикрутить эти дробные координаты к параметрам ячейки (которая, что облегчает жизнь, орторомбическая, т.е. вся из себя прямоугольная) и получить координаты в ангстремах, чтобы померить углы - я не знаю. Топорно перемножив приведенную x-координату на a, y-координату - на b, а z-координату - на c, где a,b,c- параметры ячейки, и составив из полученных координат xyz-файл, я получил нечто уже из нашей Вселенной, т.е. длины связей уже порядка Ангстрема, но точные их значения явно неправильные.

Понятно, что вопрос исключительно технический (что что означает и что куда в какой файл поместить, чтобы его можно было обработать обычными визуализационными программами типа Mercury) и для специалиста в РСА не является вопросом, но поскольку я этими техническими приемами не владею, вынужден задавать вопрос общему разуму.

[endlesslake]

я в такой ситуации минимальный .res составлял, это казалось проще проще чем cif

CELL 0.71073 a b c alpha beta gamma
LATT -1

ATOM_LABEL 1 x y z
...

END

и открывал в меркури. Только для орторомбической группы нужно будет еще список операций симметрии добавить, хотя если формульная единица лежит на центре инверсии, то достаточно будет поменять LATT -1 на LATT 1, наверное

[Himera]

olgerdovich, в старых статьях координаты указывают по-разному, но скорее всего они указаны в долях параметров элементарной ячейки. Значит, Вы всё делаете правильно, но, наверное, не учитываете симметрию, которая размножает атомы внутри элементарной ячейки. Заниматься этим вручную -- довольно тоскливое занятие. Проще всего найти человека с доступом к Кембриджской базе данных и взять оттуда cif-файл, который потом построить в Mercury или другой любимой программе. Если нет такого человека, то, как уже посоветовали, делайте res, или просто выложите сюда набитые в текстовый файл координаты из статьи и саму статью.

[ИСН]

Если элемент - не центр, то нужны SYMM. Да и SFAC, по-хорошему... или меркури плюёт на это и сорта атомов определяет по именам?
Потом ведь вот это

Топорно перемножив приведенную x-координату на a, y-координату - на b, а z-координату - на c, где a,b,c- параметры ячейки, и составив из полученных координат xyz-файл

для орторомбической ячейки должно было сработать в точности правильно.
Покажите лучше данные как есть. Авось поймём.

[Himera]

для орторомбической ячейки должно было сработать в точности правильно.

не факт, что там приведён asymmetric unit. тогда и межатомные расстояния будут странными

[olgerdovich]

... или просто выложите сюда набитые в текстовый файл координаты из статьи и саму статью.

Покажите лучше данные как есть. Авось поймём.

Предложение привлекательное и здравое, пост апдейтнул

[ИСН]

tnm.xyz

[Himera]

вот ins и cif. Расстояния вроде бы правильные

[olgerdovich]

Коллеги, это грандиозно!
Чрезвычайно благодарен!

Пытаюсь понять, как это удалось сделать: у меня еще три таких статьи, из которых таким образом хотелось бы вытащить информацию, и алгоритм решения очень бы пригодился. Где об этом можно прочитать, по возможности - прошу прощения за низменно-потребительские запросы - в рецептурной форме?

В попытках понять, как это делается, хотел бы уточнить положение вещей с результатом.

Himera сгенерировал CIF, содержание которого мне кажется понятным за исключением раздела "_symmetry_equiv_pos_as_xyz" (как я понимаю, в этом самый смак! откуда эти выражения взяты? в статье я не смог их разглядеть. Откуда их берут в общем случае? какой синтаксис этого раздела? сущенственен ли порядок строк?) и колонки "_atom_site_occupancy" (почему такие значения? замена двоек на единицы не привела к изменению). В результате получилось половина формульной единицы с правильными расстояниями, чего мне вполне достаточно, и торсионные углы составили 83.3 и 5.5 градуса.

ИСН сгенерировал xyz-файл, в котором первые пятнадцать строчек соответствуют дробным координатам, умноженным на параметры ячейки, а следующие шесть строчек, очевидно, порождены операциями симметрии, но хотелось бы понять, как. В результате получилась полная формульная единица, с расстояниями, совпадающими с получаемыми из сгенерированного Himera cif-а. С двугранными углами остался один маленький вопрос. "Перпендикулярная" нитрогруппа имеет те же 83,3 градуса, а вот группа "в плоскости" к двум торсионным углам 5.2 и 5.8, какие получались и для cif от Himera, приобрела еще 9,3 и 9,9, и средний двугранный угол стал 7,5. Для моих целей точности вполне хватает, но непонятно, откуда взялось разночтение, поскольку из симметрии можно было бы ожидать просто повторения величин 5.2 и 5.8

Коллеги, еще раз благодарю за помощь, мои вопросы ни в коем случае не сочтите придирками, это просто желание разобраться и понять.

[Himera]

Вообще, я добавил к Вашему файлу с координатами несколько строк, чтобы получился ins-файл (он же res, который советовали выше), после чего преобразовал его в cif программой Cryscon. Думаю, что именно на этапе преобразования возникла одна неувязка: в cif-файле информация о преобразованиях симметрии имеет сугубо вспомогательное значение, так как программы ориентируются на символ пространственной группы. У Вас же сработали только преобразования симметрии, и атомов получилось вдвое меньше чем нужно. Попробуйте взять с кристаллографического сайта все преобразования симметрии. Для этого выберите свою пространственную группу (№62) и скопируйте координаты общей позиции (для группы Pnma это 8d, верхняя строчка в таблице). Тогда вместо четырёх преобразований будет восемь (их порядок не имеет значения), после чего и дополнительные углы появятся.

[olgerdovich]

Ага, точно, работает!
Механизм постепенно становится понятен
Спасибо!

[ИСН]

Я примерно так же, только ins обрабатывал более древними средствами. Только SHELX, только писать SYMM руками, только хардкор! А как же я догадался, какие там преобразования (в статье их нет, все группы на память я тоже не помню; могу нарисовать группу по названию, но это дольше возиться)? А вон, видите, у Вас несколько атомов имеют y=0.25. Случайно такого "не бывает". Они лежат на элементе симметрии. На каком? На плоскости же! (Если на оси - две координаты имели бы "круглые" значения; если в центре - все три.) Как преобразует пространство плоскость, проходящая по y=0.25? Известно как.
Ну вот и всё.

[avelon]

Возникла аналогичная проблема, помогите.
До этого не сталкивался с преобразованиями координат из старых статей, а достать cif пока никто не смог
в экселевском файле координаты и параметры ячейки уже выдернуты из статьи, а вот как составить res файл не особо понял

[Лечащий Врач]

Ловите CIF из Кембриджской базы. Учтите, что это нейтронография, т.е. длины связей с водородами преобразовывать не надо.

[avelon]

огромное спасибо