Центр тяжести

[ИСН]

Формула чего? Центра тяжести? Сложить координаты всех атомов, умноженные на их массы, и поделить на общую массу.

[Danaida]

Формула разложении вектора смещения по нормальным координатам. Например, с помощью линейной комбинации параметров (какой-то коэффициент умноженный на параметр и т.д., по аналогии разложения в ряд)

[ИСН]

Ах, это. Ну там нормальные координаты образуют какой-то базис, типа даже ортонормированный, и по нему можно разложить любой вектор. Помните линал? Скалярные произведения, овощи, рожь, вот это всё.

[Danaida]

Спасибо большое за помощь, буду думать

[amge]

Danaida, скажите, пожалуйста, какой алгоритм оптимизации использовался и почему Вы думаете, что получившийся в процессе оптимизации вектор смещения центра тяжести не случаен, а имеет какой-то глубокий смысл? Не пробовали ли смещать-вращать исходную молекулу как целое и снова запускать оптимизацию, воспроизводится ли при этом вектор смещения?

[Danaida]

Я запускаю оптимизацию в Prirode. Допустим у меня есть две молекулы: исходная этилен синглетный и конечная этилен триплетный. В этом случае происходит сильное изменение геометрии. Это сложный пример. Но для вывода данной формулы используется допущение, что изменение геометрии незначительно и получающиеся частоты постоянны. Сейчас у меня вопрос скорее математический. То, что Вы сказали тоже интересно, но я пока этого не пробовала

[ИСН]

Мы кагбе намекаем, что этот сдвиг (если он есть) не имеет никакого смысла, и думать о нём незачем. Просто сдвигаете центры молекул "до" и "после" в начало координат (если программа не делает этого сама), и всё.

[amge]

Я запускаю оптимизацию в Prirode.

Проверил. Похоже, Природа уже на самом первом шаге оптимизации переносит центр координат в центр масс и в дальнейшем там его и оставляет. Так что, правильно выбрав исходные координаты, можно получить какой угодно вектор смещения центра тяжести .

[Danaida]

Немного не по теме, но связано. Помогите, пожалуйста, разобраться. Как получилось такое выражение для потенциальной энергии исходя из рисунка, к1 - коэффициент жесткости связи, к2 - коэффициент жесткости изгиба молекулы

[ИСН]

Это рисунок либо бессмысленный, либо смысл его лежит в другой (непонятно какой) области.
Как этими координатами описать любое несимметричное искажение, например?

[rhezusfactor]

Нужна конкретная формула, которую непросто вывести, не могу найти на что опереться, чтобы было понятно

<R_цм> = Σ<r_i>m_i/Σm_i

[Danaida]

Здравствуйте, возник такой вопрос, подскажите если можете, пожалуйста. Мне нужно убедиться, что набор нормальных координат, который дает PRIRODA, ортогонален вращениям и трансляциям. Я понимаю, что нужно найти скалярное произведение вектора нормального колебания на произвольный вектор трансляции или вращения, а как в формульном виде это сделать я не могу понять

[rhezusfactor]

if
AB==(xa,ya,za)(xb,yb,zb)=xa*xb+ya*yb+za*zb=|A||B|cos (AB) = 0 then ортогонально.