интерпретация данных РСА

[dagellat]

Получил данные РСА в виде .cif файла, но раньше интерпретацией никогда не занимался. Ясно дело, нашел похожие статьи и все "по образу и подобию" Но не зная брода... Часто в статьях приводятся ORTEP-диаграммы, но после скачивания программа требует ключ, запрос по эл. почте ничего не дает. На форуме программа Olex2 упоминалась. Часто натыкаюсь на "метод наездника" или "структура уточнена методом" и т.п. На ликбез на страницах форума мне и надеяться не приходится. Буду признателен за любую информацию по теме, натолкните на работу в нужном русле!

[Vittorio]

попросите модераторов перенести тему в физхимию.
На форуме есть специалисты по РСА, но лучше было бы, чтобы тот человек, который делал работу - дал и интерпретацию результатов.

[dagellat]

Большое спасибо модераторам, тему перенесли в раздел "физхимия". Мы предлагали сотрудничество РСА-шникам: либо включаем в статью соавтором, либо энное количество "мертвых американских президентов" Но нет, хотят ВСЕ описание структуры забрать себе, а нам оставить "синтетическую часть" Т.е. пожинать плоды нашей работы будут совсем другие люди. Меня лично это не совсем устраивает. Но не только поэтому, я действительно хочу обучиться азам интерпретации данных РСА. Если есть (или готовится к выходу в свет) какой дельный мануал а-ля "самиздат" в области РСА, касающейся наших интересов, я его готов даже купить (за разумные деньги). Буду признателен за любую помощь: ORTEP, Olex2, методы расчета, уточнения, погрешности, всяческие эффекты и проч. Мануалы к первым двум программам есть, но нет общей картины понимания.
Прошу толпой не запинывать, с уважением Dagellat.

[sinigin]

Данные таблицы с кристаллографическими параметрами (по данным РСтА) и те же, но полученные из .cif - файла по Mercury или Olex2 могут не совпадать между собой. Подскажите, с чем это связано? Допустим, необходимо найти двугранный угол между плоскостями, какую программу лучше использовать, и правомерно ли указывать ско, которое выдает программа?

[ИСН]

Где, на каком файле, в чём не совпадают, и на сколько расхождение? Вообще-то там ничего нет, кроме элементарной геометрии, а в ней ошибиться трудно.
Но можно.

[sinigin]

Попалась как-то мне на глаза структура, для которой Mercury и Olex2 давали значения угла между плоскостями колец 19,62 и 19,63(10) соответственно. А в таблице было значение(также с ско) близкое, но не равное 19,63(10).
Как могут не совпадать расчетные данные с табличными? Можно ли "вручную" проверить расчет? И, если позволите, еще вопрос... В ряде случаев в статьях указывают величины углов до второго знака, и без ско, например, 21,42°. Не проще ли в этом случае воспользоваться Olex (предварительно удалив навсегда Mercury) и получить 21,42(11) ?

[amge]

Можно ли "вручную" проверить расчет?

Совсем вручную это муторно будет. Но у меня есть самописная программа, и, если предоставите геометрию, могу выдать еще одну независимую проверку.

[ИСН]

давали значения угла между плоскостями колец 19,62 и 19,63(10) соответственно

Дак это одно и то же. А если чуть-чуть отличалось ско - это может быть следствием разных округлений уже при его подсчёте.

[oleg77]

Все дело в том что CIF содержит округленные координаты атомов так что рассчитанные параметры будут немного отличатся от табулированных, которые рассчитаны из неокругленных координат. И еше, если параметры рассчитываются для симметрически зависимых атомов - полная матрица вариаций-ковариаций просто необходима.