расчеты в Olex2

[sinigin]

Имеется тригонально-бипирамидальная молекула Ar3ЭX2; арильные лиганды в экваториальном, Х-заместители в аксиальном положениях. Двугранный угол между одним из ароматических колец и плоскостью основания ЭС3 составляет 125,7Å
Хотя по Mercury получается 54,3Å (или 180-125,7) Как получить то же значение в Olex2?

[Лечащий Врач]

К модераторам: Olex2 - программа обработки рентгенодифракционных данных. Так что в физхимию, в физхимию.

К автору темы: а что мешает вычесть угол из 180?

[amge]

Как получить то же значение в Olex2?

Стал рассуждать. Что такое угол между плоскостями? Это угол между векторами нормалей. У каждой нормали два возможных направления. При одном из них угол будет от 0 до 90 град., при другом - от 90 до 180 град. Olex2 дает углы в обоих диапазонах. Значит, направление нормалей учитывается, и чтобы изменить угол на дополняющий до 180, нужно изменить направление одной из нормалей. Как изменить направление нормали? Попробовал изменить порядок выделения атомов, задающих плоскость, на противоположный. Проверил - не влияет. Видимо, нужно менять порядок нумерации атомов в файле.

Состряпал тестовую молекулу, NPh3, в которой один из фенилов отличается по ориентации от двух других.

NPh3.xyz

Провел в Olex2 плоскости через "основание" (С2-С3-С4) и через каждый из фенилов. Померял углы фенилов с "основанием". Два по 126 и один 54 град. Логично. Попробовал изменить направление всех нормалей, взяв зеркально-симметричную молекулу (в приложенном файле она идет следом). Не тут то было. Все три угла стали 54 град. Уже нелогично.
Вывод. Сделать как посоветовал уважаемый Лечащий Врач. Я понимаю так: углы 126 и 180-126 между плоскостями как геометрическими фигурами совершенно равноценны. Логичнее использовать меньшее значение, но в моем случае я бы записал 54, 54 и 126, чтобы подчеркнуть отличие одного из фенилов. Из изложенного выше следует, что Olex2 в этом вопросе доверять не стоит, нужно самому решать, брать ли выдаваемое значение или дополняющее до 180.

Попутно нашел небольшой баг. Если пытаться провести плоскость "основания" через 4 атома, добавив N1, то операция вылетает с сообщением о невозможность деления на ноль. Хотя очевидно, что провести плоскость через эти 4 атома можно.

Olex2 версии 1.2.3

[sinigin]

К автору темы: а что мешает вычесть угол из 180?

Мешает погрешность. Допустим угол 125,7(4), тогда 180-125,7=54,3(4)? Т.е. ско для угла АВ и 180-АВ (как образованными одними и теми же элементами) будет одинаково?
В расчетах двугранных углов в Olex2 есть еще одна интересная особенность: 30,0(2), 52,65(19) Стоит ли в статье для приведения к единообразию убирать один разряд в 52,65(19)? При этом придется пересчитывать ско.

[oleg77]

Olex2 использует стандартное правило когда погрешность приводится в интервале 2-19, так что 19 нужно оставить как есть.

[oleg77]

Попутно нашел небольшой баг. Если пытаться провести плоскость "основания" через 4 атома, добавив N1, то операция вылетает с сообщением о невозможность деления на ноль. Хотя очевидно, что провести плоскость через эти 4 атома можно.
Olex2 версии 1.2.3

Я проверил - ошибка возникает из-за того что Ni лежит прямо на центре плоскости... Вероятность этого в реальных структурах очень маленькая...