Конвертация из .out .log файла в .hin или похожие форматы

[Beir]

Приветствую всех участников. Возникла задача. Конвертировать из .out .log файла в .hin или .ml2
пробовал различные программы, все они написаны на основе openbabel.
Если конкретней, то мне нужно вытащить структуру молекулы и заряды атомов и типы связей. Остальное не требуется.
Конечная цель - докинг, а программа, поддерживает только .him .ml2 пишем её почти с нуля
Сама оптимизация проводится в гауссиане 09. базисы 6-311G 2d2p и 6-31g 2d2p

[Гесс]

дайте образцы .him и .ml2 файлов, хоть посмотреть формат для интереса.

[Beir]

В hyperchem`e работали ведь?)
и поменяйте пдф на хин и мл2)

[Гесс]

В hyperchem`e работали ведь?)

Неа. Я не знаю что есть в этой программе нужного мне счас.

Итааак, глядя в hin
Координаты и заряды можно достаточно просто выгрызти скриптом из гауссовского аутпута.
Первую колонку скрипт сможет создавать сам, вторую брать из аутпута, это тоже не проблема.
А вот дальше становится сложнее.
Информацию по connectivity дает например гаусвьювер (правда кажется без указания типа связи), но в аутпуте этой информации нет.
ТипАтомов (третья колонка) вы из гауссиана недостанете точно. Из кодов которые определяют такие типы атомов мне помнится antachamber емнип (я молдинамикой занимался полтора раза). Правда за ним всеравно приходилось проверять что он выбрал правильно. С другой стороны глядя в ml2 вам эта информация и ненужна.
Суммирая - вам нужно откуда то из внешнего кода, на основе геометрии, определить/принять типы атомов и соединяющих их связей. Я думаю стандартные конвертеры этого не сделают.

[amge]

Все что нужно умеет openbabel (сам, а не программы, на нем основанные)
babel file.log -ig09 -ohin > file.hin
babel file.log -ig09 -omol2 > file.ml2

[Beir]

Вопрос решен. И сделано это довольно шизофренично. Берем OpenBabel в инпут берем лог. в аут, к примеру хин. внимательно ищем строчку с генерированием 3д координат. конвертируем. потом убираем от туда галочку, и снова конвертируем. Все. хин файл готов. hyper chem способен определить типы связей, Заряды, расстояние, и прочее, сохранено на 99% процентов.