Я занимаюсь написанием программы симуляции электронной дифракции. Для этого требуются координаты всех атомов элементарной ячейки. Есть доступ к базе данных веществ, где все записи оформлены в виде CIF-файлов.
В кристаллографии не то то чтобы полный ноль, но пока есть существенные пробелы.
Вот пример фрагемнта CIF файла.
Код: Выделить всё
_space_group_IT_number 62
_symmetry_cell_setting orthorhombic
_symmetry_space_group_name_Hall '-P 2ac 2n'
_symmetry_space_group_name_H-M 'P n m a'
_cell_angle_alpha 90.0
_cell_angle_beta 90.0
_cell_angle_gamma 90.0
_cell_formula_units_Z 4
_cell_length_a 5.08442(16)
_cell_length_b 6.7376(2)
_cell_length_c 4.51384(13)
_cell_volume 154.630(8)
_[local]_cod_data_source_file ks0206.cif
_[local]_cod_data_source_block G23756_phase_1
_cod_original_cell_volume 154.63007
_cod_database_code 2300064
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
1 +x,+y,+z
2 -x+1/2,+y+1/2,+z+1/2
3 +x,-y+1/2,+z
4 -x+1/2,-y,+z+1/2
-1 -x,-y,-z
-2 +x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
-3 -x,+y+1/2,-z
-4 +x+1/2,+y,-z+1/2
loop_
_atom_site_label
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_U_iso_or_equiv
_atom_site_thermal_displace_type
_atom_site_occupancy
_atom_site_type_symbol
Fe1 0.18358 0.05714 0.33218 0.01379 Uiso 1.0 FE
Fe2 0.03352 0.25 0.84006 0.01379 Uiso 1.0 FE
C 0.89442 0.25 0.44869 0.03956 Uiso 1.0 C
loop_
_atom_type_symbol
FE
CСобственно возник ряд вопросов:
1. Каким образом, зная операции симметрии данной пространственной группы (_symmetry_equiv_pos_as_xyz) и координаты атомов построить элементарную ячейку. По идее в элементарной ячейке 16 атомов. Но как это понять из преобразований симметрии?
2. Обработка данного CIF-файла в сторонних программах (Mercury, Diamond, CrystalMaker) показала, что в элементарной ячейке 8 атомов типа Fe1, и по 4 атома Fe2 и С. Опять же как это посчитать?
3. Во всех программах есть три типа координат:
-Fractional (здесь все понятно: просто доли от параметров решетки)
-Ortogonal (умноженные на a,b и c)
-View (Вот с этим совсем непонятно. Это координаты для отображения в 3D-виде. По идее, в исходном примере все углы 90°. Поэтому картина в ortogonal и view должна быть одинаковая, ну может только разный поворот. Но по факту это не так. Где я ошибся?)
Очень надеюсь, что кто-нибудь поможет. Всю голову уже сломал. А вещи, видимо, простые.....
