Пересчёт кристаллографических координат

обсуждение вопросов физической химии и химической физики
physical chemistry and chemical physics: discussions for professionals
Ответить
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1369
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Пересчёт кристаллографических координат

Сообщение Vit Nhoc » Чт янв 26, 2017 12:22 pm

В кристаллографии часто требуется пересчитать “фракционные” (fractional) координаты атомов в декартовы, и наоборот. Я нашёл статью:

J. L. Sussman, S. R. Holbrook, G. M. Church, S. Kim. Acta Cryst., 1977, A 33, 800-804.

В этой статье приведены следующие формулы:
pap1.JPG
pap2.JPG
После долгих тестов я пришёл к выводы, что эти формулы вроде неправильные. Вот матрица для пересчёта фракционных координат в декартовы, которую мы нашли скорее эмпирически:
myformula.JPG
Не знает ли кто-нибудь, обсуждается ли где-нибудь в литературе ошибка в статье Susman-а и правильные формулы?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13068
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Пересчёт кристаллографических координат

Сообщение Гесс » Чт янв 26, 2017 1:35 pm

вот какой то кусок кода частично по теме...
https://books.google.de/books?id=VZfMBQ ... ))&f=false
Я бы не сказал что формулы Susman-а неправильные, они просто как-то хитро выкручены относительно привычных нам обозначений.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2046
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Пересчёт кристаллографических координат

Сообщение amge » Чт янв 26, 2017 3:30 pm

В той гниге, на которую указал Гесс, дается такая формула:
frac2dec.png
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1369
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Пересчёт кристаллографических координат

Сообщение Vit Nhoc » Чт янв 26, 2017 3:40 pm

У меня было много проблем из-за непоняток с обозначениями. Я думал, когда вектор умножается на матрицу, пишут слева вектор в виде вертикального стодбца, справа матрицу, и каждый элемент столбца умножается на соответствующую строку матрицы. Разве не так?
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2046
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Пересчёт кристаллографических координат

Сообщение amge » Пт янв 27, 2017 5:59 am

По сути правильно, но не в духе общепринятой терминологии. Согласно последней, чтобы умножение было возможно, число столбцов левого сомножителя д.б. равно числу строк правого. Т.е. когда вектор умножается на матрицу, его нужно записывать в виде строки, а не столбца, и результат будет строкой.

В формуле, которую я процитировал, вектор декартовых координат СХ получается в виде столбца. Чтобы получить его в виде строки, нужно применить известную формулу для транспонирования произведения:
(СХ)Т = ХТСТ

Кстати, если все правильно, Ваша матрица должна совпадать с транспонированной матрицей С.

Ответить

Вернуться в «физическая химия / physical chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 14 гостей