Рассчитывал ли кто-нибудь параметры ЯМР

[Kirchern]

Пытался кто-нибудь считать константы экранирования и константы спин-спинового взаимодействия. Может подскажете какие-нибудь методики.

[Nord]

Dalton такое умеет. Сам я не считал эти свойства, но видел ряд их публикаций.
Вообще говоря, там все весьма нетривиально, поэтому будьте очень внимательны. Кроме того, интерфейс программы весьма далек от интуитивного.

[Yurii]

Пытался кто-нибудь считать константы экранирования и константы спин-спинового взаимодействия. Может подскажете какие-нибудь методики.

В теме "Учет растворителя в гауссиане" я выкладывал статью по расчету ЯМР-параметров с моим участием (атомы Xe, F, C13).

[amge]

Константы экранирования (хим. сдвиги) умеют считать многие программы. Можно начать с той же Природы. В некоторых случаях для С и Н у нее получается очень неплохо (и ОЧЕНЬ быстро). Для F -плохо. В любом случае сначала стоит проверить - посчитать несколько родственных соединений, для которых есть экспериментальные хим. сдвиги, и сравнить. Базисы, обычно используемые в Природе (например, 3z и L2) вполне достаточны и для хим. сдвигов. А вообще часто используют специальные базисы (классика - IGLO II считается минимальным для C, IGLO III - для Н).

С константами спин-спинового взаимодействия ситуация гораздо хуже, с прямыми КССВ - более-менее, с дальними - швах. Считать КССВ могут немногие программы. DALTON, конечно же, и, вроде, gaussian. Требуется специальный подбор базисов и очень много ресурсов. В Иркутске живет большой специалист по расчету КССВ, г. Кривдин. Рекомендую с ним поговорить по этому поводу.

[Rusia]

да всякие кемофисы дают относительные результаты.

Всё зависит от того, насколько точные результаты вам нужны.

Завтра будет возможность даже выложить довольно простую программку, которая выдаёт относительно неплохие результаты, несмотря на свою старость.

Но это годится для лучшего отнесения в молекулах, рамер которых не большой. (хотя о размерах можно ещё поспорить )

[Kirchern]

Спасибо Rusia, этой программой мы тоже пользуемся. Однако расчет хим. сдвигов в ней проводится только по аддитивным схемам, в результате она выдает одинаковые хим. сдвиги для, например, цис-, транс- изомеров.

А может кто-нибудь ссылку дать на DALTON под WINDOWS, или таких в принципе нет?

[Nord]

Официальной сборки, видимо, не существует. Возможно, кто-то из энтузиастов собрал, но по-моему, поставить Linux сейчас много проще, чем собрать многие программы под Windows, да и работать будет побыстрее (главным образом, из-за использования "родного" окружения).

[Darth Vasya]

Вот уж не знаю насчёт "быстрее": у меня GROMACS под 32-битным линухом и 32-битной виндой/cygwin считает с одинаковой скоростью. Это, конечно, потому, что там все важные функции оптимизированы руками на уровне ассемблера, а вот если речь идёт а программе на, скажем, Фортране, то, конечно, под линуксом с ifort'ом оно побыстрее работать будет, чем cygwin/gfortran...

[Nord]

Цигвиновская трансляция имеет свойство замедлять работу, особо, при интенсивном вводе/выводе или при активном выделении/освобождении памяти. А так если программа в основном считает на FPU, особых различий быть и не должно.

[Darth Vasya]

Ну да, ввод-вывод и память, всё остальное зависит от компилятора. Кстати, интересно, насколько всё то же самое применимо к вайну

[Jeffry]

Пытался кто-нибудь считать константы экранирования и константы спин-спинового взаимодействия. Может подскажете какие-нибудь методики.

ChemSketch хорошо считает (по водороду и углероду). К тому же есть большая база данных (по С 13). HyperChem немного подвирает, но не слишком, к тому же позволяет более экзотичные расчеты сделать (по какому-нибудь фтору или фосфору).

[eukar]

Пытался кто-нибудь считать константы экранирования и константы спин-спинового взаимодействия. Может подскажете какие-нибудь методики.

ChemSketch хорошо считает (по водороду и углероду).

Давайте будем точны - не скетч, а HNMRPro/CNMRPro. Не смущайте народ. Скетч ЯМР не моделирует.

[Jeffry]

Да, я оговорился. Не полез смотреть названия программ. Просто все, что подключено к скетчу, привык скетчем же и называть. Там десятка полтора всяких программ. Правильнее было бы назвать это пакетом программ ACD (Advanced Chemical Developments).