Обзор по молекулярной динамике

[arkansas]

Подскажите, какую лучше всего почитать обзорную работу, где бы сравнивались результаты использования молекулярных моделей с различными силовыми функциями (жесткая, гибкая, поляризованная,..)?

[Darth Vasya]

ММ - область настолько объёмная (и бессистемная!), что вопрос бессмысленный, пока не уточните, какого рода системы собираетесь моделировать

[Marxist]

А я Вам и так скажу Чем больше в силовом поле параметров, тем медленнее расчёт и тем больше точность. В принципе можно начать с просмотра заголовков.

[arkansas]

Моделировать собрался простейшие жидкости при обычных температурах и давлениях. (Хотел было написать про воду, да призадумался: столько там нарыто и сделано, что свои пять копеек и захотел бы вставить - да некуда. Хотя тоже актуально, тем не менее.) Речь пойдет, по-видимому, о простых ассоциированных органических жидкостях типа легких спиртов и карбоновых кислот. А сравнение следующего плана: такой-то потенциал лучше описывает неупругое рассеяние нейтронов, такой-то - вязкость, диэлектрическую проницаемость, коэффициент самодиффузии, ИК-, Раман-спектр и т.д.

[Marxist]

Ни одна модель молекулы воды не описывает поведение жидкой воды с абсолютной точностью. Либо будут провираться экспериментальные константы, либо физическое поведение. Та же фигня, хотя и в несколько меньшей мере, будет проявляться и для лёгких жидкостей. Скажем, если Вы хотите подробно воспроизвести метанол, хорошо бы сравнить модели молекулы, аналогичные TIP3P, TIP4P и TIP5P для воды. Кстати, считается, что для разных моделей воды рекомендуются разные силовые поля. Посмотрите ещё парочку статей, что в обменнике ("модели воды" и "обзор по мд")

[Darth Vasya]

Поищите про OPLS (all-atom) + TIP5P или TIP5P-Ew и про AMOEBA (это Jay Ponder, автор TINKER'а). Остальные популярные модели (CHARMM, AMBER) сильно сфокусированы на моделирование биологических систем - белки, мембраны.