Брадикинин (Bradykinin) - MD

[velzev]

Дамы и Господа, появилась следующая задача:

Посчитать один геометрический параметр (расстояние между двумя атомам) в системе размером с Брадикинин (Bradykinin) [MW порядка 1200]. Желательно учесть сольвент (воду).
Возникла идея воспользоваться MD, как делают с белками, но у меня почти нет (практического) опыта.

Подскажите, пожалуйста, какую программу лучше использовать?
Спасибо

[Marxist]

AMBER, GROMACS, TINKER

[Darth Vasya]

Нет опыта - тогда тинкер для начала

[velzev]

А кто-нибудь работа(л/ет) с GROMOS96 или ADF?

[Marxist]

GROMOS96 -- это вообще-то силовое поле. Оно есть в громаксе. GROMOS же -- это, судя по всему, коммерческий форк громакса. ADF -- это для DFT, вы уверены, что ваиши расчётные мощности его потянут?

[velzev]

GROMOS96 -- это вообще-то силовое поле. Оно есть в громаксе. GROMOS же -- это, судя по всему, коммерческий форк громакса. ADF -- это для DFT, вы уверены, что ваиши расчётные мощности его потянут?

Ok. Это я называю то, что есть на кластере... Спасибо!

Нет опыта - тогда тинкер для начала

Спасибо за информацию про TINKER. Похоже подходит...