координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
Здравствуйте!
Помогите разобраться в таком вопросе: в каком формате хранятся координаты атомов в
cif файлах (файлы Кембриджской базы данных). Я предположил что это fractional coordinates (по-русски они, кажется называются косоугольные).
Попробовал сделать перевод из косоугольных в декартовы, как описано здесь http://en.wikipedia.org/wiki/Fractional_coordinates и сравнить
с тем, что получится, если сохранить cif-файл в формате pdb или mol. Оказалось, что они не совпадают
Возможно это связано с тем начало этих двух координатных систем не находиться в одной точке?
Если кто-нибудь сталкивался с данной проблемой, подскажите в чем дело.
Помогите разобраться в таком вопросе: в каком формате хранятся координаты атомов в
cif файлах (файлы Кембриджской базы данных). Я предположил что это fractional coordinates (по-русски они, кажется называются косоугольные).
Попробовал сделать перевод из косоугольных в декартовы, как описано здесь http://en.wikipedia.org/wiki/Fractional_coordinates и сравнить
с тем, что получится, если сохранить cif-файл в формате pdb или mol. Оказалось, что они не совпадают
Возможно это связано с тем начало этих двух координатных систем не находиться в одной точке?
Если кто-нибудь сталкивался с данной проблемой, подскажите в чем дело.
Absit invidia verbo
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
Было бы странно, если бы совпадали! Действительно, pdb не регламентирует ни положение, ни ориентацию молекулы.
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
При корректном экспорте координаты не должны меняться
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
А с чего им меняться? нули совпадают, преобразование координат однозначно
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
Нули не обязаны совпадать. Файл pdb ничего не знает о ячейке - почему бы ему не иметь ноль где-нибудь в другом месте? Да и ориентацию заодно.
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
С чего вдруг ему выбирать ноль и ориентацию? Принцип минимальных затрат. Можно ещё покурить код бабеля; кстати, я не удивлюсь, если ТС пользуется каким-то странным софтом, на что намекает "сохранить как", а у бабеля всё в порядке.
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
Ну, поехали абстракции. Ты мне будешь рассказывать, как работает кристаллографический софт? "C чего бы ему расстреливать мирную демонстрацию". Значит, было с чего!
Может быть, он приводит молекулу к главным осям. Может, хотя бы переносит её центр в начало координат. Это, например, чтобы облегчить сравнимость молекул, полученных из разных структур. Или из одной структуры, но в разных выборах ячейки.
Может быть, он приводит молекулу к главным осям. Может, хотя бы переносит её центр в начало координат. Это, например, чтобы облегчить сравнимость молекул, полученных из разных структур. Или из одной структуры, но в разных выборах ячейки.
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
На все эти предположения сразу следует ответный вопрос: "Зачем?". Просто софту для молекулярного моделирования такое продвинутое поведение несвойственно.
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
ИСН писал(а): Это, например, чтобы облегчить сравнимость молекул, полученных из разных структур. Или из одной структуры, но в разных выборах ячейки.
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
Тем не менее, это контринтуитивное поведение программы, вследствие чего жизнь усложняется, а не облегчается. Почему люди обязательно должны сравнивать молекулы, полученные из разных структур?
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
Затем, чтобы узнать, чем они отличаются. Да ёлки в рот! Это как раз интуитивное, а наоборот было бы контр. Описание целой структуры и описание молекулы - две разных абстракции, и то, что в одной из них является существенной частью (конкретно - вот эта информация о начале координат ячейки), в другой становится мешающим мусором. Это как ты хочешь пройти на Химфак, а тебе говорят нет, покажи-ка сначала паспорт, диплом, свидетельство о рождении, банковские документы. Ты такой - да вот же пропуск! А они такие - а неееет, это у вас контринтуитивное поведение, почему это Вы представляетесь там одним документом, а здесь другим...
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
А что, cif без преобразования сравнивать нельзя?
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
Нет. Может, там, кроме интересующей нас молекулы, ещё какая-то хрень. Может, ячейки разные. Мало ли.
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
А если по теме, проблема ТС непонятна. Форматы все вроде стандартизованы и описаны. Ему хочется парсер написать или преобразовать координаты или что?
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
Мне тоже не очень ясна подоплёка вопроса. Проверить правильность перехода к декартовым координатам? -- Так посчитайте межатомные расстояния, в прямоугольных координатах это просто.
Не знаю, насколько точна Википедия, но вот тут я в своё время выкладывал матрицу, которой сам пользуюсь. И да -- ИСН прав -- преобразование периодической системы к конечной (finite) не может быть однозначным.
Не знаю, насколько точна Википедия, но вот тут я в своё время выкладывал матрицу, которой сам пользуюсь. И да -- ИСН прав -- преобразование периодической системы к конечной (finite) не может быть однозначным.
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
Доброго времени суток!
А бабель еще не пробовал, благодарю за подсказку
Для чего это мне нужно? Объяснять долго, но все таки-попробую )
Мне нужно написать прогу для получения ближайшего окружения молекулы в кристалле, чтобы потом посчитать кой-какие характеристики,
типа межатомных расстояний и т.д. Да, я знаю, что многие проги это умеют, но мне это нужно проделать для ОЧЕНЬ большого количесства структур.
Поэтому решил написать сам). А поскольку я с кристаллографией не очень, то решил генерировать молекулы в меркури, сохранять координаты, и проверять себя по ним, т. е. правильно ли я выполнил симметричные преобразования. Только вот оказалось, что в сиф файлах косоугольные координаты, а в пдб - декартовы(, и переход за ними не такой уж однозначный.
такая вот подоплека вопроса)
P.S. Himera, благодарю за матрицу, буду смотреть.
Тем не менее, если экспортировать через Mercury, они меняются. Видимо ета программка ничего не знает о принципе минимальных затратПри корректном экспорте координаты не должны меняться
А бабель еще не пробовал, благодарю за подсказку
Для чего это мне нужно? Объяснять долго, но все таки-попробую )
Мне нужно написать прогу для получения ближайшего окружения молекулы в кристалле, чтобы потом посчитать кой-какие характеристики,
типа межатомных расстояний и т.д. Да, я знаю, что многие проги это умеют, но мне это нужно проделать для ОЧЕНЬ большого количесства структур.
Поэтому решил написать сам). А поскольку я с кристаллографией не очень, то решил генерировать молекулы в меркури, сохранять координаты, и проверять себя по ним, т. е. правильно ли я выполнил симметричные преобразования. Только вот оказалось, что в сиф файлах косоугольные координаты, а в пдб - декартовы(, и переход за ними не такой уж однозначный.
такая вот подоплека вопроса)
P.S. Himera, благодарю за матрицу, буду смотреть.
Absit invidia verbo
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
Попробовал переводить координаты через бабель - результат тот же(
В том смысле, что совпадает с Mercury.
Himera, попробовал посчитать по Вашей матрице, результат получился отличный от первых двух ,
кроме того первая координата получилась на порядок больше, чем нужно. У себя вроде ошибки не нашел.
Вопрос к кристаллографам: как можно учесть изменение начала координат в таком случае? или может кто-нибудь знает,
исходя из каких принципов происходит его перемещение? (e.g. в центр масс, в геометрический центр или еще как )
В том смысле, что совпадает с Mercury.
Himera, попробовал посчитать по Вашей матрице, результат получился отличный от первых двух ,
кроме того первая координата получилась на порядок больше, чем нужно. У себя вроде ошибки не нашел.
Вопрос к кристаллографам: как можно учесть изменение начала координат в таком случае? или может кто-нибудь знает,
исходя из каких принципов происходит его перемещение? (e.g. в центр масс, в геометрический центр или еще как )
Absit invidia verbo
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
У Вас с моей матрицей неправильные расстояния получились? Или просто отличные от других программ координаты? Если второе, то это нормально, поскольку каждая программа сама решает как направить декартовы оси. В моей матрице на месте остаётся ось 'c'. Оси 'a' и 'b' подстраиваются.
Исходя из элементов симметрии (кристаллографических). Для центросимметричных групп начало координат в центре инверсии, для нецентросимметричных регламентировано положение элементов симметрии (например, в группе P2 ось второго порядка должна иметь x=0, z=0). Наконец, в группе P1 начало координат может быть где угодно.Вопрос к кристаллографам: как можно учесть изменение начала координат в таком случае? или может кто-нибудь знает,
исходя из каких принципов происходит его перемещение? (e.g. в центр масс, в геометрический центр или еще как )
Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)
А вот интересно, нормально ли в данном случае работает мегапрога PLATON?
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 14 гостей