параметры взаимодействия между атомами C6H6 и H2

[mishacat]

Добрый день!
Задача: Необходимо получить параметры взаимодействия между атомами бензола и H2 для уравнения несвязанного взаимодействия Морзе.
Результаты расчётов, которые я хочу воспроизвести лежат здесь: http://onlinelibrary.wiley.com/store/10 ... 5822691583

Я легко воспроизвел результаты, представленные в Table S2 'The first-principles and Morse force field (eq.1)...',
но вообще не знаю как получить Van der Waals force field параметры, указанные в Table S4
Расчёты произвожу в ОRCА.

Спасибо за ответы.

[Ferom]

Ну и в чем проблема, где вопрос? Посмотрел данную работу, где были выполнены расчеты binding energy и фитинг результатов по формуле Морзе. Коэффициенты в формуле фитинга являются параметрами силового поля Морзе. При различных ориентациях молекул, например водорода, у авторов получались различные значения binding energy и соответственно коэффициентов силового поля. Что у Вас не получилось? Не проще ли написать письмо с Вашими вопросами самим авторам? Я думаю, что интерес, проявленный Вами к их работе, не оставит их безучастными.

[mishacat]

Авторы работы не отвечают на мои письма.
Спасибо за ответ. Могу ли я для фиксации атомов использовать процедуру constraint ?

[Ferom]

Я совсем не спец в ORCA, но посмотрев, тамошний мануал, думаю, что «6.2.6 Constrained
Optimizations» это ваш ответ. Не трудно догадаться, что если нужно что-то зажимать, то в обозначениях для %geom Constraints : «B» это связь, «A» – валентный угол, «D» – торсионный угол, «C» – декартова координата.

[mishacat]

Я совсем не спец в ORCA, но посмотрев, тамошний мануал, думаю, что «6.2.6 Constrained
Optimizations» это ваш ответ. Не трудно догадаться, что если нужно что-то зажимать, то в обозначениях для %geom Constraints : «B» это связь, «A» – валентный угол, «D» – торсионный угол, «C» – декартова координата.

Потестировал отцию Constrained - работает отлично.

Ну и в чем проблема, где вопрос? Посмотрел данную работу, где были выполнены расчеты binding energy и фитинг результатов по формуле Морзе. Коэффициенты в формуле фитинга являются параметрами силового поля Морзе. При различных ориентациях молекул, например водорода, у авторов получались различные значения binding energy и соответственно коэффициентов силового поля. Что у Вас не получилось?

Не получается получить значения параметров уравнения Морзе для атомов, например атома водорода в молекуле водорода и атомом углерода в молекуле бензола.
Подскажите, пожалуйста, методику расчёта коэффициентов, ведь даже при разных ориентациях молекул сохраняется влияние сторонних атомов. Я не совсем понимаю как получают "чистые" коэффициенты ур-я Морзе для пары атомов (того же атома водорода в молекуле водорода и атома углерода в молекуле бензола)

[Ferom]

Сложный вопрос Вы поставили. Можно придумать несколько способов, по которым определяются параметры потенциала Морзе. Думаю, что наиболее верный ответ Вы найдете у авторов. В приведенном Вами препринте статьи они дают ссылки на предыдущие работы (ссылки 12,14).

В качестве догадки… Они приводят несколько простых кластеров для определения параметров силового поля между отдельными атомами (кстати, параметры для взаимодействия Ar -- Ar наиболее легко проверяемы). Так вот они указывают для соответствующих атомов либо геометрию, либо гибридизацию. Например, если используется кластер с бором и кислородом (Figure S2(b)), то они в таблице S4 пишут «тригональная» геометрия. Думаю, что это означает следующее: взаимодействие водорода с бором - одно ребро треугольника, а взаимодействие водорода с кислородом - другое ребро треугольника в треугольнике B-O-H. Предполагаю, что для фитинга параметров потенциала Морзе двух атомов, к примеру B_2 --- H_A они используют энергии полученные в результате кв.хим. расчетов по Figure S6(d), где за расстояние фитинга принимают длину связи B-H. …но это только догадка… Повторюсь, что можно придумать и другие способы.

П.С. Почему Вас интересует именно потенциал Морзе?

[mishacat]

Спасибо за ответ. Сейчас перечитываю литературу по этой тебе. Упростил себе задачу хочу научиться получать параметры для потенциала Леннарда-Джонса