Autodock

[PAPA_312b]

Коллеги, кто нибудь пользуется программой Autodocktools? Обьясните для тупого - вкратце, у меня есть набор соединений - лигандов и рецептор, как посчитать параметры их взаимодействия и провести собственно докинг. Не нужно вдаваться в подробности - просто,
1. делаем то-то (там, строим грид или еще чего)
2. делаем то-то и т.д.
т.е. мне нужна пошаговая схема процесса

(все уже установлено - MGLTools, Phyton, CygWin и т.д.)
заранее спасибо

[Marxist]

А Вы проработали официальный тьюториал? там всё в подробностях разъяснено...

[PAPA_312b]

А Вы проработали официальный тьюториал? там всё в подробностях разъяснено...

У меня есть этот туториал, но он мне не помог
дело либо в ручках, мозгах или туториале.
Просто я думал, что кому-нибудь не в западло будет написать пару строчек чтобы мне помочь

[Marxist]

Ну если Вас устроит пара строчек, то пожалуйста, вот Вам последовательность, как я делаю:
1. Делаем pdbqt рецептора
2. Делаем pdbqt лиганда
3. Строим гриды
4. Проводим докинг.
Естественно, надо не забывать чистить входные файлы от левых типов атомов, проверять типы атомов при постройке гридов, внимательно смотреть на assignment подвижных и неподвижных частей... Впрочем, про это всё написано в тьюториале в таких подробностях, что даже китайцы и индусы почти не задают вопросов. Если Вы скажете конкретно, в чём Ваша проблема, будет лучше.

[PAPA_312b]

Ну если Вас устроит пара строчек, то пожалуйста, вот Вам последовательность, как я делаю:
1. Делаем pdbqt рецептора
2. Делаем pdbqt лиганда
3. Строим гриды
4. Проводим докинг.
......
Если Вы скажете конкретно, в чём Ваша проблема, будет лучше.

Спасибо, и этого хватит. просто сидел и тупил (настроения что-ли не было) не знал, с чего начать - вот и подумал спросить у народа

[Vanya Ivanov]

Обьясните пожалуста,

у вас что AutodocTools считает прямо Ki?
я работал с AutodocTools в ОС IRIX - эта программа готовит только грид рецептора и лиганда,
а так же просматривает резултаты докинга. Сам расчет конформаций и Ki, т.е. докинг, ведется программой
autodoc.
Вы работаете с autodoc в среде Cygwin?

[Marxist]

Плевать в какой среде, оценка энергии для каждой конформации есть в выходном файле

[Vanya Ivanov]

Я не много отстал. Вопрос не про среду для работы, а о том как получить правильно работающий софт.
Для Линукса - autodoc и AutodocTools - бесплатная лицензия, а за винтдовз-среду
нужно платить денежку. Я года три, как бросил докинг. Может этот софт устарел на
столько, что американцы уже отдают его бесплатно (в смысле сам - autodoc)?

[Marxist]

Autodock4 вышел в начале этого года и распространяется в виде исходников по лицензии GPL. Компилируется в любой ОС без особых напрягов. В старых версиях были какие-то напряги с лицензированием, потому что универ скриппса не давал вот такое простое разрешение на распостранение данной программы под GPL.

[A_D]

А чем нужно компилить исходник в винде? Вы не могли бы скинуть ссылку на скачку? Облазил весь сайт, найти не смог - учил дойч.

[Marxist]

gcc под Cygwin

[A_D]

А можно более подробно? Как выполнить эти пункты???

"1. Делаем pdbqt рецептора
2. Делаем pdbqt лиганда
3. Строим гриды
4. Проводим докинг."

[Marxist]

А можно более подробно? Как выполнить эти пункты???

Разве в мануале недостаточно подробно написано? времени его переводить для Вас щас нет, сорри. Если непонятно что-то конкретное -- обращайтесь

[A_D]

Вопрос очень глупый, не надо мне об этом напоминать(((
Как сделать pdbqt рецептора? Если можно, пошагово, типа : File -> Open -> ...
Английского я не понимаю напрочь(((
Если кто-то поможет, буду очень благодарен

[Marxist]

Скачайте MGL Tools и прочитайте тьюториалы. Там написано так, чтобы понимали тупые китайские студенты. Правда, самые тупые из них всё равно не понимают, но это уже не та проблема.

[Cherep]

По-хорошему эти все мануалы перевести бы на русский, да гдеж оно время то...

[Alchimik]

Ладно, спасиб ребята
я ужо разобралси дабным-дабно
Я просто тупил - бывает.
Другой вопрос - не хочет Autodock докить известные ингибиторы в активный центр металлоферментов - вот какая штука. И какой бы заряд я не ставил (ручками в .pdbqt файле) ни как. Кто нибудь имел успешные докинги с металлоферментами (например с цитохромами)?

[Marxist]

Кто нибудь имел успешные докинги с металлоферментами (например с цитохромами)?

Ну кто-то имел, у меня только теоретические знания. Там не надо ручками править заряд, там надо тип атома металла правильно поставить, и всё будет замечательно. И естественно, включать кофактор в состав рецептора. Возможно, придётся параметры силового поля где-нибудь надыбать (хотя для важнейших металлов они там есть).

[Alchimik]

Возможно, придётся параметры силового поля где-нибудь надыбать (хотя для важнейших металлов они там есть).

Они имеются для Са Mg в основном а мне нуно для Fe в цитохромах, в параметрах его относят к просто M - металл.
не хотят d-элементы работать и все

[Marxist]

Они имеются для Са Mg в основном а мне нуно для Fe в цитохромах, в параметрах его относят к просто M - металл.
не хотят d-элементы работать и все

А вы не пробовали использовать, к примеру, Dock? там вроде в дефолтном силовом поле есть параметры для железа. Другое дело, что там алгоритм докинга другой.

Вообще такой вопрос регулярно всплывает в их мэйл-листах.