гидрофильность/гидрофобность

[Dimpler]

Коллеги, не знает ли кто-то из вас, как количественно оценить гидрофильность/гидрофобность окружения какой-то заданной аминокислоты в белке. Пространственная модель имеется. В какой-то статье встретил такую штуку: брали число атомов углерода в окружении, из него вычитали число гетероатомов, и полученная циферка было гидрофобностью окружения. Но по-моему это лажа какая-то. У кого какие соображения? Заранее благодарен всем откликнувшимся.

[Polychemist]

Вроде есть такие программулины в сети в полудоступных или on-line вариантах. Точно не скажу, ибо сам не развлекался, соседи молекулярщики частенько по известным аминокислотным последовательностям чего-то такое считают, в частности смотрят, является белок мембранным, если да, то какие части в липидном бислое, какие - наружи. Вроде как у них есть сайт типа molbiol, где и есть ссылки.

[Dimpler]

Если не лень будет, спроси пожалуйста, а то прям невмоготу нада

[Polychemist]

Если не лень будет, спроси пожалуйста, а то прям невмоготу нада

Sorry,
я вдалеке от родной конторы, по мылу долго до них добираться, явно быстрее тут раскажут (в форуме): http://www.molbiol.ru/
а может там это уже и обсуждали.

[Polychemist]

Запрос послал, когда-нибудь будет ответ.

[Polychemist]

Вот чего мне огтветили:

Про белки - на сайте expasy.org Там есть Proteonomic sequece analisis tools

Удачи!

[Marxist]

Самый простой способ: взять хороший вьювер, типа VMD или NOC, и соответствующим образом раскрасить белок. Затем выделить сферу радиусом, скажем, 4 А (это проще сделать в VMD) и посмотреть, сколько тула попадает гидрофильных остатков, а сколько -- гидрофобных. Хотя это, конечно, ближе к качественой оценке -- но должно помочь.

[Dimpler]

Самый простой способ: взять хороший вьювер, типа VMD или NOC, и соответствующим образом раскрасить белок.

Это-то как раз сделать легко. Другой вопрос, приписать этой штуковине какую-то циферку. Проблема именно в этом

[Marxist]

приписать этой штуковине какую-то циферку.

А зачем?

[eukar]

Задача-то:

количественно оценить гидрофильность/гидрофобность окружения какой-то заданной аминокислоты в белке

[Marxist]

Всё равно не понимаю, зачем и для чего это может быть нужно. И какой количественный параметр вы все хотите видеть? Можно, например, посчитать количество контактов каждого рода, оценить для каждого из них энергию взаимодействия и т.д., но зачем? Обычно того, что можно увидеть из умно построенной картинки, вполне достаточно...

[Dimpler]

Всё равно не понимаю, зачем и для чего это может быть нужно.

Чтобы строго обосновать мутацию данной аминокислоты на гидрофильную или гидрофобную, а не тыкать в картинку из вьювера и говорить, что тут больше половины гидрофобных аминокислот, а тут - нет.

[Marxist]

сдаётся мне, что строго это обосновывать (числом ) -- занятие бесперспективное... Впрочем, это моё личное мнение... Вообще, обосновать любую мутацию можно словами типа "вот заменим D на R и у нас это изменит заряд" и т.д. Все эти параметры окружения --- вполне качественные. На уровне "больше-меньше"...

[Dimpler]

Все эти параметры окружения --- вполне качественные. На уровне "больше-меньше"...

Ну почему же... Отнюдь... Вон на молбиоле как-то посчитали изменение свободной энергии при переносе а/к из неполярного растворителя в воду. Хотя из какого неполярного растворителя и как они считали - непонятно Правда численные значения не приводят, есть только относительная шкала.

[Marxist]

Ну вот, вполне качественная шкала. А если бы были количественные способы, наверняка бы их использовали при моделировании белков. Однако в классической статье Шали и Бланделла ни слова про гидрофильность и т.д. нет. Есть только взаимодействия зарядов, длины связей и т.д.

[Enzyme]

Идете на ФББ, ловите за шкирку любого студента 1-2 курса и ставите ему пиво)))) Все посчитает))))))))

[Nice Guy]

может не очень в тему, но типа параметров-ганжа есть в фёрште - там и для вода-октанол, и вода-вакуум. но это палево полное. надо считать какими-то не очень хитрыми программами
ой, опоздал на полгода

[Dimpler]

Угу, уже в курсе