Расчёт параметров кинетики роста бактерий

[Demiurg]

Здравствуйте уважаемые участники форума!

Понимаю, что вопрос непрофильный для форума, в общем-то. Но просто не знаю куда ещё можно обратиться с моим вопросом (молбиол в последнее время совершенно деградировал).

На основании данных по измерению светорассеяния (длина волны - 600 нм) бактериальных суспензий нужно рассчитать параметры кинетики роста бактерий.
И если с кое-какими интересующими меня параметрами я уже разобрался (продолжительность лаг-фазы, время удвоения в экспоненциальной фазе роста, скорость роста в экспоненциальной фазе), то как рассчитать продолжительность экспоненциальной фазы роста (она же лог-фаза) я не знаю

Насколько мне известно готовых решений (реализованных в виде того или иного софта) для определения параметров бактериального роста не существует до сих пор (несмотря на полную теоретическую разработку этого вопроса). Да, есть всякие программки (реализованные либо на питоне, либо в командной строке), одной из которых я и пользуюсь. Но она как-раз таки не рассчитывает продолжительность лог-фазы роста...

Кинетические кривые, которые я получаю, имеют вид, как на рисунке. Интервал между измерениями составлял 15 мин.

Буду благодарен любой помощи!

Спасибо!

[bigM]

если вы имеете в виду точку, где логарифмическая функция выйдет на плато, то я бы исходил из условия, что в точке перехода разница между значениями второй производной (ускорение в данной точке) от найденной логарифмической функции в точках tx и t(x-1) была равна нулю или мало от него отличалась.

[bigM]

собственно основная сложность знать основание логарифма...

[Demiurg]

Спасибо!

Мне хотелось бы определить продолжительность фазы exponential (что на рисунке).

Логарифм в данном случае натуральный, с основанием 2,71828.

Ось Y также можно представлять в виде ln(Yi/Y0), т.е. виде нормированного значения ростового критерия (в моём случае ростовым критерием является измерение во времени значения OD 600). В этом случае кривые роста будут идти из начала координат, что облегчает их сопоставление.

[bigM]

из вашего графика не следует, что экспоненциальный участок является экспоненциальной функцией. мне кажется, он линейный, а вся кривая напоминает сигма-функцию.

[bigM]

если допустить, что на этом интервале функция линейна (окололинейна), то первая производная меняться не будет (будет изменяться незначительно).