Симметрия лимонной кислоты

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
Kolyuchii.exe
Сообщения: 34
Зарегистрирован: Чт янв 19, 2006 7:27 pm
Контактная информация:

Симметрия лимонной кислоты

Сообщение Kolyuchii.exe » Сб янв 28, 2006 8:10 pm

Вот раз уж тут про органику, то ответьте мне, молекула цитрата симметрична относительно поперечной оси симметрии или нет. Собака в том, что от этого зависит решение задачи о количесве оборотов ЦЛК, необходимого для полного расходования одной молекулы пирувата.
Жду ответа, как парус ветра

Аватара пользователя
pH<7
Сообщения: 4236
Зарегистрирован: Ср апр 21, 2004 6:48 pm
Контактная информация:

Сообщение pH<7 » Сб янв 28, 2006 9:08 pm

Вы сами поняли, что написали?

Лимонная кислота ахиральна.

Cherep
Сообщения: 23438
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Симметрия лимонной кислоты

Сообщение Cherep » Вс янв 29, 2006 5:18 am

Kolyuchii.exe писал(а):Вот раз уж тут про органику, то ответьте мне, молекула цитрата симметрична относительно поперечной оси симметрии или нет. Собака в том, что от этого зависит решение задачи о количесве оборотов ЦЛК, необходимого для полного расходования одной молекулы пирувата.
Я что то не знаю такого термина "поперечная ось симметрии".

Молекула лимонной кмслоты действительно ахиральна. АФАИК, лимонная кислота взаимодействует с хиральным активным центром фермента акотиназы только одной из двух СН2СО2 групп - той, на которую потом ОН-группа мигрирует и которая "пришла" в лимонную кислоту не из пирувата, а из оксалоацетата.

См. например, А. Ленинджер Основы биохимии, том 2, стр 491-493

Аватара пользователя
nedorazumenie_06
Сообщения: 28
Зарегистрирован: Сб янв 28, 2006 12:45 am
Контактная информация:

Сообщение nedorazumenie_06 » Вс янв 29, 2006 11:11 am

пью джин с тоником

Kolyuchii.exe
Сообщения: 34
Зарегистрирован: Чт янв 19, 2006 7:27 pm
Контактная информация:

Сообщение Kolyuchii.exe » Вс янв 29, 2006 10:22 pm

Мне представляется, что вопрос о правильности постановки вопроса с грамматической точки зрения, удел либо литераторов, либо людей в возрасте, но не в этом суть. Моя проблемма исчерпывается лишь выяснением симметрии лимонной кислоты.
Постараюсь ещё раз ПРАВИЛЬНО поставить вопрос:
Сколько циклов трикарбоновых кислот потребуется для ПОЛНОГО (до последнего атома) расзодования ОДНОЙ молекулы ацетила - КоА.
Думается мне, что в случае асиметрии ЛК на это потребуется всего два цикла (оборота) ТКК. В противном случае, эта задача не имеет решения.
Заранее спасибо.
Жду ответа, как парус ветра

Acid_rain777
Сообщения: 59
Зарегистрирован: Ср дек 07, 2005 2:40 am

Сообщение Acid_rain777 » Пн янв 30, 2006 2:00 am

Сколько циклов трикарбоновых кислот потребуется для ПОЛНОГО (до последнего атома) расзодования ОДНОЙ молекулы ацетила - КоА.
До сегодняшнего дня был ОДЫН. :!:
В противном случае многовато молекул АТФ синтезируется.
А вообще чё этот пост делает в разделе "Органическая химия"?
Per aspera ad astra!

Cherep
Сообщения: 23438
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Пн янв 30, 2006 3:33 am

Acid_rain777 писал(а): До сегодняшнего дня был ОДЫН. :!:
В противном случае многовато молекул АТФ синтезируется.
А вообще чё этот пост делает в разделе "Органическая химия"?
Почему один?
Вновь пришедший в цикл пируват переходит в сукцинат в первом цикле, а потом в оксалоацетат. Учтите, что ферменту сукцинат дегидрогеназе абсолютно по-баробану, какую из СН2СО2Н групп окислять (а ведь только одна из них пришла из пирувата).

Потом идёт второй цикл, в котором кусок пришедший из пирувата начинает расходоваться.

Upd: И где в цикле трикарбоновых кислот синтезирутся АТФ? Разве не ГТФ?

В "органике" он сидит, потомучто выясняем есть ли у молекулы "поперечная ось симметрии". Таковою ось пока не нашли. :mrgreen:
Но там не совсем понятно, что их препод имел ввиду.

Критики политики модерирования могли бы поискать оси симметрии вместо того чтобы нарушать правила.
Последний раз редактировалось Cherep Пн янв 30, 2006 3:59 am, всего редактировалось 1 раз.

Cherep
Сообщения: 23438
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Пн янв 30, 2006 3:46 am

Kolyuchii.exe писал(а):Мне представляется, что вопрос о правильности постановки вопроса с грамматической точки зрения, удел либо литераторов, либо людей в возрасте, но не в этом суть.
Ну хорошо, я бюрократ. Найди ка мне такой научный термин "поперечная ось симметрии".

Там не в грамматике дело, понимаешь.

Acid_rain777
Сообщения: 59
Зарегистрирован: Ср дек 07, 2005 2:40 am

Сообщение Acid_rain777 » Пн янв 30, 2006 5:39 am

Почему один?
Вновь пришедший в цикл пируват переходит в сукцинат в первом цикле, а потом в оксалоацетат. Учтите, что ферменту сукцинат дегидрогеназе абсолютно по-баробану, какую из СН2СО2Н групп окислять (а ведь только одна из них пришла из пирувата).

Потом идёт второй цикл, в котором кусок пришедший из пирувата начинает расходоваться.
Так,еще раз.
Цикл трикарбоновых кислот (оный же цикл Кребса,оный же цитратный цикл) начинается c реакции ацетил-КоА со ЩУКом.В результате образуется цитрат.Здесь наверное и собака зарыта с "поперечной осью симметрии" (я тоже первый раз встречаю такой термин).Что,могут образовыватся "разные цитраты"?Нет,так как лимонная кислота не имеет энантиомеров.
Дальше этото цитрат подвергается всяким
превращениям с морем ферментных комплексов.В конце высвобождается та же ЩУК, кот вступает в новый цыкл с новым ацетил-КоА и т.д.Вот и весь Кребс: 1 ацетил-КоА в 1 цикле.Пирувата в ЦТК нет!Ацетил-КоА,кот поступает в ЦТК образуется при окислительном декарбоксилировании пирувата в аэробных условиях , но этот процесс к циклу ТК не относится.И что у вас за цикл такой с пируватом?
И где в цикле трикарбоновых кислот синтезирутся АТФ? Разве не ГТФ?
Конечно, образуется 1 ГТФ.Где-то там на стадии субстратного фосфорилирования.
А куда деваются уже указанные вами восстановленые дегидрогеназы НАДН2 и ФАДН2?Уж не в дыхательную ли цепь,где они отдают Н и превращаются вновь в окисленные формы(НАД+ и ФАД+).При этом из одной НАДН2 получается 3 молекулы АТФ,а из одной ФАДН2 2 мол-лы АТФ (так называемая укороченная цепь).Я не помню энергетический выход ЦК,но если бы в нем образовывалась бы одна паганая ГТФ,то нафик он был нужен.

И что этот флуд делает на органике..?
Ладно,пойду я уже баи-баюшеньки..
Adios,amigos!
Per aspera ad astra!

Iskander
Сообщения: 3152
Зарегистрирован: Чт июн 30, 2005 6:45 pm

Сообщение Iskander » Пн янв 30, 2006 10:49 am

Эх, флудить так флудить.
С формальной точки зрения лимонная кислота может иметь оптические изомеры.
Симметрия может нарушится при переведении её в кислую соль, скажем в гидроцитрат калия, неполный эфир или амид.

Хотя искать оптические изомеры у самой кислоты конечно не стоит :)

Cherep
Сообщения: 23438
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Пн янв 30, 2006 12:35 pm

Acid_rain777 писал(а): Здесь наверное и собака зарыта с "поперечной осью симметрии" (я тоже первый раз встречаю такой термин).Что,могут образовыватся "разные цитраты"?Нет,так как лимонная кислота не имеет энантиомеров.
Аллиловый спирт тоже ахирален и имеет плоскость самметрии. При этом с хиральным катализатором (имеется ввиду эпоксидирование пр Шарплессу) он взаимодойствет предпочтительно одной стороной. Тебя это не удивляет?

Будь добр, посмотри ссылку на учебник Ленинджера. Там описан эксперимент с пируватом, меченым изотпом углерода и рассказывается о судьбе AcSCoA (из пирувата полученом) в цикле Кребса. И приводится обоснование, почему.
См. например, А. Ленинджер Основы биохимии, том 2, стр 491-493
Upd: Кстати вот ещё что!
Биохимики, ПМСМ, упускают ещё один момент, почему именно та СН2СО2 группа, которая образовалась из оксалоацетата окисляется акотиназой, а не другая.
Очевидно, энзим, который синтезирует цитрат из ЩУК и AcSCoA проводит в какойто мере энантиоселективное присоединение AcSCoA к карбонильной группе оксалоацетата.

Но это проявляется, когда AcSCoA имеет изотопную (углеродную) метку и таким образом цитрат становится хиральным.
И синтезируется предпочтительно один энантиомер. Тот, у которго СН2СО2 группа, пришедшая из ЩУК, окисляется акотиназой.

(блин, запарился эту фразу писать несколько раз)

Точнее говоря, может гдето это и написано прямым текстом, но я не видел.

Однако, повторюсь ещё раз. Аконитаза имеет возможность селективно окислять лишь одну из СН2СО2 ахиральной лимонной кислоты. Почему - см в книжке.
Acid_rain777 писал(а): Вот и весь Кребс: 1 ацетил-КоА в 1 цикле.Пирувата в ЦТК нет! Ацетил-КоА,кот поступает в ЦТК образуется при окислительном декарбоксилировании пирувата в аэробных условиях , но этот процесс к циклу ТК не относится.И что у вас за цикл такой с пируватом?
Да, тут я оговорился. В цикле кребса пирувата конечно же нет.
Однако первонвчально моя фраза звучала так.
лимонная кислота взаимодействует с хиральным активным центром фермента акотиназы только одной из двух СН2СО2 групп - той, на которую потом ОН-группа мигрирует и которая "пришла" в лимонную кислоту не из пирувата, а из оксалоацетата.
Имелось ввиду, что пируват превращается в AcSCoA вне цикла Кребса, который и реагирует с оксалоацетатом (в твой терминологии ЩУК). В итоге речь идёт о СН2СО2 группе лимонной кислоты, которая пришла __изначально__ из пирувата.
Acid_rain777 писал(а): А куда деваются уже указанные вами восстановленые дегидрогеназы НАДН2 и ФАДН2?Уж не в дыхательную ли цепь,где они отдают
А, ну так это уже вне цикла Кребса.

Уф, сколько органических терминов.
Хиральный, ахиральный, прохиральный, энантиоселективный :mrgreen:

Acid_rain777
Сообщения: 59
Зарегистрирован: Ср дек 07, 2005 2:40 am

Сообщение Acid_rain777 » Пн янв 30, 2006 8:43 pm

Симметрия может нарушится при переведении её в кислую соль, скажем в гидроцитрат калия, неполный эфир или амид.
На флуд отвечу флудом:такого в Кребсе нет.
Аллиловый спирт тоже ахирален и имеет плоскость самметрии. При этом с хиральным катализатором (имеется ввиду эпоксидирование пр Шарплессу) он взаимодойствет предпочтительно одной стороной. Тебя это не удивляет?
"предпочтительно одной стороной"-это как?Преобладает какой-то один из энантиомеров?Какой именно (мне впадло копатся)?
Будь добр, посмотри ссылку на учебник Ленинджера. Там описан эксперимент с пируватом, меченым изотпом углерода и рассказывается о судьбе AcSCoA (из пирувата полученом) в цикле Кребса. И приводится обоснование, почему.
Ой,еще в Ленинжера лезть..Стоит ли? Хочешь продолжить дисскусию?Я написал то, что знал так.
Очевидно, энзим, который синтезирует цитрат из ЩУК и AcSCoA проводит в какойто мере энантиоселективное присоединение AcSCoA к карбонильной группе оксалоацетата.

Но это проявляется, когда AcSCoA имеет изотопную (углеродную) метку и таким образом цитрат становится хиральным.
И синтезируется предпочтительно один энантиомер. Тот, у которго СН2СО2 группа, пришедшая из ЩУК, окисляется акотиназой.

(блин, запарился эту фразу писать несколько раз)
Что поделаешь,для такого слабоумного биохимика как я можно написать n-нное количество раз, я не против.
Да,с данными эксперимента с изотопной меткой я согласен (верю на слово).Но это наверняка делалось in vitro, а в здоровом живом организме изотопных меток-то нет!Вот и получается,что образуется один-единственный цитрат без всяких там левых энантиомеров.Когда я об этом говорил,я имел в виду ЦК in vivo, т.е. так как он проходит у нас с вами.
А, ну так это уже вне цикла Кребса
Да, в дыхательной цепи,косвенно,но всё же ЦК много учавствует в синтезе АТФ.Вот такое сопряжение процессов:я тебе восстановленные дегидрогеназы, ты мне АТФ.
Per aspera ad astra!

Cherep
Сообщения: 23438
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Пн янв 30, 2006 10:01 pm

Acid_rain777 писал(а):
Аллиловый спирт тоже ахирален и имеет плоскость самметрии. При этом с хиральным катализатором (имеется ввиду эпоксидирование пр Шарплессу) он взаимодойствет предпочтительно одной стороной. Тебя это не удивляет?
"предпочтительно одной стороной"-это как?Преобладает какой-то один из энантиомеров?Какой именно (мне впадло копатся)?
Ну чтож тебе всё лень то. Да, преобладает один из энантоимеров. Причём с офигенным ее.
Гугл рулит.

Изображение

Тебя не удивляет, что в этом эпоксидировнии хиральность катализатора определяет хиральность продукта?
По-моему тут есть параллель и с цитратом, который тоже ахирален. Да, он не плоский, но его связывание с аконитазой определяется определённым положением в пространстве СН2СО2Н, ОН, СО2Н групп - либо по часовой, либо против часовой стрелки. С терминами про-(R) и про-(S) ты ведь знаком?
Кстати, наверняка есть структурные даннные по оному ферменту - там точно можно увидеть как субстрат связывается.
Acid_rain777 писал(а): Да,с данными эксперимента с изотопной меткой я согласен (верю на слово).Но это наверняка делалось in vitro, а в здоровом живом организме изотопных меток-то нет!Вот и получается,что образуется один-единственный цитрат без всяких там левых энантиомеров.Когда я об этом говорил,я имел в виду ЦК in vivo, т.е. так как он проходит у нас с вами.
А механизм то разве не один и тот же? ) Что с меткой, что без метки.

К томуже боюсь, что задача составлена по мотивам in vitro исследований.

Более того, если принять во внимание твои утверждения (к сожалению, ничем не обоснованые :wink: ), что аконитазе всё-равно, какую СН2СО2Н группу окислять, то тогда она окислит половину тех, которые пришли в цитрат из AcSCoA и половину тех что пришли в цитрат из ЩУК. Таким образом, часть остатков пирувата (или точнее AcSCoA) всё равно пойдёт во второй цикл.
Поэтому твой ответ
Acid_rain777 писал(а):
Сколько циклов трикарбоновых кислот потребуется для ПОЛНОГО (до последнего атома) расзодования ОДНОЙ молекулы ацетила - КоА.
До сегодняшнего дня был ОДЫН. :!:
какбы неверен :?

Я сделаю эту тему видимой и тут и в биохимии.

Аватара пользователя
pH<7
Сообщения: 4236
Зарегистрирован: Ср апр 21, 2004 6:48 pm
Контактная информация:

Сообщение pH<7 » Вт янв 31, 2006 1:13 am

Хиральность катализатора - это да, но всё-таки катализатор на стадии внедрения кислорода связан с аллиловым спиртом.

Acid_rain777
Сообщения: 59
Зарегистрирован: Ср дек 07, 2005 2:40 am

Сообщение Acid_rain777 » Вт янв 31, 2006 2:11 am

Ну чтож тебе всё лень то.
Почем знаешь?
Тебя не удивляет, что в этом эпоксидировнии хиральность катализатора определяет хиральность продукта?
Хотелось бы на механизм взглянуть,а потом уже нижнюю челюсть отваливать.
По-моему тут есть параллель и с цитратом, который тоже ахирален. Да, он не плоский, но его связывание с аконитазой определяется определённым положением в пространстве СН2СО2Н, ОН, СО2Н групп - либо по часовой, либо против часовой стрелки
По-моему, сначала речь шла о цитрат-синтетазе (или как там ее).
Теперь выясняем о аконитазе?Судя по этой аналогии, ахиральный цитрат связывается с аконитазой и в результате реакции образуется хиральный продукт -изоцитрат (какой из энантиомеров?).Наверняка благодаря спец пространственному расположению цитрата в АЦ аконитазы (да уж хотелось бы увидеть картинку или чё-то подобное).Но только какое отношение к этому имеет количество ЦК?Всё это происходит в одном отдельно взятом цикле.
Более того, если принять во внимание твои утверждения (к сожалению, ничем не обоснованые ), что аконитазе всё-равно, какую СН2СО2Н группу окислять, то тогда она окислит половину тех, которые пришли в цитрат из AcSCoA и половину тех что пришли в цитрат из ЩУК. Таким образом, часть остатков пирувата (или точнее AcSCoA) всё равно пойдёт во второй цикл.
Я пытаюсь расчехлять логически,может поэтому и не обоснуюсь Ленинджером или чем-то еще.
Какой ацетил-КоА на стадии действия аконитазы?Ацетил-КоА исчезает еще при действии цитрат-синтетазы.При этом образуется КоАSH.Это кофермент (поэтому обсуждать его развал бессмысленно),кот дальше учавствует в реакциях этого же цикла.По сути ацетил-КоА "до последнего атома" в ЦК не разваливается.Речь идет о развале ацетил-КоА на две части?Кофермент ведь остается!
Насколько мне помнится из цикла в цикл форсирует только ЩУК,но не как ацетил-КоА.Разве что этот же КоАSH потом с новым пируватом совокупляется.Но это уже след цикл.
какбы неверен
Ну, и сколько циклов Кребса?
Я сделаю эту тему видимой и тут и в биохимии.
Это ты хорошо придумал! :wink:
Per aspera ad astra!

Cherep
Сообщения: 23438
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Вт янв 31, 2006 5:22 am

Acid_rain777 писал(а):Судя по этой аналогии, ахиральный цитрат связывается с аконитазой и в результате реакции образуется хиральный продукт -изоцитрат (какой из энантиомеров?).Наверняка благодаря спец пространственному расположению цитрата в АЦ аконитазы (да уж хотелось бы увидеть картинку или чё-то подобное).Но только какое отношение к этому имеет количество ЦК?Всё это происходит в одном отдельно взятом цикле.
Upd 1: О стереспецифическом связывании цитрата аконитазой. Картинка из

S.J. LLOYD, H. LAUBLE, G.S. PRASAD, and C.D. STOUT Protein Science 1999, 8, 2655–2662.

(http://www.proteinscience.org/cgi/reprint/8/12/2655.pdf) 2.5 метра

Изображение

Краткое пояснение. Греческие буквы служат для обозначения карбоксильных групп. Окисляется только метиленовая группа стаящая у альфа-карбоксильной (она тоже альфа по номенклатуре, да).
Гамма точит на нас и с ней ничего не происходит (это её атомы пришли из Ацетил-КоА (Боянъ ужо)).

Если ты вообразишь и перевернёшь молекулу цитрата иной прохиральной стороной, то, например, вместо бета-СО2 окажется, бета-ОН, не образующая прочных водородных связей с аргинином. Прочное связывание субстрата может не произойти. Хотя, как бы оно там было - иной вопрос. Важно то, что цитрат связывается только таким образом.

Ответ на вопрос "почему оказывается так, что окисляющейся СН2СО2 группой является та, которая содержит атомы пришедшие из ЩУК?", следует искать в моем постинге внизу про "энантиоселективность" цитратсинтетазы, которая проявляется, когда Ацетил-КоА содержит изотопную метку. Хотя ещё раз повтрорюсь - это моя как бы гипотеза. Завтра если будет время попробую отыскать литературу о механизме катализа цитрат-синтетазы.

Upd 2:

Кстати, естественно, не я один обратил на это внимание.
Вот например эти преподыговорят об этой селективности.


А вот картинка сделаная мной. Немножко повозился со структурой 5CTS (www. pdb.org). Основано на данных из статьи

Karpusas, M., Branchaud, B., Remington, S.J. Proposed mechanism for the condensation reaction of citrate synthase: 1.9-A structure of the ternary complex with oxaloacetate and carboxymethyl coenzyme A. Biochemistry 1990, 29 , 2213-2219.

Ввиду того что картинка получилась большой, сжал её до посинения, поэтому качество очень поганое.
Красивая картинка тут. (150 Кб)

Изображение

В реальности на картинке показан не AcSCoA, а HO2CCH2SCoA, котрый является ингибитором этого энзима.
Но это роли не меняет.
Собственно, на первой стадии цитрат-синтетаза действительно осуществляет энантиоселективный синтез комплекса цитрат-CoA (3). На виде "СЕРЕДИ" видно, что атака на карбонильную группу происходит какбы сверху. При этом можно увидеть относительное расположение оксалоацетата (ЩУК). Стереохимический результат показан на схеме вверху слева. Получается селективно один энантиомер. Он потом гидролизуется с образованием ахирального продукта в случае, когда в реакции принимал участие немеченый AcCoA. Но всё равно при этом группы СН2СО2 имеют различную прохиральность, что и показано на схеме.

Важно, что группы СН2СО2 являются энантиотопными. В хиральной среде (чем является активный центр аконитазы) они различимы. Вот. Ну и аконитаза выбирает какую из них окислять. Так уж получилось, что ту, которая пришла из ЩУК.

Upd3:Вот типа иллюстрация.
Изображение

У цитрата слева на про-S стороне оказываются атомы пришедшие из Ас-КоА. Правда, если они изотопно-меченые, то тогда цитрат этот до кучи оптически активен. Ну а справа на рисунке тест на энантиотопность. Для некой согласованности я пометил одну из групп той самой меткой, из-за которой весь сыр-бор. Видим, что 5 и 7 - разные молекулы.

Ну и повторюсь, что какой из СН2СО2 групп быть про-R, а какой про-S определяет цитрат-синтетаза. :)


Теперь о синих вопросах

Образуется (2R), (3S) ­изоцитрат.

Изображение

Отношение такое, что окисляется только та из двух СН2СО2 групп, которая "пришла" в лимонную кислоту не из пирувата (считай из AcCoA) , а из оксалоацетата.

Понимаешь, это в эксперименте с радиоактивными метками было установлено. Ввели в реакцию радиоактивный пируват, меченый по альфа-карбонильной группе. Был выделен кетоглутарат имеющий радиоактивную метку ТОЛЬКО в гамма-карбоксильной группе. Кстати, если верить тексту из Ленинджера, делалось это с живами тканями.

Эти атомы гамма карбоксильной группы (и, очевидно, бета-СН2) пришли из AcCoA (или изначально из пирувата) сначала в цитрат, потом в изоцитрат и потом в кетоглутарат.

Еслибы аконитаза не делала различия между СН2СО2 группами, то метка распределилась бы равномерно между двумя карбоксильными группами. То есть одна половина молекул имела бы метку с одного конца, а другая половина с другого. Чего не наблюдается!

Далее, как известно, кетоглутарат преврацается в Suc-CoA. При этом он теряет одну карбоксильную группу, но не из гамма-положения!

В итоге, атомы, пришедшие в первый цикл из AcCoA остаются в первом цикле и в конечном итоге входят в состав ЩУК. Однако, в нём они равномерно распределены между двумя карбоксильными группами (естественно НЕ в одной молекуле!) Потомучто в отличие от акотиназы фумараза между ними не различает и присоединяет ОН группу к фумарату с любого конца: меченого или не меченого.

Upd4:В текстах по биохимии, правда, пишут, что нет различия, начиная с сукцината и это действительно так. Вот тут остаток схемы, заканчивающийся ЩУКом и внутри схемка с тестом на гомотопность.

Изображение

9 и 10 имеют гомотопные СН2СО2 группы. А фумарат гомотопные СНСО2 группы, поэтому фумараза не делает различия с какого конца присоединять воду: с радиоактивного или не с радиоактивного.

Значит выяснили, что вся ацетильная група из AcCoA (или изначально кусок из пирувата) в первом цикле переходит в кетоглутарат, а затем из него образуется ЩУК?
Acid_rain777 писал(а): Насколько мне помнится из цикла в цикл форсирует только ЩУК,но не как ацетил-КоА
Я не говорил, что из цикла в цикл форсирует ацетил-КоА. Я на протяжении всего этого треда твержу, что циркулируют АТОМЫ, пришедшие из ацетил-КоА.

Далее тот ЩУК, который вступает в новый (второй) цикл содержит в себе атомы, которые пришли в него из ацетил-КоА (и в конечном итоге из пирувата) в первом цикле. (Естественно, в нём не все этомы из AcCoA.)

С этим согласен?

Выше шла речь, что аконитаза измеризует ту СН2СО2 группу, которая пришла в цитрат из ЩУК. У нас уже второй цикл. И здесь то уже начинается окисление атомов цитрата (СН2СО2 группы), пришедших в из AcCoA в первом цикле.

Ну и очевидно есть условность, что весь радиоактивный ацетил-КоА израсходовался в первом цикле.

Вот. Лекция, блин.

Если не согласен - смотри в книжку. Я два дня тебя к этому призываю. Иначе никакого понимания не будет. Мне же нет никакого резона переписывать сюда главу из учебника.
Последний раз редактировалось Cherep Пт фев 10, 2006 9:08 am, всего редактировалось 1 раз.

Acid_rain777
Сообщения: 59
Зарегистрирован: Ср дек 07, 2005 2:40 am

Сообщение Acid_rain777 » Чт фев 02, 2006 11:07 pm

..А зачем мне читать учебники, если здесь и так мне всё замечательно рассказывают.За что я премного благодарен :D
Выше шла речь, что аконитаза измеризует ту СН2СО2 группу, которая пришла в цитрат из ЩУК. У нас уже второй цикл. И здесь то уже начинается окисление атомов цитрата (СН2СО2 группы), пришедших в из AcCoA в первом цикле.
Если условно в "1-м" цикле ацетил из ацетил-КоА не терзается,то он всё равно растерзается во "2-м" цикле.Вопрос только в том,полностью ли.Атомы С в 2х молекулах СО2 будут пренадлежать ацетилу из "1-го цикла"?Через сколько циклов тянется именно деструкция ацетила?

И еще,если я верно понял, вопрос не в том,через сколько циклов нужно протянуть ацетил-КоА,а в том,сколько циклов нужно "для полного (до последнего атома) расзодования одной молекулы ацетил-КоА".
Per aspera ad astra!

Cherep
Сообщения: 23438
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Пт фев 03, 2006 7:02 am

Acid_rain777 писал(а): ..А зачем мне читать учебники, если здесь и так мне всё замечательно рассказывают.За что я премного благодарен :D
Ну мне это. Может лекции по биохимии читать прийдётся. Вот я и "повёлся" :?
Acid_rain777 писал(а): Если условно в "1-м" цикле ацетил из ацетил-КоА не терзается,то он всё равно растерзается во "2-м" цикле.Вопрос только в том,полностью ли.
Ну да, во втором цикле кое что от них останется (точнее останутся атомы, которые в первом цикле принадлежали СН2 группе AcCoA).

До конца я задачу не решал. Я ещё пару дополнений хочу воткнуть.

Acid_rain777
Сообщения: 59
Зарегистрирован: Ср дек 07, 2005 2:40 am

Сообщение Acid_rain777 » Вс фев 05, 2006 1:47 am

Может лекции по биохимии читать прийдётся. Вот я и "повёлся"
А ты что,преподом где-то работаешь?!!!
:shock:
Жаль, что не у меня. А еще жаль,что я со спецкурса по биохимии свалил навсегда.
Ну да, во втором цикле кое что от них останется
Только в какой карбоксильной группе ЩУКа (в альфой или в бетой) в конце "2-го"цикла будет содержатся "последний" атом С ацетила из "1-го" цикла..Иными словами,как действует фермент,осуществляющий синтез яблочной к-ты. У тебя картинки случайно нет?
Я ещё пару дополнений хочу воткнуть.
Давай-давай )
Per aspera ad astra!

Cherep
Сообщения: 23438
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Пт фев 10, 2006 9:15 am

Acid_rain777 писал(а): Только в какой карбоксильной группе ЩУКа (в альфой или в бетой) в конце "2-го"цикла будет содержатся "последний" атом С ацетила из "1-го" цикла..Иными словами,как действует фермент,осуществляющий синтез яблочной к-ты. У тебя картинки случайно нет?
В половине молекул - альфа, в половине - бета. Фумарат имеет гомотопные СНСО2 группы (но не стороны!!!). Поэтому фумаразе всё-равно каким концом в неё влез фумарат :mrgreen: См апдэйт. Картинку, можно, конечно посмотреть или сделать, но пока не вижу смысла.

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 13 гостей