Компьютерное моделирование процессов ассоциации

[Polychemist]

Ну вроде как MOPAC юзают... Ну а вообще Вам явно надо начинать с лит. поиска и чтения - ассоциации явно много считали, те же ПАВы.

[worlack]

Я в начале и пытался выяснить источники для чтения, но пока посоветовали только источники на английском языке, в РЖХ говорите даже искать не стоит (хотя я там и не нашел особо ничего), хочу посмотреть журнал Известия Академии Наук может там что есть.

[Marxist]

Я в начале и пытался выяснить источники для чтения, но пока посоветовали только источники на английском языке

А на каком языке ещё смотреть? не на русском же. Думаю, можно ещё посмотреть на японском (хотя это только аццкое старьё) или китайском (а вот это может оказаться очень продуктивно, ходит много слухов о великом богатстве информации, скрытой в иероглифических журналах и недоступной для западного читателя)

[worlack]

А подскажите где можно отоскать инструкцию (мануал) на русском языке для HyperChem?

[Polychemist]

worlack, где-то в сети оно было... Извините за резкость, но мне кажется Вам не надо заниматься квантовой химией. И вообще наукой. Без английского тут делать нечего. Или учите, тем более что переводы английских мануалов заведомо глючны, или переквалифицируйтесь в менеджеры торгового зала.

[worlack]

Понимаю что это не мое, но так вот получилось в жизни, а английский мне выучить до июля неполучится, но за поддержку спасибо)

[VTur]

Вот здесь лежит книжка на русском языке
http://www.megaupload.com/?d=R4YXF7U5
Одна из глав про Гиперчем.

[o-oxhem]

Привет. Подскажите есть ли какие статьи по поводу компьютерного моделирования процессов ассоциации (мет)акриловых мономеров? Искал в РЖХ, наткнулся на ститью Королева, но в ней описывается только экспериментальная часть, он не проводит компютерное моделирование. Подскажите пожалуйста источники если они есть. И возможно ли провести такое моделирование в программе HyperChem?

Можно и в HyperChem. Можно и в OpenMopac. Тетрамер-то уж точно можно осилить. Вас тут запугали - нужен кластер ... и т.п. Вам нужно не очень много для диплома. пойдёте в аспирантуру. Сущетвуют кластеры и в Новосибирске и др. городах.
Рекомендую программу Avogadro, тоже умеет оптимизировать структуры, доступны различные силовые поля.
PS^: хорошо бы перенести тему в физ.-химию.

[Polychemist]

Если не секрет, а какова цель? Часом не избирательная сорбция мономеров при сополимеризации или нечто близкое? Пойдет или нет тетрамер в вакууме для диплома, да еще по данным одной оптимизации одним полуэмпирическим методом - решать, конечно, руководителю...

Мне кажется, корректное решение подобных задач возможно только при рассчете в растворителе, причем надо играться и динамикой, и стартовать оптимизации с разных исходных геометрий... А если там еще и свободный радикал замешан - это отдельная песня.
"Вам нужно не очень много для диплома." Печально, что все мельчает... Мне как-то казалось, что диплом = статья в нормальном журнале...
P.S. Из полуэмпирики наиболее пригоден, на мой вкус, PM3.

[worlack]

Вот здесь лежит книжка на русском языке
http://www.megaupload.com/?d=R4YXF7U5
Одна из глав про Гиперчем.

Спасибо за книгу.

[worlack]

Вас тут запугали - нужен кластер ... и т.п. Вам нужно не очень много для диплома. пойдёте в аспирантуру.

Да дело все в том, что я и не собирался в аспирантуру) я даже и не в магистратуре сейчас, просто делаю обычный диплом выпускника 5 курса. Так получилось что меня просто привлекли к работам магистрантов и попросили разобраться в этом моделировании. На кафедре у нас просто с компьютерами не очень дружат. А сейчас вот предложили диплом написать, чтоб хоть какая-нибудь работа была по этой теме, а уж дальше они без меня будут продвигаться)

[worlack]

P.S. Из полуэмпирики наиболее пригоден, на мой вкус, PM3.

Полуэмпирикой не удается посчитать 128 молекул. Программа выдает ошибку. Я так понимаю нужна програма которая понимает многопроцессорные задачи или поддерживает многоядерные процессоры. Потомучто HyperChem'y сколько не давай ядер он быстрее считать не будет. Что 2 ядра, что 4.

[Polychemist]

Хм. 128 молекул мономера? А не многовато ли? А чего за ошибка то? А на многоядреной машине можно несколько расчетов поставить...

[Marxist]

Насколько я понимаю, для исследования ассоциации надо понимать, как устроена система. Топикстартер так и не сказал, исследует он ассоциацию в растворителе или без растворителя; в разбавленном расторе или в относительно концентрированном; известна ему начальная геометрия или нет. Из общих соображений невозможно сделать вывод.

[worlack]

Насколько я понимаю, для исследования ассоциации надо понимать, как устроена система. Топикстартер так и не сказал, исследует он ассоциацию в растворителе или без растворителя; в разбавленном расторе или в относительно концентрированном; известна ему начальная геометрия или нет. Из общих соображений невозможно сделать вывод.

Для начала я хочу посчитать систему в отсутствии растворителя. Т.е я нарисовал молекулу мономера НМА (нонилметакрилата) например и просто скопировал ее расположив 128 молекул так, что они похожи на куб. Расстояние между молекулами около 3,6 А.

[Marxist]

Такую систему мгновенно порвёт в клочья

[worlack]

Такую систему мгновенно порвёт в клочья

Всмысле? Слегка конечно меняется геометрия, двойные связи разворачиваются, но ничего не рвет.

[Polychemist]

Вы делали просто оптимизацию в ММ? Ну это ни о чем... Простые кванты в полуэипирике Вы просто не успели бы прогнать. Если бы успели, то все молекулы бы просто расползлись так, чтобы не контактировать... Начните с 2 молекул в воде, добейтесь, чтобы гидрофобно ассоциировались и идите дальше.

[Marxist]

Причём лучше попробовать в неявной воде сначала, чтоб не мучаться с граничными условиями. И почитать теорию моделирования жидкостей, чтоб при переходе к системе без воды не придумывать в ней кристаллических решёток.

[worlack]

Причём лучше попробовать в неявной воде сначала

А что значит в неявной воде? Нужно гдето в программе задать чтобы она считала систему якобы в воде? Самому молекулы воды рисовать не нада?