[Молдинамика] Chemcraft для молдинамщиков

[Vit Nhoc]

Темы по молдинамике можно создавать здесь?
В новой версии моей программы Chemcraft добавлено много утилит для работы с молдинамикой. Предлагаю скачать и протестировать программу:

https://chemcraftprog.com/files/Chemcra ... _win64.zip

Эта версия читает файлы .gro, .xtc, .trr. Может размножить ячейку разными способами, например построить ячейки 2*2*2.
Наверно мне трудно конкурировать с VMD, поскольку он бесплатный, но попробую придумать какие-нибудь полезные фичи, которых в нём нет. Вот одна такая возможная полезная фича, попробуйте потестировать. Открыв ваш файл с траекторией, вы можете выделить в нём атомы, входящие в мицеллу, и посчитать размер этой мицеллы через опцию Tools/Calculate collision diameter. Выделить мицеллу не так легко: для этого может потребоваться опция Tools/Divide current structure, и плюс выделение атомов прямоугольником если у вас несколько мицелл. Другой вариант выделения мицеллы – через Fragments extractor, который строит 3*3*3 ячейку, и далее например показываете все атомы, находящиеся не дальше заданного расстояния от выделенного атома. Выделив мицеллу, надо её скопировать через Ctrl+C, далее вставить в другое окно, и посчитать размер.
Ещё одна фича – можно цветом закрасить атомы по их скоростям или силам. В файле .trr приводятся скорости и силы, плюс для любого файла с траекторией можно посчитать скорости как разности координат атомов в соседних фреймах.

[Uncle4enni]

Я не в теме - сильно не бейте. Планируется ли добавить возможность создавать, анализировать и проводить другие манипуляции с автокорреляционными функциями по МД траектории? Например для расчета ИК по МД?

[Vit Nhoc]

Я не в теме - сильно не бейте. Планируется ли добавить возможность создавать, анализировать и проводить другие манипуляции с автокорреляционными функциями по МД траектории? Например для расчета ИК по МД?

И вы меня не бейте) Мне показалось, вы предлагаете сделать сложные кастомные вычисления для траектории по координатам атомов. Я давно думаю как подойти к этой задаче, возможно правильно будет сделать опцию кастомных скриптов на каком-нибудь языке программирования. Но тогда не совсем понятно, почему это сильно лучше, чем возможность просто сохранить траекторию в формате xyz, чтобы пользователь сам написал программу по её обработке (на том языке программирования, который он знает).