Растворитель (диполь) и MP2 в гауссиане, где взять Molcas

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Зара
Сообщения: 19
Зарегистрирован: Чт окт 18, 2007 11:03 am

Растворитель (диполь) и MP2 в гауссиане, где взять Molcas

Сообщение Зара » Вс дек 09, 2007 10:02 pm

Добрый день!

Вопрос простой, но нигде не могу найти ответ:
Почему при расчете в гауссиане методом MP2 с использованием модели Онзагера если задавать радиус полости и диӕлектрическую константу, расчет не проходит
( #P MP2/6-31+G(d) SCRF=(Dipole, A0=4.10, Dielectric=2.023))
, тогда как если опустить A0 и Dielectric
( #P MP2/6-31+G(d) SCRF=(Dipole) )
- расчет идет на ура

В других базисах (напр, b3lyp) такой картины не наблюдается

ошибка, выдаваемая гауссианом: Only single-point PSCF with reaction field.

И еще вопрос:
Кто-нибудь знает, как и где можно скачать сорсы (или уже скомпиленную версию) Molcas под Линух

Заранее спасибо :D

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение Nord » Вс дек 09, 2007 10:44 pm

Для расчета дипольных моментов нужно знать матрицу плотности в первом порядке ТВ. Соответственно, если ее вычисление не запрограммировано (а оно, например, требуется и для расчета градиентов по смещениям ядер), то рассчитать дипольные моменты нельзя. Хотя это можно сделать, например, конечно-разностным способом дифференцируя энергию системы во внешнем электричнском поле по его напряженности.

Что касается Molcas, то самый простой способ "достать" его -- купить :)
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Зара
Сообщения: 19
Зарегистрирован: Чт окт 18, 2007 11:03 am

Сообщение Зара » Пн дек 10, 2007 1:29 pm

Nord, спасибо, что откликнулись, но я только начинаю считать, поӕтому такой вопрос:
Как узнать (или указать ключ в гауссиане для расчета) матрицу плотности в первом порядке ТВ? И почему в методе функционала плотности, ни в хартри фоке такого не происходит?

спасибо :)

helicase
Сообщения: 472
Зарегистрирован: Чт окт 11, 2007 7:43 am

Сообщение helicase » Пн дек 10, 2007 2:56 pm

это несколько странно, если явно опустить А0 и е, то они, видимо, задаются по умолчанию, что-то типа е=78, А0=1. так?

Аватара пользователя
Зара
Сообщения: 19
Зарегистрирован: Чт окт 18, 2007 11:03 am

Сообщение Зара » Пн дек 10, 2007 3:04 pm

Я тоже так поняла, что они берутся по умолчанию. Но мне бы хотелось задать a0 и e в явном виде.
Nord пишет , что для расчета дипольных моментов нужно знать матрицу плотности в первом порядке ТВ. Можно как-нибудь задать ключ, чтобы гауссиан рассчитал ӕту матрицу?

helicase
Сообщения: 472
Зарегистрирован: Чт окт 11, 2007 7:43 am

Сообщение helicase » Пн дек 10, 2007 3:18 pm

Этим я хотел сказать вот что: например, в 98 гауссиане были проблемы в PCM с полостью, точнее с параметром разбиения TSNUM (расчет не удавалось завершить). Это было исправлено в 03 версии. Возможно, и здесь нечто подобное c Онзагером -попробуйте поварьировать А0.

Аватара пользователя
Зара
Сообщения: 19
Зарегистрирован: Чт окт 18, 2007 11:03 am

Сообщение Зара » Пн дек 10, 2007 3:33 pm

Да, обязательно попробую.
helicase, думаете ӕто просто глюк?

helicase
Сообщения: 472
Зарегистрирован: Чт окт 11, 2007 7:43 am

Сообщение helicase » Пн дек 10, 2007 3:49 pm

да, не исключаю этого

Аватара пользователя
Зара
Сообщения: 19
Зарегистрирован: Чт окт 18, 2007 11:03 am

Сообщение Зара » Пн дек 10, 2007 3:54 pm

да, попробую. helicase, спасибо за участие!

Все же, подскажите, плиз!!!, где взять molcas :)

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение Nord » Пн дек 10, 2007 6:04 pm

Molcas - платная программа. Вот нажалуюсь на Вас Русу (я его, надеюсь, в пятницу увижу) :)
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Пн дек 10, 2007 7:18 pm

Зара писал(а): Все же, подскажите, плиз!!!, где взять molcas :)
Не советую браться за MOLCAS если не собираетесь серьезно заниматься квантовой химией как таковой. Это очень сложная программа (точнее куча программ) и с ней тяжело работать людям, не знающим разные тонкости расчетов. Прикладные расчеты лучше делать в других программах, если это возможно.

Аватара пользователя
Зара
Сообщения: 19
Зарегистрирован: Чт окт 18, 2007 11:03 am

Сообщение Зара » Пн дек 10, 2007 8:49 pm

По поводу molcas приношу свои извинения. Кое-где в интернете она числится как условно-бесплатная, в одном хранилище хим-совта почти дали скачать. Честно говоря, не знаю, кто такой Рус, но, в таком случае - то же ему мои извинения. :)
Что касается сложности - меня попросили разобраться что ӕто такое и как с ӕтим работать. Поскольку у нас в лаборатории никто никогда ее в глаза не видел - поручили ӕто мне. Yu/2, спасибо, что предупредили :)

Вик
Сообщения: 40
Зарегистрирован: Чт апр 21, 2005 7:43 am
Контактная информация:

Сообщение Вик » Вт дек 11, 2007 1:04 am

Зара писал(а):По поводу molcas приношу свои извинения. Кое-где в интернете она числится как условно-бесплатная, в одном хранилище хим-совта почти дали скачать. Честно говоря, не знаю, кто такой Рус, но, в таком случае - то же ему мои извинения. :)
Что касается сложности - меня попросили разобраться что ӕто такое и как с ӕтим работать. Поскольку у нас в лаборатории никто никогда ее в глаза не видел - поручили ӕто мне. Yu/2, спасибо, что предупредили :)
Сейчас текущая версия Molcas 7 . Релиз был сравнительно недавно и в ближайшие 3-4 года нового не будет (это цикл разработки molcas),imho. Стоит он денег и условия лицензирования следующие:
вы покупаете лицензию на 1 год или на 3 года. В течении этого времени Molcas будет работать. Цена 3-х годичной лицензии - 2200 euro.

Денег своих стоит. Преимущества:

1) Удобный API;
2) Стабильный API (переход 6->7 менее болезнен нежели 5->6 )
Как следствие - приятно программировать под Molcas и имплементировать post SCF методы

3) Гибкая работа с базисами;
4) Оптимизирован под ANO базисы;
5) релиз 7-го был связан завершением работ по CD (Cholesky Decompositon) . Если нужны SP расчеты - отличный метод.

6) Отличная поддержка от Molcas's team ...

Это мое личное мнение :)

Home page: www.teokem.lu.se/molcas/

2Yu/2 в 7-ке уже более менее автоматизирована работа различных модулей. Но и в 6-ом уже не страшно и не сложно с ним работать -)

Аватара пользователя
Зара
Сообщения: 19
Зарегистрирован: Чт окт 18, 2007 11:03 am

Сообщение Зара » Вт дек 11, 2007 1:27 pm

Вик, спасибо, что все так подробно рассказали. Буду надеяться, что когда-нибудь институт решится купить молкас.
Теперь, по крайней мере, благодаря участникам форума имею кое-какое представление о программе.

Всем спасибо !!! :D

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 18 гостей