Google) на скриншотах явствено есть такая опция, знакомая мне по Gaussview.
Правой кнопкой -> что-то типа Calculate -> Geometry Optimization не подходит? Там же, если мне склероз не изменяет, можно выбрать чем оптимизировать... До AM1 и PM3 включительно. И даже что-то ab initio как бы должно быть.Леонид писал(а):Кто нибудь тут использует эту графическую оболочку?
Скачал посмотреть что это такое и сразу столкнулся с проблемой.
Не могу выравнить геометрию молекул после того как нарисую ее.
И это не смотря на то что в разных руководствах(
Правда скриншоты обычно 1.хх версий а у меня 2.хх версия. Но врядли такую жизнено важную опцию убрали из новой версии.
Вероятно я просто не знаю как до нее добратся или ее как то надо отдельно включать. Help
Да нет я вас немного спутал. Мне конечно же нужно не Geometry Optimization это я прекрасно заметил с первого раза но еще не пробывал пользоватся.Shiver писал(а): Правой кнопкой -> что-то типа Calculate -> Geometry Optimization не подходит? Там же, если мне склероз не изменяет, можно выбрать чем оптимизировать... До AM1 и PM3 включительно.
P.S. Если пакет собирался с MOPAC`ом, конечно...
На практике, как мне кажется, этой вероятностью в любом случае можно пренебречь.Может еще как может привести не в ту тундру.Shiver писал(а):Извините, неправильно Вас понял. Тогда помочь Вам не могу, к сожалению. У меня версия 2.93, кажется, и я о такой фиче не знаю... Больше того, в Chem3D, чьим аналогом видится мне ghemical, я такой опции тоже не помню - может, правда, она есть в ChemDraw...
А что касается молекулярной динамики - вряд ли она может привести куда-то "совсем не туда", благо оптимизация там идет не совсем честная - связь, если она нарисована, порваться никак не может. И новых образоваться тоже не может. Может ли такая оптимизация привести к неправдоподобным структурам - сам по себе вопрос не очевидный.
Да я как раз минуту назад догадался до этого. Что они просто решили если есть молекулярная динамика то можно убрать ненужную кнопку которая дублирует функцию.Marxist писал(а):То есть Вы имеете в виду что-то вроде 2D structure optimization? Вполне возможно, оптимизатор геометрии именно для этого и нужен. Это ведь очень быстрая задача, если определены связи между атомами.
Кстати, а почему именно гемикал? я его как-то пощупал, он мне сильно не понравился. Есть же более удобные аналоги.
Ну тут весь вопрос -- смотря для чего. Просто я предпочитаю консольный запуск и стандартные вьюверы для визуализации. Но я не занимаюсь квантовой химией, поэтому не могу дать умного совета. Если нужно просто визуализировать молекулу -- есть куча прог, например, тот же VMD, а если надо смотреть распределение электронной плотности, скажем, то тут ничем помочь не могу.Леонид писал(а):А какие оболочки вы бы посоветовали?
Ну дык...Marxist писал(а):а если надо смотреть распределение электронной плотности, скажем, то тут ничем помочь не могу.
Впрочем, VMD - штука чрезвычайно мощная и гибкая, а значит, с ней сложно работать. Для визуализации небольших систем рекомендуется ChemCraft, умеет читать cube-файлы + всё красиво выглядит. А рисовать структурки можно и ворованным гиперкемомMarxist писал(а):например, тот же VMD
(благо искомая функция там есть, называется model build)1) hyperchem портирован под Linux? Не слышал... или под Wine предлагаете запускать?Darth Vasya писал(а):...А рисовать структурки можно и ворованным гиперкемом
Ну консольный запуск это уже дело техники, и никак не связано с предпочтением графической оболочки.Marxist писал(а):Ну тут весь вопрос -- смотря для чего. Просто я предпочитаю консольный запуск и стандартные вьюверы для визуализации. Но я не занимаюсь квантовой химией, поэтому не могу дать умного совета. Если нужно просто визуализировать молекулу -- есть куча прог, например, тот же VMD, а если надо смотреть распределение электронной плотности, скажем, то тут ничем помочь не могу.Леонид писал(а):А какие оболочки вы бы посоветовали?
А что? Работает - и славно, при условии, что без косяков... Кемкрафт я тоже под вайном гоняю (правда, только лайт работает).Shiver писал(а): 1) hyperchem портирован под Linux? Не слышал... или под Wine предлагаете запускать?
Попробуйте MarvinSketch. Он на яве, т.е. и на linux работает в том числе. Бесплатен, а если получить академическую (тоже бесплатную) лицензию, то появляются дополнительные возможности. Я им пользуюсь и очень доволен. Есть конвертация нарисованной двумерной молекулы в трехмерную структуру, оптимизированную молекулярной механикой, которая может служить заготовкой для квантовой химии.Леонид писал(а):А какие оболочки вы бы посоветовали?
В Chem3D в меню "View" есть вкладка "Settings", а в ней "Building". Поставите галочки - все связи и углы будут табулированными для данной молекулы или данного фрагмента. Ничего произвольнного нарисовать не удасться. Всё автоматически подгоняются к известным экспериментальным значениям (табулировано в библиотеке). Снимите галочки, будете рисовать всё, что душе угодно.Shiver писал(а): Больше того, в Chem3D, чьим аналогом видится мне ghemical, я такой опции тоже не помню - может, правда, она есть в ChemDraw...
ну png типа...Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 34 гостя
