Компьютер для расчетов

[Biginelli]

Уважаемые коллеги!

Мои коллеги по кафедре орг. химии вознамерились собрать компьютер для расчетов. Использовать хотят Unix-based Gaussian последней версии.

Вопрос такой.

Существуют ли какие-либо преимущества двухпроцессорных серверных систем перед обычными однопроцессорными для такой задачи?

Заранее спасибо.

[Tokashi]

Если вы хотите использовать Распределённые вычисления, то там количество процессоров важнее чем качество. ИМХО

[Гесс]

я думаю что это лучше бы смотрелось в разделе квантов. А то квантовые люди в курилку не ходят.

[VTur]

Все будет очень сильно зависеть от качества того нечесанного гражданина, который будет распараллеливать и настраивать систему, шины и др. железа

[Гесс]

Гауссиан нельзя будет распараллелить на 1000 ядер. Ну всмысле технически наверное возможно, но практически выгоды быть недолжно. У него код ненастолько параллельный. Все конечно зависит от задачи, но насколько я видел задачи с ним обычно ставят не более чем на несколько десятков ядер (я ставил задачи вплоть до четырех 40-ядерных нод, но жопа мне подсказывает, что выгоды по сравнению с постановкой на одну такую ноду были проценты (десятки процентов), а не разы).

С другой стороны на кластер можно будет потом доставить бесплатного софта который хорошо параллельный: орку, природу, пси4, файерфлай.

Если все таки обратно к компу - то вот что мне написал мой товарищ об ихнем расчетном: "16 ядер/64 гб оперативы, 4 харда по 600 гб".
16ти ядерники кстати есть выпускаемые в виде "обычного системника" чуть большего размера чем стандартные корпуса. Разумеется может гудеть.

[user_911]

С Гауссианом не сталкивался, работал с РС Gamess (Firefly).
С ним есть нюансы, возможно у гауссиана такие же. Чем больше количество ядер в процессоре тем быстрее, но... при разумном количестве вычислительных ядер количество жестких дисков в системе должно соответствовать им, ну или на пару ядер один жесткий. Т.к. каждый поток сбрасывает на жесткий промежуточные результаты, временные файлы и прочий хлам. Т.е. скорость расчета в какой-то момент упирается в скорость работы диска/дисков. В винде (в линукс/юникс системах не интересовался реализацией) есть обходной вариант - в оперативке формируем виртуальный жесткий диск - и все временные файлы перенаправляем туда.
А вообще коммандер дело говорит - видеокарты они раз в 80 быстрее процессоров...штучки 4-ре NVidia на плату поставить и будет летать )
http://www.gaussian.com/g_press/nvidia_press.htm
Биткоины, например, исключительно видеокартами генерируют...

[eFo]

Биткоины, например, исключительно видеокартами генерируют...

При чём тут вообще биткоины? В биткоинах совсем другой случай, там просто наиболее выгодны алгоритмы для майнинга, которые доступны на видеокартах , особенно на AMD-шных. И насчёт видеокарт я не очень согласен.. Да, CUDA сейчас модно и всё такое, но в США, например, уже все супер-компы почти в national labs отказались от идеи графических кластеров, очень энергонеэффективно. Ну это уж если в будущее смотреть.
А вообще нужно узнать бюджет на всё мероприятие. В случае Гауссиана он не очень много выигрывает, если используется больше 16 cores, так что особого смысла в распараллеливании на 16+ ядер нет смысла. В зависимости от бюджета, я бы рекомендовал просто купить 4U (или больше, если надо) серверную систему + средненький комп для front-end'a, поставить туда серверную систему типа Rocks Clusters и жить спокойно Говорю просто по собственному опыту, мы сами собрали кластер суммарно на 19U + front end. Работает прекрасно и без сбоев, администрируется система легко (используем Rocks Clusters).

[Yurii]

Уважаемые коллеги!

Мои коллеги по кафедре орг. химии вознамерились собрать компьютер для расчетов. Использовать хотят Unix-based Gaussian последней версии.

Вопрос такой.

Существуют ли какие-либо преимущества двухпроцессорных серверных систем перед обычными однопроцессорными для такой задачи?

Заранее спасибо.

Однозначно двухпроцессорный сервер. И чтобы процессоры AVX поддерживали: например, на них перемножение матриц почти в два раза быстрее, чем на процессорах, не поддерживающих AVX (дело в том, что многие алгоритмы используют перемножение матриц). При этом ось должна также AVX поддерживать. Ставьте побольше оперативной памяти (желательно, чтобы побыстрей) и рейд-массив. Да, попросите у Гауссиана, чтобы он вам оттранслировал программу под AVX. А лучше покупать исходный код: Гауссиан не умеет оптимальный код генерировать - могу помочь в этом вопросе (необходимо будет использовать библиотеку Intel MKL - она под Linux для некоммерческого использования бесплатна).

[Biginelli]

Кластер на повестке дня не стоит: покупать будут за свои. 100000 р. хватит или с таким бюджетом о вычислениях не стоит даже и думать?

Прошу извинить, если вопрос безграмотный: сам я никогда ничего не считал и не моделировал.

Про задачи напишу подробнее чуть позже.

[Tasha]

За 100k р. 1-3 года назад собрали 10 процессорный кластер у нас на факультете. Сборка велась от покупки материнки, поддерживающей такое кол-во процов. Автоматически задавался тип процессоров, совместимых с ней. Обвязка довольно простенькая по минимуму средств. Все вообще упихали в большой бокс с двойным охлаждением, предназначенный для серверов. Собственно на этом все. Далее простая машина как десктоп.
Если надо, могу свести Ваших знакомых с человеком, который собирал эту машину себе в лабу.