GAMESS эффективность работы

вопросы строения молекул и квантовой химии
Закрыто
Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Yu/2 » Вт сен 11, 2007 5:37 pm

Nord писал(а): Я уважаю Попла не только как учёного, но и человека с высокими принципами. Он хотел, чтобы Gaussian распространялся свободно, но на старости лет его фактически отстранили от участия в судьбе его детища и на свет появился монстр под названием Gaussian Inc., который стал успешно "впаривать лохам" квантовую химию, причём на совершенно драконовских условиях: никаких исходных кодов (даже за деньги), никаких сравнений результатов. Одно это лично меня отвращает от использования сей программы, несмотря на глубочайшее уважение к профессору Поплу.
Только что наткнулся на презабавный сайт: http://www.bannedbygaussian.org

Вы только почитайте что там написано. Там список забаненных Gaussian Inc. людей, знаменитостей тоже. В списке есть Попл!

Еще есть рекомендации как стать забаненным. :)

А еще есть ссылка на статью в Nature (!), где про такое поведение Gaussian Inc рассказывается.

Rt19
Сообщения: 217
Зарегистрирован: Вс апр 25, 2004 1:56 pm

Сообщение Rt19 » Вт сен 11, 2007 5:53 pm

О, спасибо!
Давно слышал про этот список, но никак не доходили руки дойти. И то что Gaussian Ins забанила создателя продукта - факт широко известный (судя по всему, не всем).

Кстати, как я понимаю, ссылка на весь этот тред + материалы в exchange есть вполне достаточная причина для бана Юрия Сиголаева и той группы, чью версию он использует, компанией Gaussian Inc :lol:

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Вт сен 11, 2007 5:58 pm

Rt19 писал(а):
Если Вы хотите заниматься квантовохимическими расчетами серьезно, советую переходить на Gaussian.
Этот совет в принципе демонстрирует всю глубину познаний.
Совокупность особенностей исследуемого объекта или задачи определяет метод, которые, вкупе с доступной вычислительной техникой определяют необходимый инструмент. А так совет в варианте - хотите заниматься строительством - переходите на молоток.


А для первоначального обучения сгодится любой многофункциональный пакет, который есть в наличии. Если его нет - то выбор между GAMESS (US), PC-GAMESS (freeware); GAUSSIAN (750USD за сборку под Win 1CPU или 4500USD за Nix версию), или чем-то еще пользователь сделает сам.

P.S. Кстати, за эти деньги мы получаем качественную техподдержку:
http://www.gaussian.com/g_faq/faq.htm
Лечиться Вам надо. Но боюсь, что уже не поможет.

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Вт сен 11, 2007 6:02 pm

Интересно, сколько еще продлится какашкокидательство Юрия?

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Вт сен 11, 2007 6:05 pm

Yu/2 писал(а):Интересно, сколько еще продлится какашкокидательство Юрия?
Сколько таких какашек, как Вы, я размазал на ринге. Точно уже и не помню.

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение Nord » Вт сен 11, 2007 6:09 pm

Yurii писал(а):Сколько таких какашек, как Вы, я размазал на ринге. Точно уже и не помню.
Юрий, Вы понимаете, что угрозы физического воздействия не являются научными аргументами? Вам не кажется, что указывая Вам на Ваши, хм, скажем, неточности и заблужения, люди отнюдь не пытаются Вас унизить?
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Вт сен 11, 2007 6:18 pm

Nord писал(а):
Yurii писал(а):Сколько таких какашек, как Вы, я размазал на ринге. Точно уже и не помню.
Юрий, Вы понимаете, что угрозы физического воздействия не являются научными аргументами? Вам не кажется, что указывая Вам на Ваши, хм, скажем, неточности и заблужения, люди отнюдь не пытаются Вас унизить?
Вы не привели слова Yu/2: "Интересно, сколько еще продлится какашкокидательство Юрия?"
За всю жизнь я никого пальцем не тронул. Это аллегория и реакция здорового организма на сфальсифицированное заблуждение. Когда человек заблуждаеся искренне - это сразу видно. Yu/2 у Вас на форуме с 2003 года. И до моего появления у него было 5 баллов. И за какие-то несколько недель благодаря мне уже 21 балл. Вам понравится, когда на Вашем имени паразитируют? Я бы ему дал прозвище "господин соврамши".
Последний раз редактировалось Yurii Вт сен 11, 2007 10:48 pm, всего редактировалось 1 раз.

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Вт сен 11, 2007 8:41 pm

Yurii писал(а): Сколько таких какашек, как Вы, я размазал на ринге. Точно уже и не помню.
Argumentum ad Hominem и Argumentum ad Baculum в одном посте! Юрий, да Вы мастер вести дискуссии!

-------

Кстати, как по-Вашему, кто Вы по классификации Воинов Интернета?
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Вт сен 11, 2007 10:40 pm

Darth Vasya писал(а):
Yurii писал(а): Сколько таких какашек, как Вы, я размазал на ринге. Точно уже и не помню.
Argumentum ad Hominem и Argumentum ad Baculum в одном посте! Юрий, да Вы мастер вести дискуссии!

-------

Кстати, как по-Вашему, кто Вы по классификации Воинов Интернета?
По поводу одного флакона остается только привести мой ответ for NORD:
Вы не привели слова Yu/2: "Интересно, сколько еще продлится какашкокидательство Юрия?"
За всю жизнь я никого пальцем не тронул. Это аллегория и реакция здорового организма на сфальсифицированное заблуждение. Когда человек заблуждаеся искренне - это сразу видно. Yu/2 у Вас на форуме с 2003 года. И до моего появления у него было 5 баллов. И за какие-то несколько недель благодаря мне уже 21 балл. Вам понравится, когда на Вашем имени паразитируют? Я бы ему дал прозвище "господин соврамши".

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Вт сен 11, 2007 11:04 pm

Не будем вспоминать, кто первый перешёл на личности - просто аргументов к силе до Вас не предлагалось...
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Вт сен 11, 2007 11:14 pm

Darth Vasya писал(а):Не будем вспоминать, кто первый перешёл на личности - просто аргументов к силе до Вас не предлагалось...
При чем здесь сила? Не надо все понимать буквально. Можно и по другому, но зачем же подличать. Еще раз поясняю. Yu/2 написал, что я бросаюсь какашками. Вы это восприняли серьезно? Конечно, нет. А почему мой ответ был воспринят на полном серьезе и мне даже "врубили" за него -10. Мне такая логика не очень понятна.

Cherep
Сообщения: 23442
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Ср сен 12, 2007 8:13 am

Господа!
:offtop: :flood: :behave:

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Ср сен 12, 2007 11:23 am

Nord писал(а):У меня есть предложение, Yu/2: поставьте ещё один расчёт (неплохо я распоряжаюсь не своими ресурсами :lol: )
alxyppv писал(а): Там много опций... Если есть желание, то для начала можно попробовать

$INTGRL QFMM=.T. SCHWRZ=.TRUE. $END
$SCF DIRSCF=.T. $END
Закончился мой расчет, залил в exchange. Сделало так же семь шагов оптимизации. Конечная энергия такая же. Времени понадобилось больше чем в предыдущем тесте - 32.5 часа.

Nord, прошу прощения, забыл про два ядра и расчет сделал на четырех.

Я пока так и не понял рольк QFMM. Надо еще один расчет поставить с DIRSCF=.T. но без QFMM. Тогда будет понятно, дает ли QFMM выигрыш.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Ср сен 19, 2007 3:14 pm

Однако, очень странно, что все ломанулись сравнивать производительность программ, предварительно не договорившись о простых вещах
а) сходимость по энергии
б) сходимость по матрице плотности
в) сходимость по силам
и, возможно,
г) вириальное отношение

Все же кто-нибудь знает, как в GAMESS руками выставит возможный (максимальный) размер жесткого диска, а то иногда появляются странные сообщения типа, не могу создать файл такой-то?

Rt19
Сообщения: 217
Зарегистрирован: Вс апр 25, 2004 1:56 pm

Сообщение Rt19 » Ср сен 26, 2007 8:13 pm

А про какой GAMESS идет речь? И как ошибка звучит.

С проблемой размера диска столкнулся один раз, когда в одном специфическом расчете столкнулся с тем, что были съедены 80 гигов, а больше свободного места не было.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Чт сен 27, 2007 5:17 pm

Rt19 писал(а):А про какой GAMESS идет речь? И как ошибка звучит.

С проблемой размера диска столкнулся один раз, когда в одном специфическом расчете столкнулся с тем, что были съедены 80 гигов, а больше свободного места не было.
Не Грановского.

Указываю direct = .t. - часть диска свободна,
не указываю, 20 гигов не хватает, как все это совместить?

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Сообщение alxyppv » Чт сен 27, 2007 9:46 pm

VTur писал(а): Указываю direct = .t. - часть диска свободна,
не указываю, 20 гигов не хватает, как все это совместить?
А что Вы имеете в виду под "совместить"?
Есть два варианта расчета SCF - в одном, интегралы рассчитываются один раз, пишутся на диск, и на каждой последуюущей итерации считываются с диска. Другой вариант - т.н. прямой, dirscf=.t. - интегралы на диск не пишутся, а рассчитываются на каждой итерации. Какой из этих методов предпочтителен в каждом конкретном случае - определяется железом. Грубо говоря, соотношением скорости запси/считывания с диска и скорости процессора. В целом, для небольших систем вариант с записью интегралов будет однозначно быстрее, для больших - быстрее пересчитывать интегралы. Что такое "большая" и "маленькая" системы зависит от оборудования. Естественно, что чем больше система - тем больше требуется дискового места ля интегралов, и рано или поздно его просто не будет хватать, тогда как при прямом варианте диск почти на нужен.
А.П.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Пн окт 01, 2007 3:24 pm

alxyppv писал(а):А что Вы имеете в виду под "совместить"?
"Отдельные товарищи", работающие с GAUSSINом под LINUX рассказывали интересные вещи. Так с помощью двух магических слов # maxdisk= и %mem= можно добиться следующего. Программа без свопинга заполняет дисковую память сколько нужно и не пересчитывает интегралы, а берет их с диска - полный conventional. Но если все на диск не влезает, то расчет не падает как положено, а то, что не влезло на диск пересчитывается как в direct, то, что влезло берется по-старому как conventional. Они называли это semi-direct. Говорили, что все считается в разы быстрее, чем под виндовс.
GAMESS тоже под LINUX. Можно ли с ним добиться чего-то похожего? Я думаю, нужно каким-то образом указать максимальный объем диска и одновременно direct = .t.

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Пн окт 01, 2007 4:48 pm

VTur писал(а): ...Они называли это semi-direct. Говорили, что все считается в разы быстрее, чем под виндовс.
GAMESS тоже под LINUX. Можно ли с ним добиться чего-то похожего? Я думаю, нужно каким-то образом указать максимальный объем диска и одновременно direct = .t.
"полупрямого" метода нет в GAMESS.

Alex Granovsky
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm
Контактная информация:

Сообщение Alex Granovsky » Ср окт 03, 2007 10:20 pm

Þðèé,

à çíàåòå ëè Âû, ÷òî ÿ òîæå, õîòÿ è ðåäêî, ïðîñìàòðèâàþ ýòîò ôîðóì?..


Yurii писал(а):
Darth Vasya писал(а):Íå áóäåì âñïîìèíàòü, êòî ïåðâûé ïåðåø¸ë íà ëè÷íîñòè - ïðîñòî àðãóìåíòîâ ê ñèëå äî Âàñ íå ïðåäëàãàëîñü...
Ïðè ÷åì çäåñü ñèëà? Íå íàäî âñå ïîíèìàòü áóêâàëüíî. Ìîæíî è ïî äðóãîìó, íî çà÷åì æå ïîäëè÷àòü. Åùå ðàç ïîÿñíÿþ. Yu/2 íàïèñàë, ÷òî ÿ áðîñàþñü êàêàøêàìè. Âû ýòî âîñïðèíÿëè ñåðüåçíî? Êîíå÷íî, íåò. À ïî÷åìó ìîé îòâåò áûë âîñïðèíÿò íà ïîëíîì ñåðüåçå è ìíå äàæå "âðóáèëè" çà íåãî -10. Ìíå òàêàÿ ëîãèêà íå î÷åíü ïîíÿòíà.

Закрыто

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 13 гостей