Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[Vit Nhoc]

Из файла ПРИРОДы можно получить файл molden:
1. Взять целиком секцию mos>
2. Заменить "Occup=" на "Occup= "
Это и будет готовый файл Molden! Разве в файле Molden недостаточно данных?

Действительно, я не заметил. А участок mos> в файле всегда один, или их может быть несколько для оптимизации геометрии?

[EvgeniX]

Действительно, я не заметил. А участок mos> в файле всегда один, или их может быть несколько для оптимизации геометрии?

Проверил, выводит после каждого шага оптимизации.

[EvgeniX]

Кстати, формат МО в ПРИРОДе тоже более-менее ясен:

ПРИРОДА:

Код: Выделить всё

...
 One-Electron Energies (alpha)
 occupied:
   1    -0.343555 ...
 virtual:
   2    -0.023672 ...

...
 Eigenvectors (alpha) 
                      
       1          2    ...
 -0.3435546 -0.0236724 ...
                      
  0.1999381  0.1452536
  0.3077471  0.3078875
  0.1298767  1.3311393
  0.0153268 -0.0209140
 -0.0000000  0.0000000
 -0.0000000 -0.0000000
  0.1999381 -0.1452536
  0.3077471 -0.3078875
  0.1298767 -1.3311393
 -0.0153268 -0.0209140
  0.0000000 -0.0000000
  0.0000000  0.0000000

Molden:

Код: Выделить всё

[MO]              
Sym=C1            
Ene=    -0.3435546
Spin=Alpha        
Occup=2.00000000  
   1   0.199938   
   2   0.307747   
   3   0.129877   
   4  -0.000000   
   5  -0.000000   
   6   0.015327   
   7   0.199938   
   8   0.307747   
   9   0.129877   
  10   0.000000   
  11   0.000000   
  12  -0.015327   
Sym=C1            
Ene=    -0.0236724
Spin=Alpha        
Occup=0.00000000  
   1   0.145254   
   2   0.307887   
   3   1.331139   
   4   0.000000   
   5  -0.000000   
   6  -0.020914   
   7  -0.145254   
   8  -0.307887   
   9  -1.331139   
  10  -0.000000   
  11   0.000000   
  12  -0.020914   

Остаётся разобраться с базисом.

ПРИРОДА (кусок out-а, самое начало):

Код: Выделить всё

...
 Basis set input: '3z.bas'
    1   1  H :   6/8   : {3,1}/{5,1}
    2   1  H :   6/8   : {3,1}/{5,1}

 Basis set input: '3z.bas'
... фиттинг нам не нужен...

ПРИРОДА (кусок файла 3z.bas):

Код: Выделить всё

$BASIS
...
set=3z
...
         1  4

 0  3   2.951830e+1   2.663542e-2
        4.459397e+0   1.992677e-1
        1.020214e+0   8.443136e-1
 0  1   2.789184e-1   1.0
 0  1   8.185002e-2   1.0
 1  1   1.020214e+0   1.0
...
$END
...
$Basis2
...фиттинг нам не нужен...
$END

Molden:

Код: Выделить всё

[5D]                           
[GTO]                          
   1                           
 s  3                          
 1.02021400e+00  8.44313638e-01
 4.45939700e+00  1.99267709e-01
 2.95183000e+01  2.66354212e-02
 s  1                          
 2.78918400e-01  1.00000000e+00
 s  1                          
 8.18500200e-02  1.00000000e+00
 p  1                          
 1.02021400e+00  1.00000000e+00
                               
   2                           
 s  3                          
 1.02021400e+00  8.44313638e-01
 4.45939700e+00  1.99267709e-01
 2.95183000e+01  2.66354212e-02
 s  1                          
 2.78918400e-01  1.00000000e+00
 s  1                          
 8.18500200e-02  1.00000000e+00
 p  1                          
 1.02021400e+00  1.00000000e+00

PS: Для ПРИРОДы достаточно в каком-нибудь бинарном виде держать содержимое основного базиса из 3z.bas, basis.in и basis4.in, не так много места занимать будет.

[avelon]

текущая версия 1.8(472) не читает аутпуты из Dalton 2016

[Vit Nhoc]

текущая версия 1.8(472) не читает аутпуты из Dalton 2016

Пожалуйста пришлите мне на email пару файлов.

[Vit Nhoc]

Последняя версия:

http://www.chemcraftprog.com/files/Chem ... 76_win.exe

Latest improvenents:

- (NEW) implemented the Structures Combiner tool (“Tools/Structures combiner” menu item), which allows you to quickly create new molecular structures if you have computed some structures of close homologues;
- Some elaborations with visualization of VASP outcar files;
- Added more groups to “Set point group” tool;
- MOs from Priroda output files can be now visualized;
- Initial guess orbitals from Gamess output files can be now visualized;
- Latest Dalton ouput files can be now visualized;
- NMR chemical shielding values from Dalton output files can be visualized;
- Some elaborations with visualization of PDB files;

Чтение Природы и Dalton-а, о котором писали выше, доработано. Ещё сделана очередная креативная фича - Structures combiner.Он позволяет быстро создавать входные файлы, если уже просчитаны близкие гомологи. Эта возможность проиллюстрирована здесь:

http://chemcraftprog.com/help/structcombinerwindow.html

[Tatyana111]

Последняя версия:
http://www.chemcraftprog.com/files/Chem ... 76_win.exe

Большое спасибо!

[EvgeniX]

Большое спасибо!

Теперь новая ошибка:
1. В ПРИРОДе показывает только первые 6 колебательных частот, остальные не показывает.
2. И как раньше, из ПРИРОДы не показывает энергетическую диаграмму.

[Vit Nhoc]

1. В ПРИРОДе показывает только первые 6 колебательных частот, остальные не показывает.

Вроде исправил:

http://www.chemcraftprog.com/files/Chem ... 78_win.exe

[Vit Nhoc]

Новая версия:

http://www.chemcraftprog.com/files/Chem ... 86_win.exe

В этой версии есть визуализация BOMD, мне показалось это весьма занятная вещь.

Latest features:
(NEW) Gaussian output files with Born Openheimer Molecular Dynamics (BOMD) jobs can be correctly visualized. The program can draw the graph “Kinetic energy vs time in femtoseconds”, “Potential energy vs time in femtoseconds”, “Chosen geometrical parameter vs time in femtoseconds”, “First geometrical parameter vs second geometrical parameter”. The animation of BOMD job can be saved as animated gif file;
When Cif, Crystal, Shellx, VASP output files are visualized, the coordinates shown can be converted back to fractional;
For PES scan graphs, the graph “parameter specified by selected atoms vs scan step number” can be shown;
By default, bonds extracted from Gamess output files are not shown on the image;
Fixed a small bug with visualization of orbitals (previously alpha-beta total density was not shown).

[VIPer]

билд 486, нашёл опечатку. в заголовке вместо названия "значение параметра" или как-то так - стоит "энергия". хотя сами значения правильные, это действительно в моём случае межатомные расстояния.

[Vit Nhoc]

Я начинаю знакомиться с опцией BOMD (Born-Oppenhemer Molecular Dynamics) в Gaussian, по-моему вещь очень занятная. Последняя версия Chemcraft может открыть расчёт BOMD и построить, например, траектории по двум выбранным геометрическим параметрам.
Я полагаю, BOMD вообще перспективен для относительно точной оценки каких-то свойств. В соседней теме я прочитал, что можно сделать 1000-5000 шагов MD, для каждого посчитать полуэмпирический электронный спектр и всё это усреднить. Я могу реализовать такую фичу: открыть в Chemcraft расчёт BOMB, по нему сгенерировать gjf-файл с тысячей линков, каждый с расчётом полуэмпирического спектра, далее просчитать в Gaussian этот файл, далее в Chemcraft открыть полученный out-файл с тысячей job-ов, и построить усреднённый спектр. Такая фича будет востребована?
Возникает вопрос, какие вообще свойства молекулы сильно зависят от динамики атомов? Я много раз убеждался, что рассчитанные спектры ЯМР хорошо коррелируют с экспериментальными (в неводных растворителях), из чего я сделал вывод что для ЯМР молекулярная динамика вроде не нужна. Может быть, это связано с тем, что ядра экранируются остовными электронами, которые мало зависят от координат ядер?
Сейчас Chemcraft может из BOMD-расчёта усреднить какие-нибудь межъядерные расстояния и получить амплитуды колебаний – это должно быть полезно для газовой электронографии, которая ещё жива в нашем вузе.

[EvgeniX]

Я много раз убеждался, что рассчитанные спектры ЯМР хорошо коррелируют с экспериментальными (в неводных растворителях), из чего я сделал вывод что для ЯМР молекулярная динамика вроде не нужна.

Значит, такие системы считали. Посмотрите металлорганику (в неводных средах), там почти везде хим.сдвиги являются результатом множества динамических процессов. И плывут от разных условий очень сильно (химический, а не физический эффект!).

[Vit Nhoc]

Ещё вопрос: можно ли из BOMD извлечь колебательный спектр? В ИК-спектрах поглощения, если не ошибаюсь, поглощение происходит при изменении диполей двух колебательных состояний, можно ли это извлечь из BOMD?

[madschumacher]

из чего я сделал вывод что для ЯМР молекулярная динамика вроде не нужна.

Вспоминается одна из не особо старых песен Depeche Mode... "Wrong"!!!
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct400282h
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.5b01131
Вобщем, вроде, MD, а особенно PIMD улучшает соотв. с эkсп (в последней работе PIMD + твердотельные ЯМР спеkтры).

Сейчас Chemcraft может из BOMD-расчёта усреднить какие-нибудь межъядерные расстояния и получить амплитуды колебаний – это должно быть полезно для газовой электронографии, которая ещё жива в нашем вузе.

Без kвантовых эффеkтов -- это не очень полезно (ckорее все ж бесполезно ). Или надо PIMD или kвантовые термостаты юзать, или делать kвантовые поправkи. Но Gaussian и др. прог. (типа GAMESS US) делать этого не умеют. А CP2K и CPMD под это, собственно, заточены, но это другая специфиkа...

Ещё вопрос: можно ли из BOMD извлечь колебательный спектр? В ИК-спектрах поглощения, если не ошибаюсь, поглощение происходит при изменении диполей двух колебательных состояний, можно ли это извлечь из BOMD?

Да kаk 2 пальца обасфальт! ИK спеkтр из MD = Фурье преобразование автоkорр. фунkции дипольного момента. Есть там неkоторые численные тонkости -- но вообще всё это приkольно и kрасиво (по-своему).

P.S. я вот, например, ниkаk не пойму, может ли Gaussian моделировать NVT ансамбли... (плохо видимо мануал читаю и моего мозга недостаточно для понимания keyw. Local и Fixed)...

P.P.S. срач по поводу спеkтров из BOMD (Gamess-а) был на Форуме ранее:
viewtopic.php?f=71&t=114419

[Tatyana111]

Здравствуйте,
Являясь автором программы Chemcraft,

Уважаемый автор,
дайте, пожалуйста, точную ссылку на Вашу программу.

Ссылку в том виде, в котором нужно приводить ее в публикациях.

В статье мы дали такую ссылку:
Andrienko G.A. ChemCraft software, version 1.8. (http://www.chemcraftprog.com)

Редакция журнала попросила ее проверить.

[Vit Nhoc]

Пишите фамилию не Andrienko, а Zhurko.

[Tatyana111]

Пишите фамилию не Andrienko, а Zhurko.

Понятно, спасибо.

[Vit Nhoc]

Ok.

[Vit Nhoc]

Извиняюсь если это уже было, я забыл и не смог найти - в каких журналах мне проще всего написать статью по Chemcraft? Чтобы как можно меньше личной работы, просто отправить им файл и всё.