Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[Гесс]

+1

[madschumacher]

+1, тем более это теперь весьма известный бренд

[Vit Nhoc]

У меня вопрос, может быть, немного философский.
Я слышал, что на Западе среди авторов программ не принято заниматься самокритикой; если в твоей программе есть проблемы, баги, то о них лучше не писать.
Я написал пост в блог Chemcraft "Интеграция Chemcraft с программами типа Origin, Excel":

http://simplecompchem.blogspot.ru/2016/ ... -such.html

Мой вопрос - не слишком ли много в этом посте самокритики? Например я там пишу про полубаг который я пока не устранил, или про то, что когда программа визуализирует молекулярные орбитали, часто трудновато проверить, правильна ли эта визуализация.

[uchebnik fiziki]

Ваш пост показывает:
1. Программа написана без соблюдения общепринятых парадигм пользовательских интерфейсов и анализа данных;
2. Вы пытаетесь усложнить людям жизнь такими постами.

Прежде всего, необходимость открывать файлы по одному и копировать содержимое в буфер -- издевательство над пользователем. Нужно написать экспорт данных в csv/tsv/xls, желательно в пакетном режиме. Во-вторых, у вас очевидно неправильно происходит чтение данных: вы предлагаете игнорить первые три строки вместо объяснения их смысла. Может, пользователю они и нужны? И какую из них брать в качестве стартовой точки? Это же известно наверняка.

[Vit Nhoc]

Прежде всего, необходимость открывать файлы по одному и копировать содержимое в буфер -- издевательство над пользователем. Нужно написать экспорт данных в csv/tsv/xls, желательно в пакетном режиме.

Я Вас не понял, или вы что-то не поняли. Я копирую данные так: открываю Chemcraft и Origin, смотрю спектр в Chemcraft, нажимаю в Chemcraft кнопку Copy, далее перехожу в Origin, выделяю колонку и нажимаю Ctrl+V.
Если это многим непонятно, мне следует пояснить этот момент в блоге.

[Vit Nhoc]

1. Программа написана без соблюдения общепринятых парадигм пользовательских интерфейсов и анализа данных;

Интересно, как много людей разделяют эту точку зрения?
Я в принципе могу это понять: если левша напишет гениальную программу для левшей, вряд ли она станет пользоваться коммерческим успехом среди правшей. А как на ваш взгляд выглядел бы "итерфейс квантовохимического визуализатора для правшей"?

[uchebnik fiziki]

Я Вас не понял, или вы что-то не поняли. Я копирую данные так: открываю Chemcraft и Origin, смотрю спектр в Chemcraft, нажимаю в Chemcraft кнопку Copy, далее перехожу в Origin, выделяю колонку и нажимаю Ctrl+V.
Если это многим непонятно, мне следует пояснить этот момент в блоге.

Это извращённый подход: человек должен иметь возможность не покупать ориджин, а пользоваться любым удобным внешним инструментом. Я вот Гнумерик люблю, например. Обмен данными с внешними инструментами производится через файлы, поскольку даже сто спектров предложенным вами способом придётся обрабатывать неимоверно долго и с излишними действиями.

А как на ваш взгляд выглядел бы "итерфейс квантовохимического визуализатора для правшей"

Он бы позволял нормально работать с данными и файлами и эффективно автоматизировать работу. Хотя я почти уверен, что питонщики уже написали интерактивный вьювер для джупитера.

[VIPer]

drag and drop бы при открытии файлов..

[АлександрI]

Вчера коллега из стран Прибалтики в ходе переписки прислал мне файл, который я по привычке сунул в Chemcraft. Не открылся. Это был файл с расширением .pdb . В ходе моих судорожных поисков Гугл лишь убеждал меня, что для этого надо знать, какой прогой был создан файл и даже какой версией... В результате я извинился перед коллегой, который этому очень удивился и прислал мне файл теперь уже с расширением .mol. Надо ли мне говорить о попытках открыть его С.?
Мне бы очень хотелось, чтобы С. открывал бы файлы и с этими расширениями...

[Гесс]

кемкрафт открывает pdb как минимум сгенерированный ChemOffice или MaterialStudio. И если не изменяет память - то и созданные в Гаусвьювре тоже. Так что это у вашего отправителя какой то весьма нестандартный pdb.
кемкрафт не открывает gjf - гауссиановых инпутов созданных ChemOffice
[cut]# SP Test

[No Title]

0 1
C 0 -0.014430 0.585528 0.352779
C 0 -0.209430 -0.749559 0.271859[/cut]
mol файлы - это кристаллографический формат Mercury, я встречаю такие файлы крайне редко. Возможно вы говорите о mol2, которые должны по идее поддерживаться кемкрафтом но в связи с тем что mol2 - несколько, тут могут быть проблемы. Точнее не скажу, практически не использую этот формат.

На самый крайний экстренный случай могу рекомендовать вытянивание координат из файла вручную, с сохранением в xyz.

[uchebnik fiziki]

MOL -- это в общем случае то же самое, что SDF (MDL MOL, разумеется). Есть вероятность, что многие разработчики использовали самое тривиальное название, но при этом сделали разные форматы. MOL2 -- формат, разработанный и стандартизированный Tripos, их не может быть несколько, он может быть только корректный и некорректный. В общем случае PDB тоже может быть только корректный и некорректный, но там есть версионирование формата и локальные диалекты (обычно они формату в целом соответствуют всё же).

[Vit Nhoc]

Вчера коллега из стран Прибалтики в ходе переписки прислал мне файл, который я по привычке сунул в Chemcraft. Не открылся. Это был файл с расширением .pdb . В ходе моих судорожных поисков Гугл лишь убеждал меня, что для этого надо знать, какой прогой был создан файл и даже какой версией... В результате я извинился перед коллегой, который этому очень удивился и прислал мне файл теперь уже с расширением .mol. Надо ли мне говорить о попытках открыть его С.?
Мне бы очень хотелось, чтобы С. открывал бы файлы и с этими расширениями...

Пришлите мне этот файл, который не открывается.

[АлександрI]

После разговора с сисадминами выяснилось, что в моём огороде две версии С. Самая давняя - это версия для 64 бита, а вторая - та, которая, вероятно. уж не помню, была новой версией в марте с.г. Сейчас "срок пользования" последней закончился, а админы, следуя инструкциям, не смогли восстановить пароль. В результате эта версия, сама не открываясь, не давала мне открыть pdb и mol. Когда её "забили" сейчас всё нормально. Даже более: прекрасно. Дело в том, что я работаю с кластерами из квантовой молекулы и фрагментами EFP. Так вот, С. позволил в открывающемся слева списке высветить им соответствующие фрагменты. Такой возможности у меня не было с выдачами GAMESS.

Что качается mol, он тоже открылся как таблица координат атомов со сопровождающей информацией. Вероятно, это так и надо, но визуализации нет. Однако при его открытии высветилась подсказка: выберите VMD. Это бы мне подошло, однако там открывается длинный список программ и надо выбрать, которой был создан мой mol. Тут я пас... Может, кто работает с VMD подскажет какую выбрать...

[uchebnik fiziki]

Перебором. Не такой там и длинный список MOL-ов.

[Гесс]

При вызове Structer Combiner-а перестает работать вся панель "повернуть сдвинуть уменьшить" (на рисунке справа).

bug.jpg

Пока открыто окно комбайнера (а также все время пока открыто окно построения Z-матриц) - кемкрафт полностью окупирует одно из ядер компа.

[АлександрI]

кемкрафт полностью окупирует одно из ядер компа.

Не знаю насчёт ядер компа: у меня вместе с комбайнером на всех ядрах с приоритетами процессов считаются параллельно ещё две задачи (смотрю через ДиспетчерЗадач).

Однако, очень бы хотелось от комбайнера, чтобы можно было бы совмещать структуры нарисованные в разных стилях, скажем, Basic1 и GaussView style ...

[Vit Nhoc]

Однако, очень бы хотелось от комбайнера, чтобы можно было бы совмещать структуры нарисованные в разных стилях, скажем, Basic1 и GaussView style ...

Я наверно этим займусь в будущем. Вопрос, для каких ещё задач требуется совмещать несколько стилей?
Мне писали, что это было бы удобно для визуализации EFP, ONIOM расчётов - разные слои рисовать разными стилями.
В каких ещё случаях такая возможность желательна?
Я наверно начну с того, что добавлю в меню Display опцию Mixed, которая будет вызывать диалоговое окно, где пользователь укажет, каким стилем рисовать выделенные, и каким невыделенные атомы.
Может ли потребоваться совмещать не только две, а три или более графических схем?

[amge]

В ONIOM бывает и больше двух слоев. Например, центральная молекула - ab initio, ближайшее окружение - полуэмпирика, внешнее окружение - ММ.

[АлександрI]

Скорей всего, это не в эту тему, но как это может быть центральная молекула - квантовая, а "ближайшее окружение" - полуэмпирика
Это как: сначала считается квантовая молекула, а потом отдельно "б.о." эмпирикой. А потом рисуется все вместе?
Но in vivo в присутствии такого окружения и квантовая молекула изменится - это единая электронная плотность...

[Vit Nhoc]

Я сейчас работаю над совмещением двух или трёх графических стилей. Приведите примеры случаев, когда такая возможность будет востребована и какие в этом случае предполагаются стили. Мне это нужно, чтобы набор стилей по умолчанию был самодостаточным, пользователю не требовалось после каждой инсталляции создавать собственные стили.
Для визуализации расчётов EFP, как мне видится, нужен стандартный стиль для среднего слоя и тонкие палочки для внешних слоёв.