GAMESS эффективность работы

[A_Vost]

Это я даже обсуждать не буду.

Другой ответ был бы крайне удивителен.
В свое время я защищал диплом, который был посвящен расчетам спектров ЯМР методом супероператоров. Сугубо теоретическая работа. Но пршлось поработать и ручками: поснимать спектры ЯМР в СКБ. Это было в советское время. Меня поразил разрыв в железе между западом и нами. Попробовал что-то вякнуть. И получил отпор почище Вашего. Так-что не удивляюсь. С такими людьми, как Вы, наша наука еще долго будет копошиться в зловонной луже. Удивляюсь Yurii, зачем он втянулся в это словоблудие, которое, судя по его странице в интернете и по его работам, опубликованным там, ему не свойственно. И пусть обычные посетители этого форума попробуют прогнать задачи, которые он выложил, на одном компе с одним 32-разрядным процессором программой PC GAMESS. И по результатам оценят ее возможности. Уверяю Вас, разрыв будет еще более вопиющиЙ, чем между спектрометами, о которых я писал. В этом я убедился на собственном опыте.

[Yu/2]

Это я даже обсуждать не буду.

Другой ответ был бы крайне удивителен.
В свое время я защищал диплом, который был посвящен расчетам спектров ЯМР методом супероператоров. Сугубо теоретическая работа. Но пршлось поработать и ручками: поснимать спектры ЯМР в СКБ. Это было в советское время. Меня поразил разрыв в железе между западом и нами. Попробовал что-то вякнуть. И получил отпор почище Вашего. Так-что не удивляюсь. С такими людьми, как Вы, наша наука еще долго будет копошиться в зловонной луже. Удивляюсь Yurii, зачем он втянулся в это словоблудие, которое, судя по его странице в интернете и по его работам, опубликованным там, ему не свойственно. И пусть обычные посетители этого форума попробуют прогнать задачи, которые он выложил, на одном компе с одним 32-разрядным процессором программой PC GAMESS. И по результатам оценят ее возможности. Уверяю Вас, разрыв будет еще более вопиющиЙ, чем между спектрометами, о которых я писал. В этом я убедился на собственном опыте.

Вы что-то конкретное хотели сказать?

[Nord]

Восхвалять себя во многих лицах - это уже признак болезни, Юрий.

[A_Vost]

Вы что-то конкретное хотели сказать?

Куда уж конкретней, судя по всей той материи, с которой мне удалось ознакомиться.

[A_Vost]

Восхвалять себя во многих лицах - это уже признак болезни, Юрий.

Пока не жалуюсь. Для сохранения формы подрабатывю тренером по боксу. И особенно на первых занятиях приходится слышать примерно тоже. Ну эта дурь быстро проходит. Встречаются (правда редко) и более амбициозные товарищи, чем Вы со своими 118 очками.

[Yu/2]

Юрий, а расскажите нам еще что-нибудь. Про расчеты. Или про численку. Пожаааалуйста. Мне лично очень интересно. У меня нет Core 2 Duo, можно и про процессор рассказать. Или расскажите каким компилятором собирали Gaussian.

Upd: и оставайтесь на связи, пожалуйста. Я еще выложу расчет с 6-311G(d).

[A_Vost]

Юрий, а расскажите нам еще что-нибудь. Про расчеты. Или про численку. Пожаааалуйста. Мне лично очень интересно. У меня нет Core 2 Duo, можно и процессор рассказать. Или расскажите каким компилятором собирали Gaussian.

В силу Вашей врожденной паталогии мне трудно будет что-либо Вам обьяснить.

[Yu/2]

Юрий, а расскажите нам еще что-нибудь. Про расчеты. Или про численку. Пожаааалуйста. Мне лично очень интересно. У меня нет Core 2 Duo, можно и процессор рассказать. Или расскажите каким компилятором собирали Gaussian.

В силу Вашей врожденной паталогии мне трудно будет что-либо Вам обьяснить.

Ну пожаааалуйста! Я обещаю быть более внимательным и не перечить Вам! Честно!

[Nord]

Пока не жалуюсь. Для сохранения формы подрабатывю тренером по боксу. И особенно на первых занятиях приходится слышать примерно тоже. Ну эта дурь быстро проходит. Встречаются (правда редко) и более амбициозные товарищи, чем Вы со своими 118 очками.

Понятно. Мозг отшиблен необратимо. Жаль, я надеялся на противное.

Да, ещё забыл: Вы ж такой гениальный, неужели Вас задевают мои 118 очков? Всё равно же умнее Вас нет никого на свете.

[A_Vost]

Юрий, а расскажите нам еще что-нибудь. Про расчеты. Или про численку. Пожаааалуйста. Мне лично очень интересно. У меня нет Core 2 Duo, можно и процессор рассказать. Или расскажите каким компилятором собирали Gaussian.

В силу Вашей врожденной паталогии мне трудно будет что-либо Вам обьяснить.

Ну пожаааалуйста! Я обещаю быть более внимательным и не перечить Вам! Честно!

Хорошо, уговорили. Советую восполнить недостающие обьемы серого вещества.

[A_Vost]

Пока не жалуюсь. Для сохранения формы подрабатывю тренером по боксу. И особенно на первых занятиях приходится слышать примерно тоже. Ну эта дурь быстро проходит. Встречаются (правда редко) и более амбициозные товарищи, чем Вы со своими 118 очками.

Понятно. Мозг отшиблен необратимо. Жаль, я надеялся на противное.

Да, ещё забыл: Вы ж такой гениальный, неужели Вас задевают мои 118 очков? Всё равно же умнее Вас нет никого на свете.

Я заметил, что на Вас давят эти 118 булыжников. Но Вы успокоитесть, когда до Вас дойдет, что король голый (минус забыли поставить, т.е. -118, но скорее всего, яма более глубокая).

[Yurii]

Lexx а можно всю книжку в exchange ?

К сожалению нет :( Сам ее потерял

94 метра весит. Могу через некоторое время на ифолдер залить (в копилку не влезет).

А нельзя ли её сжать частями?

Существуют такие методы сжатия без потерь отсканированных с высоким разрешением в 600 dpi документов, что книгу в 300 страниц с нескольким десятков фотографий можно уместить на одной дискете в 1.44 Mb. См. тему "Эффективные алгоритмы сжатия бинарных изображений без потерь", открытую мною на форуме http://lib.mexmat.ru/forum/ (тематика Computer Science). Там найдете и открытую мною тему "Роль EM64t, многоядерности и частоты RAM в базовых aлгоритмах линейной алгебры".

[Marxist]

http://lib.mexmat.ru/forum/viewtopic.php?t=8827

[Yurii]

Меня заинтересовало сравнение pc gamess и gaussian...

Самое интересное, что какой-то умелец запустил gaussin g03 под Windows x64 (EM64T). Это большой удар для ребят из gaussian. Попробовал - считает не хуже, чем оттранслированный мною gaussian под Linux x64. И даже время показывает (но запускается только из командной строки). Поищите в интернете - думаю, что легко найдете.
Я и так достаточно информации выложил на этом форуме. Что касается сравнения, то тут и сравнивать нечего. Это коммерческий прдукт. Но, как говорят, дарёному коню ...

[Marxist]

Что касается сравнения, то тут и сравнивать нечего. Это коммерческий прдукт. Но, как говорят, дарёному коню ...

Вот именно поэтому коммерческий продукт должен в разы превосходить все имеющиеся бесплатные, а не быть "дарёным конём".

[Yurii]

Что касается сравнения, то тут и сравнивать нечего. Это коммерческий прдукт. Но, как говорят, дарёному коню ...

Вот именно поэтому коммерческий продукт должен в разы превосходить все имеющиеся бесплатные, а не быть "дарёным конём".

Существу с планеты 10 трудно понять земную логику. Но Вы здесь не виноваты. Вот когда земляне не понимают элементарных вещей, то это прискорбно.
Впрочем, есть выход. Вы можете забрать на свою планету этих народных умельцев - последователей Ломоносова. Дышать станет легче. И в нашей науке, глядишь, появятся позитивные изменения (если, конечно, последователи Эйлера с дуру не попрутся вместе с Вами. Но это крайне маловероятно.).

[Yu/2]

Странно, я удивлен как это Yurii не схлопотал еще парочку предупреждений.

Закончился мой расчет: оптимизация C120, RHF/6-311G(d), симметрия D2h, программа - PC GAMESS. Лог залит в exchange.

Результат - семь шагов за 19 часов 18 минут. Т.е. один шаг делается примерно 2.76 часа.

Результат Yurii - пять шагов за 7 часов 43 минуты. Т.е. один шаг - 1.54 часа.

Какие выводы.
1. G03 на железе Yurii считает примерно в 1.8 раза быстрее, чем PC GAMESS на "моем" железе (Upd: + с моими настройками).
2. PC GAMESS в состоянии делать такие расчеты (кто-то кроме Yurii сомневался?)
3. Трудно сказать какая программа на самом деле быстрее, потому что железо и особенно процессор у Yurii лучше чем у меня.

[Nik®]

простите за оффтоп, Yu/2 а Вы запускали гамесс на именно на 4 ядрах ?
а то судя по всему у вас в системе должно быть не меньше 4-х процессоров (8 ядер) может все считалось на 8 ядрах или больше ?
таким образом утверждения 1 и 3 на мой взгляд выглядят как издевательство
P.S. на мой взгляд лучше пусть каждый сам прогонит у себя задание и в гамесе и в гауссиане и тогда не надо никому ничего доказывать (а вот конструктивно поспорить можно)

[alxyppv]

Маленькое замечание для Yurii и Yu/2. Из нижеприведенной цитаты из мануала к Гауссиану следует что при расчете С120 в принципе может использоваться метод быстрого мультипольного разложения.

The use of FMM (fast multipole method) is automated in Gaussian 03. The NoFMM keyword may be used to prevent this facility from being used.

Gaussian 03 generally turns on the FMM facility when using it provides even a modest performance gain (say, 1.2x). For a molecule with no symmetry, FMM is enabled for nonsymmetric molecules with 60 atoms or more for both Hartree-Fock and DFT. For molecules with high symmetry, FMM is enabled for Hartree-Fock and hybrid DFT above 240 atoms and for pure DFT above 360 atoms. For molecules with low (but non-zero) symmetry, intermediate thresholds are used. You will begin to see substantial performance improvements (2x or better) with another factor of two in system size.

Т.е. Гауссиан сам решает, использовать ли его (я не очень понимаю что у них значит high symmetry). Если FMM действительно использовалься, то сравнение с обычным расчетом, выполненным Yu/2, м.б. не очень корректно. В PC GAMESS также возможно использование подобной процедуры, но это надо задавать явно. Не думаю, что использование FMM в данном случае может привест в кардинальному ускорению, но все же...

[alxyppv]

простите за оффтоп, Yu/2 а Вы запускали гамесс на именно на 4 ядрах ?
а то судя по всему у вас в системе должно быть не меньше 4-х процессоров (8 ядер) может все считалось на 8 ядрах или больше ?
таким образом утверждения 1 и 3 на мой взгляд выглядят как издевательство

PC GAMESS каждое ядро воспринимает как отдельный узел, т.е. если написано "RUNNING WITH 4 NODES" - значит на 4-х ядрах и считалось.