Конформационный анализ.

[Vladchimic]

При проведении конформационого анализа "обычных" органических молекул обычно пользуюсь двумя методами. Первый - принудительно изменяя один или два геометрических параметра- например двухгранных угла - каждый шаг рассчитывая энергию молекулы. Таким образом получается кривая или поверхность потенциальной энергии внутреннего вращения. Второй - задав сколько угодно геометрических параметров случайным образом изменяя их и затем оптимизируя геометрию. После 100-200 циклов получаю набор конформеров с их энергиями. Но вот вопрос: в настоящее время имею дело с ионной парой. Может ли кто либо подсказать если ли способы поиска наиболее устойчивой кофигурации пары, помимо обычной задачи набора конформепров "из головы" и последующей оптимизации ?

[Marxist]

Ну можно перечислитель конформеров какой-нибудь надыбать, зачем из головы-то?

[Vladchimic]

спасибо конечно... но что это "за перечислитель конформеров" ? Реально, в данном случае, речь идет о некой программе и скрипте, позволяющей либо случайным либо закономерным образом менять положение катиона относительно аниона и затем оптимизировать геометрию. Я не знаю примеров таких программ. Поскажите...

[Nord]

Есть регулярные методы поиска локальных минимумов - basin-hopping, simulated annealing, gradually cooling и др. Проблема в том, что их практически не применяют на уровне неэмпирических расчетов. Причина - очень большое количество электронных расчетов при разной геометрии ядерного остова молекулы.

[Vladchimic]

Спасибо Nord ! Где бы можно было почитать о вышеуказанных методах ? И в каких программах они реализуются ?

[Nord]

Спасибо Nord ! Где бы можно было почитать о вышеуказанных методах ? И в каких программах они реализуются ?

Спросить google.scholar
А реализованы они должны быть в пакетах молекулярной динамики.

[Vladchimic]

Не знаю подойдут ли они. Речь идет об изучении одной молекулы в идеально-газовом состоянии и вне зависимости от времени. Молекулярная динамика занимается по моему несколько иным..

[Nord]

Не знаю подойдут ли они. Речь идет об изучении одной молекулы в идеально-газовом состоянии и вне зависимости от времени. Молекулярная динамика занимается по моему несколько иным..

Еще раз: это не решение динамической задачи. Это динамика, позволяющая системе "достать" множество точек конфигурационного пространства в которых могут быть локализованы минимумы.
Ведь задумайтесь: обычная оптимизация геометрии - это динамика ядерной подсистемы с трением - на каждом шаге энергия может только уменьшаться, т.е. диссипирует.

[Vladchimic]

Гм... наверно знаний моих здесь не хватит

[Nord]

Гм... наверно знаний моих здесь не хватит

Да это не сложно совсем, я думаю, поймете сразу же, как посмотрите описание.

[Marxist]

В принципе Ваша задача распадается на две:
1. Сгенерировать конформеры каждого участника компекса
2. Сгенерировать их взаимное расположение для каждой пары конформеров
Первую задачу решают программы-перечислители конформеров. Их люди разрабатывали и они должны быть. Где искать -- не подскажу, извините, поскольку непосредственно матхимией не занимаюсь.
Вторая задача чуть менее тривиальна, но и она в принципе решабельна. Там можно из общих соображений поискать локальные минимумы, покрутить ручками, на крайняк, воспользоваться, действительно, молдинамикой...