Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или ..?
Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или ..?
Ради докинга малых молекул возникла необходимость: надо быстро насчитывать точечные заряды на атомах, можно даже без оптимизации координат атомов. Размеры молекул - от 10 до 50 атомов, в основном, порядка 20-25; время расчета одной молекулы должно укладываться в 30-40 секунд, не более. Этим условиям вроде бы удовлетворяет полуэмпирический MOPAC, но вызывают сомнения те точечные заряды, которые извлекаются из его вывода. В связи с этим вопрос: как в MOPAC правильно и возможно более точно вычислить точечные заряды на атомах? Или я неправ и есть более хороший вариант с сопоставимой производительностью?
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
Вопрос поставлен некорректно. Не существует измеряемой физической величины "заряд на атоме", поэтому невозможно проверить, насколько точен вычисленный заряд. Правильнее ставить вопрос "Как получить заряды, хорошо работающие в некоторой модели". Если мопак и др. квантовая химия не подходит, попробуйте, например, Open Babel. Или MarvinSketch (и идущие в комплекте консольные утилиты msketch и cxcalc, если нужно запускать из скриптов).ftorazyne писал(а):как в MOPAC правильно и возможно более точно вычислить точечные заряды на атомах?
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
Хорошо, согласен, что я некорректно поставил вопрос. Я имею в виду то, что называется partial charges - такие заряды на атомах, которые наилучшим образом воспроизводят электростатическое поле вокруг молекулы (и которые поэтому употребляются в молеккулярной механике для расчета кулоновских взаимодействий). Например, MOPAC содержит опцию ESP, которая вычисляет такие заряды. Какой из его функционалов дает более достоверные заряды? Может быть, есть какие-нибудь программы, работающие с DFT и тоже вычисляющие заряды по принципу ESP или RESP?
- uchebnik fiziki
- Сообщения: 4265
- Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
AM1-BCC не спасут отца русской демократии? Для докинга это уже практически оверкилл (а если оценка идёт силовым полем, то лучше вообще нативные брать)
Свобода, равенство, братство.
Или смерть.
Или смерть.
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
Вопрос лучше разделить на два.
1. Которые воспроизводят электростатический потенциал вокруг молекулы
2. Которые нужны для эмпирического вклада электростатического межатомного взаимодействия
[ Post made via Android ]
1. Которые воспроизводят электростатический потенциал вокруг молекулы
2. Которые нужны для эмпирического вклада электростатического межатомного взаимодействия
[ Post made via Android ]
После отстоя требуйте долива
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
А как в MOPAC это сделать? Просто ключевое слово "AM1"? А "PM7" не лучше будет?uchebnik fiziki писал(а):AM1-BCC не спасут отца русской демократии? Для докинга это уже практически оверкилл (а если оценка идёт силовым полем, то лучше вообще нативные брать)
- uchebnik fiziki
- Сообщения: 4265
- Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
Давно уже есть эмпирические схемы, нормально воспроизводящие RESP.VTur писал(а):Вопрос лучше разделить на два.
1. Которые воспроизводят электростатический потенциал вокруг молекулы
2. Которые нужны для эмпирического вклада электростатического межатомного взаимодействия
А зачем делать это в мопаке? я бы antechamber'ом делал.ftorazyne писал(а):А как в MOPAC это сделать? Просто ключевое слово "AM1"? А "PM7" не лучше будет?
Свобода, равенство, братство.
Или смерть.
Или смерть.
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
Для того, чтобы электрический потенциал воспроизвести, его предварительно нужно сосчитать. Это может только квантовый расчет, а в нем заложены методы сведения объемного заряда к точечному - к зарядам на томах. Поэтому эмпирика - это лишний шаг.uchebnik fiziki писал(а):Давно уже есть эмпирические схемы, нормально воспроизводящие RESP.VTur писал(а):Вопрос лучше разделить на два.
1. Которые воспроизводят электростатический потенциал вокруг молекулы
2. Которые нужны для эмпирического вклада электростатического межатомного взаимодействия
Для большинства известных мне моделей изменение или добавление новых параметров требует перепараметризации всей модели. Поэтому для них откуда берутся параметры - все равно. В результате параметризации х значения изменятся.
После отстоя требуйте долива
- uchebnik fiziki
- Сообщения: 4265
- Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
Для массовых расчётов это неадекватные затраты ресурсов. Поэтому хорошая эмпирическая схема в рамках своей области применимости будет лучше.VTur писал(а):Для того, чтобы электрический потенциал воспроизвести, его предварительно нужно сосчитать.
Свобода, равенство, братство.
Или смерть.
Или смерть.
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
Речь идет о том, что заряды на атомах, воспроизводящие электростатический потенциал, скорее всего не будут минимизировать стерическую энергию или другую величину в молмеханике.
После отстоя требуйте долива
- uchebnik fiziki
- Сообщения: 4265
- Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
Коллега, окститесь. Мало того, что речь ТС совершенно о другом, ещё и ваше утверждение -- какая-то бессмыслица. Заряды ничего не минимизируют и уж тем более не имеют отношения к стерической энергии, если мы рассматриваем аддитивные схемы расчёта энергии. Более того, в задаче докинга не всегда рассматривается параметр энергии вообще и не всегда требуется минимизация энергии.
Свобода, равенство, братство.
Или смерть.
Или смерть.
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
?uchebnik fiziki писал(а):Коллега, окститесь. Мало того, что речь ТС совершенно о другом, ещё и ваше утверждение -- какая-то бессмыслица. Заряды ничего не минимизируют и уж тем более не имеют отношения к стерической энергии, если мы рассматриваем аддитивные схемы расчёта энергии. Более того, в задаче докинга не всегда рассматривается параметр энергии вообще и не всегда требуется минимизация энергии.
В молмеханике можно считать только либо стерическую энергию, либо какой-нибудь вклад в стерическую энергию (например, кулоновское взаимодействие).ftorazyne писал(а):Хорошо, согласен, что я некорректно поставил вопрос. Я имею в виду то, что называется partial charges - такие заряды на атомах, которые наилучшим образом воспроизводят электростатическое поле вокруг молекулы (и которые поэтому употребляются в молеккулярной механике для расчета кулоновских взаимодействий). Например, MOPAC содержит опцию ESP, которая вычисляет такие заряды. Какой из его функционалов дает более достоверные заряды? Может быть, есть какие-нибудь программы, работающие с DFT и тоже вычисляющие заряды по принципу ESP или RESP?
Все известные мне модели построены по схемам оптимизации параметров. Обычно минимизируется некий функционал, воспроизводящий нужные свойства с максимальной точность/минимальной погрешностью. Получаемые таким образом параметры (в том числе и заряды на атомах) являются оптимальными.
Если просто так взять и вставить в модель новые параметры, они точно не будут оптимальными и резко увеличат погрешность модели. Ни к чему хорошему это не приведет. Скорее всего - к артефактам.
После отстоя требуйте долива
- uchebnik fiziki
- Сообщения: 4265
- Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
Что вы называете стерической энергией? Это необщепринятый термин. Обычно рассматривается энергия взаимодействия, которая в простейшем случае состоит из стерического (ван-дер-Ваальсова) и электростатического (кулоновского) вкладов, и внутренняя энергия (связевые вклады и электростатический в простейшем случае); на основе этих вкладов можно предположить, будет ли взаимодействие энергетически выгодным.VTur писал(а):В молмеханике можно считать только либо стерическую энергию, либо какой-нибудь вклад в стерическую энергию (например, кулоновское взаимодействие).
И? Это всё общие слова. Конкретные рекомендации даны выше.VTur писал(а):Все известные мне модели построены по схемам оптимизации параметров. Обычно минимизируется некий функционал, воспроизводящий нужные свойства с максимальной точность/минимальной погрешностью. Получаемые таким образом параметры (в том числе и заряды на атомах) являются оптимальными.
Если просто так взять и вставить в модель новые параметры, они точно не будут оптимальными и резко увеличат погрешность модели. Ни к чему хорошему это не приведет. Скорее всего - к артефактам.
Свобода, равенство, братство.
Или смерть.
Или смерть.
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
Гулите фразу "стерическая энергия"и "молекулярное моделирование". Это стандартный термин. Насколько помню, этот термин входит даже в учебную программу по молмоделированию.
В молмоделировании невозможно найти полную энергия и поэтому вычислить энтальпию образования св. эн. Гиббса. Можно найти только превышение энергии, когда полная энергия равновесного состояния принимается за 0. Эта разность и есть стерическая энергия. См. Соловьев "Компьютерная химия" стр.360. Эта книга, вроде, рекомендована в качестве стандартного учебника по молмоделированию на химфаках.
[ Post made via Android ]
В молмоделировании невозможно найти полную энергия и поэтому вычислить энтальпию образования св. эн. Гиббса. Можно найти только превышение энергии, когда полная энергия равновесного состояния принимается за 0. Эта разность и есть стерическая энергия. См. Соловьев "Компьютерная химия" стр.360. Эта книга, вроде, рекомендована в качестве стандартного учебника по молмоделированию на химфаках.
[ Post made via Android ]
После отстоя требуйте долива
- uchebnik fiziki
- Сообщения: 4265
- Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
Стерическая энергия -- это вклад ван-дер-Ваальсовых взаимодействий. Не рассказывайте сказки, пожалуйста.VTur писал(а):Гулите фразу "стерическая энергия"и "молекулярное моделирование". Это стандартный термин.
Свобода, равенство, братство.
Или смерть.
Или смерть.
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
uchebnik fiziki, Вам неплохо бы почитать классические книжки по этому поводу. Начните с Дашевского, одна из его книг есть в тырнете.
[ Post made via Android ]
[ Post made via Android ]
После отстоя требуйте долива
- uchebnik fiziki
- Сообщения: 4265
- Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
Классические книжки -- это, например, Татевский. Его, впрочем, имеет смысл читать только из исторических соображений. Есть нормальная современная терминология, а её переосмысление суверенными советскими учОными мало кого интересует.
Свобода, равенство, братство.
Или смерть.
Или смерть.
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
Т.е. Вы даже выражение для потенциальной энергии в молмеханике себе не представляете?
На счет Татевского не порите ерунды - он занимался квантовомеханическим обоснование аддитивных моделей.
Если Вам нужна информация по этому поводу, почитайте некую книжку Хёльтье и др. "Молекулярное моделирование". п. 2.2.1 Силовые поля.
Или попросите - и Вам кто-нибудь этот параграф отсканит. Или просто спросите Палюлина.
На счет Татевского не порите ерунды - он занимался квантовомеханическим обоснование аддитивных моделей.
Если Вам нужна информация по этому поводу, почитайте некую книжку Хёльтье и др. "Молекулярное моделирование". п. 2.2.1 Силовые поля.
Или попросите - и Вам кто-нибудь этот параграф отсканит. Или просто спросите Палюлина.
После отстоя требуйте долива
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
Специально для Вас. Курс для начинающих
http://www.colby.edu/chemistry/CompChem/MMtutor.pdf
http://www.colby.edu/chemistry/CompChem/MMtutor.pdf
После отстоя требуйте долива
- uchebnik fiziki
- Сообщения: 4265
- Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm
Re: Быстрый расчет точечных зарядов - чем считать? MOPAC или
Потенциальную энергию я как раз представляю. Вот только никто потенциальную энергию не называет стерической, это какая-то альтернативная терминология.
Свобода, равенство, братство.
Или смерть.
Или смерть.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: Google [Bot] и 20 гостей