Интерпретация зонных структур

[amge]

Научрук уверенно утверждает, что в ячейке две молекулы. В .cif строчки _cell_formula_units_Z не нашел вообще.

Согласно п. 9.3.2 хелпа Меркури, чтобы заполнить ячейку, нужно закрыжить Packing (внизу слева). В ячейке будет 8 молекул.

_cell_formula_units_Z нет по понятной причине - у вас другой формат, не cif.
PS. Глянул мануал по формату res
Там есть слово UNIT: Number of atoms of each type in the cell, in SFAC order.
В вашем файле
SFAC C H N O
UNIT 88 72 8 24
Т.е. ячейка - это C₈₈H₇₂N₈O₂₄

[amge]

Обычное явление (особенно для нежестких молекул), когда оптимизация подправляет геометрию, уменьшая энергию на сотню ккал/моль (оставаясь тем не менее в пределах рентгеновских погрешностей).

Это для систем примерно какого размера? Как то кажется, что многовато. Или это с учетом водородов ?

Разумеется, с учетом водородов, как без них в квантовой химии
Молекулы - обычная органика.
Например, у молекулы ТС при оптимизации ДФТ энергия понизилась на 84 ккал, при этом с виду практически не изменившись (была чуть неплоской, стала плоской, но это изменение произошло уже после того, как энергия в основном понизилась). Подозреваю, что основной вклад вносит плохая для квантовой химии длина связей С-Н (0.95 ангстрем)

[Гесс]

Yes. Res works.
It is 2 molecules in asymmetric unit and 8 molecules in the unit cell:

uc14110b_in_P2_1_n.jpg

[Nickalaich]

Спасибо, это прояснили. Есть предложения, где считать UV-Vis?

[Гесс]

И, видимо, не могу я дальше считать в QE, потому что TDDFT он мне не посчитает. Какая-то там симметрия не поддерживается. Документации кот наплакал, разбираться лень.

Я не считаю в квантумэспрессо и я не считаю TDDFT периодики, но
1) QE это умеет https://www.quantum-espresso.org/resour ... s-on-tddft но применять не turbo_lanczos а turboEELS потому что https://lists.quantum-espresso.org/pipe ... 42082.html
2) Любую симметрию необходимо подавлять и убивать. Систему практически невозможно возбуждать симметрично, поэтому исключительно C1. Безусловно расчет станет дороже но иначе я вообще не вижу как это может работать.

[Nickalaich]

Ок, попробую. Пробовал turbo_lanczos - не вышло.
Думаю, далее уже дело техники, в первую очередь.

[endlesslake]

Подозреваю, что основной вклад вносит плохая для квантовой химии длина связей С-Н (0.95 ангстрем)

собственно, примерно это я и имел в виду, только сформулировал неудачно.

Кстати, если структурный эксперимент доступен то можно прописать в AFIXы вторым параметром желаемые расстояния X-H и прогнать уточнение структуры.