Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение AlexKsen » Чт ноя 14, 2019 5:37 pm

Уважаемые форумчане, добрый вечер.
При TDDFT (def-2TZVP) в gamess выскочила ошибка связанная с псевдопотенциалом:

*** ERROR ***
AN UNEXPECTED $END WAS ENCOUNTERED IN $ECP GROUP.
EVERY ATOM IN THE MOLECULE MUST BE DEFINED IN $ECP.

Проверил, вроде, в синтаксе все правильно. Помогите разобраться в чем дело.
inp.txt
out.txt
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Tonnie Fox
Сообщения: 168
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение Tonnie Fox » Чт ноя 14, 2019 6:12 pm

Не уверен, но вроде во входном файле блок DATA должен быть примерно такого вида для каждого атома:
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение AlexKsen » Чт ноя 14, 2019 7:54 pm

Если Вы про лишний Enter между симметрией и координатами, то он не лишний.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение Гесс » Чт ноя 14, 2019 8:10 pm

У вас стоит ECP=READ но при этом нет блока $ECP - типа как в http://www.ccl.net/chemistry/resources/ ... 1.008-dir/

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение AlexKsen » Чт ноя 14, 2019 8:14 pm

Блок ЕСР прописан в inp

$ECP
C NONE
O NONE
...
H NONE
I-ECP GEN 28 3
4 ----- f-ul potential -----
-21.84204000 2 19.45860900
-28.46819100 2 19.34926000
...
0.24371300 2 4.82376700
0.32080400 2 4.88431500
H NONE
...
H NONE
$END
Последний раз редактировалось Гесс Чт ноя 14, 2019 8:37 pm, всего редактировалось 1 раз.
Причина: сокращено для удобочитаемости

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение Гесс » Чт ноя 14, 2019 8:16 pm

Извините, незаметил. Но гамесс его кажется невидит.

Судя по примерам надо писать
O-ecp none
а не
O none

Tonnie Fox
Сообщения: 168
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение Tonnie Fox » Чт ноя 14, 2019 8:25 pm

AlexKsen писал(а):
Чт ноя 14, 2019 7:54 pm
Если Вы про лишний Enter между симметрией и координатами, то он не лишний.
нет, энтер то само собой, я про два пробела перед каждой строчкой значений орбиталей. Я не могу сейчас лично убедиться, но, насколько помню, эти пробелы и есть проблема считывания входного файла.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение Гесс » Чт ноя 14, 2019 8:29 pm

Стоп, а откуда симметрия Cs?
Там C1, а ECP наверняка ждет All atoms must be given here in $ECP, not just the symmetry unique atoms.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение Гесс » Чт ноя 14, 2019 8:33 pm

Tonnie Fox писал(а):
Чт ноя 14, 2019 8:25 pm
я про два пробела перед каждой строчкой значений орбиталей. Я не могу сейчас лично убедиться, но, насколько помню, эти пробелы и есть проблема считывания входного файла.
TOTAL NUMBER OF BASIS SET SHELLS = 404
NUMBER OF CARTESIAN GAUSSIAN BASIS FUNCTIONS = 1250
NUMBER OF ELECTRONS = 262
орбитали вчитались. Невчитался именно ECP

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение AlexKsen » Чт ноя 14, 2019 8:35 pm

Вот оптимизация этой структуры с использованием еср с симметрией Сs. Прошу прощения, что файлы с облока:
out: https://cloud.mail.ru/public/Fjfs/MYvpdgBPQ

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение Гесс » Чт ноя 14, 2019 8:40 pm

Ну так там то структура Cs
А у вас С1

И покажите пожалуйста его инпут

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение AlexKsen » Чт ноя 14, 2019 8:45 pm

Гесс писал(а):
Чт ноя 14, 2019 8:40 pm
Ну так там то структура Cs
А у вас С1

И покажите пожалуйста его инпут
Кажется проглядел, когда inp делал. Проверю, спасибо.

Tonnie Fox
Сообщения: 168
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение Tonnie Fox » Чт ноя 14, 2019 8:59 pm

Кстати, а откуда нынче ECP брать для гамеса? Попробовал на basissetexchange, выбираю базис (тот же def-2TZVP), атомы, а в файле в итоге нет блока $ECP

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение AlexKsen » Чт ноя 14, 2019 9:02 pm

Tonnie Fox писал(а):
Чт ноя 14, 2019 8:59 pm
Кстати, а откуда нынче ECP брать для гамеса? Попробовал на basissetexchange, выбираю базис (тот же def-2TZVP), атомы, а в файле в итоге нет блока $ECP
Странно. Брал там же.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение Гесс » Чт ноя 14, 2019 9:12 pm

Tonnie Fox писал(а):
Чт ноя 14, 2019 8:59 pm
Кстати, а откуда нынче ECP брать для гамеса? Попробовал на basissetexchange, выбираю базис (тот же def-2TZVP), атомы, а в файле в итоге нет блока $ECP
Вроде все норм
ECP.jpg
Или вы про элементы до криптона?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Tonnie Fox
Сообщения: 168
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение Tonnie Fox » Чт ноя 14, 2019 9:23 pm

Спасибо, уже нашел проблему в своем MS Edge, тупенький он или не обновлялся давно ))
Проверил Ваш инпут на домашнем калькуляторе, правда гамесса у меня нет, запустил в FF и с ключом dfttyp=b3lyp. Действительно на симметрию ругается прога, при том что задано всё вроде верно. Мне не доводилось проводить расчеты в условиях гамесс/ECP/группа симметрия, теперь самому интересно, проблема ли это или есть какие то ключи решения без перехода к С1?

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение AlexKsen » Чт ноя 14, 2019 9:48 pm

Tonnie Fox писал(а):
Чт ноя 14, 2019 9:23 pm
Спасибо, уже нашел проблему в своем MS Edge, тупенький он или не обновлялся давно ))
Проверил Ваш инпут на домашнем калькуляторе, правда гамесса у меня нет, запустил в FF и с ключом dfttyp=b3lyp. Действительно на симметрию ругается прога, при том что задано всё вроде верно. Мне не доводилось проводить расчеты в условиях гамесс/ECP/группа симметрия, теперь самому интересно, проблема ли это или есть какие то ключи решения без перехода к С1?
Буду проверять.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение Гесс » Чт ноя 14, 2019 9:49 pm

Мануал говорит лишь что нужно указывать ECP для ВСЕХ атомов а не только для symmetry unique atoms.
И в облаке был аутпут с ECP и Cs. Думаю надо лишь посмотреть на его инпут.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение AlexKsen » Чт ноя 14, 2019 9:53 pm

Гесс писал(а):
Чт ноя 14, 2019 9:49 pm
Мануал говорит лишь что нужно указывать ECP для ВСЕХ атомов а не только для symmetry unique atoms.
И в облаке был аутпут с ECP и Cs. Думаю надо лишь посмотреть на его аутпут.
Какой нужен out?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проблема с псевдопотенциалом в Gamess

Сообщение Гесс » Чт ноя 14, 2019 10:09 pm

опечатка. инпут. Чтото я сегодня несконцентрирован.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 68 гостей