Программа для МД моделирования полимеров

[Aqurr]

Добрый день дорогие форумчане. Подскажите, пожалуйста, с помощью какой программы можно моделировать ионную динамику в ПЭГ? Желательно с графическим интерфейсом, и чтобы не было стыдно представлять результаты в научных журналах.

[madschumacher]

Настоятельно рекомендую: https://google.gik-team.com/?q=list+of+ ... s+software

Вот первые три результата.
https://en.wikipedia.org/wiki/Compariso ... s_modeling
https://en.wikipedia.org/wiki/Category: ... s_software
http://www.ch.ic.ac.uk/local/organic/mod/software.html

[Гесс]

I did not got question completely, but most likely LAMMPS, and a bit lower chances - GROMACS.

[Aqurr]

А чем хуже Ascalaph Designer? Вроде по данным таблицы из https://en.wikipedia.org/wiki/Compariso ... s_modeling эта программа занимает лидирующие позиции.

[madschumacher]

А чем хуже Ascalaph Designer? Вроде по данным таблицы из https://en.wikipedia.org/wiki/Compariso ... s_modeling эта программа занимает лидирующие позиции.

Не "занимает лидирующие позиции", а "имеет кучу финтифлюшек".
Можете юзать всё, что душе угодно, но конкретно эта софтина собрана только под винду, что в мире расчётов означает, что ей никто особо не пользуется, поскольку вычисления в ней не поставить на бОльшую часть вычислительных кластеров (точнее можно через Wine, но это ещё то извращение).

Лидирующие позиции занимает то, что Гесс перечислил + м.б. TINKER, CHARMM и DL_POLY.

[Aqurr]

Понятно. Спасибо большое.