У вас в аутпуте написано: Gaussian 09: IA32W-G09RevA.02 11-Jun-2009
Это ну очень похоже на https://rutracker.org/forum/viewtopic.php?t=3291843
буква W соответствует винде, а цифра 32 разрядности.
64-битный гауссиан не должен этим страдать.
Я не знаю есть ли пиратские версии 64битного гауссиана под винду (под линукс есть точно), но я в любом случае не рекомендую это делать, вы поптом просто можете поиметь проблемы с публикацией результатов. Есть свободные альтернативы начиная с орки.The 64-bit version of G09W is not limited in the number of processors (or cores) that can be accessed for shared memory parallel calculations. It does not have the 32-bit addressing limitations that the 32-bit G09W version has, so for all practical purposes, the 64-bit version of G09W can access an unlimited amount of memory and disk space.
Если же у вас реально легальный 32битный гауссиан на винду и нет возможности переходить на 64-бит, то тут только удешевлять задачу.
Я не знаю чем мотивирован выбор MP2, и не имею желания вникать в причины этого выбора или убеждать его менять. Так как оптимизация закончена то конечную геометрию (благо теперь она C2-симметрична) можно засунуть в расчет частот с меньшим базисом (формально идея не очень чистая, но это активно применялось), скажем спуститься с 6-311g** до 6-311g* или даже до 6-31g*.
Ну есть еще один сомнительный вариант, делать частоты численно, но это очень долго и я не дам зуб что в конце не вылезет та же самая бяка.