Я давно хотел сделать в Chemcraft что-то научное и расчётное, только не мог выбрать, в каком направлении двигаться. Сейчас вот склоняюсь к новой идее - собственная оптимизация через более правильный конвергентор, чем в Гауссиане или Орке.
Предлагаю потестировать новую версию:
https://chemcraftprog.com/files/Chemcra ... _win64.zip
Как видите, теперь Chemcraft вызывает xtb, читает его файлы, и анализирует их. Вы можете набросать молекулу на экране и быстро прооптимизировать её через Compute/Optimize geometry.
Этот расчёт не запускает собственно отимизацию в xtb; на каждой итерации считается только одна точка, энергия и градиенты. А координаты атомов для следующей точки выбирает Chemcraft. Сейчас я реализовал крайне простой алгоритм - из координат атомов вычитаются градиенты, умноженные на коэффициент. Предлагаю догадаться, что ещё есть в этом алгоритме?
Конкретно, на каждой итерации вызывается:
C:\ChemcraftNew\Calc\xtb\xtb.exe C:\ChemcraftNew\Calc\Scratch\geom.xyz --sp --grad --gfn 1 > C:\ChemcraftNew\Calc\Scratch\res.out
Может лучше сделать --gfn 2? Какие опции вообще есть в xtb? Важно ли добавить настройку расчёта в xtb?
Я возможно наконец плотно засяду за работу, и смогу похвастаться что теперь делаю не только визуализацию, но и вношу типа вклад в науку. Сейчас мне кажется интересной такая задача: моя программа будет аналогичным образом запускать одноточечные расчёты на Гауссиане или Орке, также сама будет думать оптимизацию, и такая оптимизация получится быстрее стандартной, т.е. на оптимизацию уйдёт меньше шагов, за счёт более удачного алгоритма конвергентора. Предлагаю всем поучаствовать.
И я думаю, что в идеале эту задачу надо решить так: на каждой итерации будут параметризироваться мой кастомный функционал молекулярной механики. Понятно ли, что я имею в виду?
Оптимизация через кастомный конвергентор
Re: Оптимизация через кастомный конвергентор
У меня сейчас обнаружилось, что если открыть Chemcraft-ом файл через фар или проводник, и нажать Compute/Optimize, то оно не работает. Странно. Но можно закрыть Chemcraft, открыть иконкой, далее нажать Ctrl+R и далее уже можно считать.
Re: Оптимизация через кастомный конвергентор
Коллеги, с Новым годом! Почему то у меня ни одна из этих ссылок не открыdается:sorry, but the page you are looking for was not found. Try checking the URL for spelling or formatting errors.
/files/Chemcraft_b731bt_win64.zip
Может я что то делаю не так?
/files/Chemcraft_b731bt_win64.zip
Может я что то делаю не так?
Re: Оптимизация через кастомный конвергентор
А, ссорри, я там поудалял. Вот:
https://chemcraftprog.com/files/Chemcra ... _win64.zip
Сделал сканирование PES.
https://chemcraftprog.com/files/Chemcra ... _win64.zip
Сделал сканирование PES.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя