Оптимизация через кастомный конвергентор

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1262
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Оптимизация через кастомный конвергентор

Сообщение Vit Nhoc » Вт ноя 19, 2024 12:54 pm

Я давно хотел сделать в Chemcraft что-то научное и расчётное, только не мог выбрать, в каком направлении двигаться. Сейчас вот склоняюсь к новой идее - собственная оптимизация через более правильный конвергентор, чем в Гауссиане или Орке.
Предлагаю потестировать новую версию:

https://chemcraftprog.com/files/Chemcra ... _win64.zip

Как видите, теперь Chemcraft вызывает xtb, читает его файлы, и анализирует их. Вы можете набросать молекулу на экране и быстро прооптимизировать её через Compute/Optimize geometry.
Этот расчёт не запускает собственно отимизацию в xtb; на каждой итерации считается только одна точка, энергия и градиенты. А координаты атомов для следующей точки выбирает Chemcraft. Сейчас я реализовал крайне простой алгоритм - из координат атомов вычитаются градиенты, умноженные на коэффициент. Предлагаю догадаться, что ещё есть в этом алгоритме?

Конкретно, на каждой итерации вызывается:

C:\ChemcraftNew\Calc\xtb\xtb.exe C:\ChemcraftNew\Calc\Scratch\geom.xyz --sp --grad --gfn 1 > C:\ChemcraftNew\Calc\Scratch\res.out

Может лучше сделать --gfn 2? Какие опции вообще есть в xtb? Важно ли добавить настройку расчёта в xtb?

Я возможно наконец плотно засяду за работу, и смогу похвастаться что теперь делаю не только визуализацию, но и вношу типа вклад в науку. Сейчас мне кажется интересной такая задача: моя программа будет аналогичным образом запускать одноточечные расчёты на Гауссиане или Орке, также сама будет думать оптимизацию, и такая оптимизация получится быстрее стандартной, т.е. на оптимизацию уйдёт меньше шагов, за счёт более удачного алгоритма конвергентора. Предлагаю всем поучаствовать.
И я думаю, что в идеале эту задачу надо решить так: на каждой итерации будут параметризироваться мой кастомный функционал молекулярной механики. Понятно ли, что я имею в виду?

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1262
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Оптимизация через кастомный конвергентор

Сообщение Vit Nhoc » Вт ноя 19, 2024 3:32 pm

У меня сейчас обнаружилось, что если открыть Chemcraft-ом файл через фар или проводник, и нажать Compute/Optimize, то оно не работает. Странно. Но можно закрыть Chemcraft, открыть иконкой, далее нажать Ctrl+R и далее уже можно считать.


Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1262
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Оптимизация через кастомный конвергентор

Сообщение Vit Nhoc » Вт ноя 19, 2024 5:48 pm


alexp51
Сообщения: 56
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Оптимизация через кастомный конвергентор

Сообщение alexp51 » Вс янв 05, 2025 10:57 pm

Коллеги, с Новым годом! Почему то у меня ни одна из этих ссылок не открыdается:sorry, but the page you are looking for was not found. Try checking the URL for spelling or formatting errors.

/files/Chemcraft_b731bt_win64.zip
Может я что то делаю не так?

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1262
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Оптимизация через кастомный конвергентор

Сообщение Vit Nhoc » Пн янв 06, 2025 9:02 am

А, ссорри, я там поудалял. Вот:

https://chemcraftprog.com/files/Chemcra ... _win64.zip

Сделал сканирование PES.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя