z-matrix

[Rusia]

Чем задавать их по-быстрому?

Маленькую молекулу запросто ввести вручну, а вот по-больше уже проблема. Причем нужна специфичная з-матрица, так как создаются они для заморозки внутренних координат, только вот БЕСПЛАТНЫХ программ, которые это делают корректно я не обнаружил.

Поделитесь опытом.

[Nord]

molden

[Darth Vasya]

chemcraft

[Rusia]

chemcraft уже заказан...

Только идёт долго, а руками созданные матрицы не всегда корректно расчитываются и отображаются.

Молден... Сейчас попробую.

Просто также долгоидёт лицензия на mol2mol

update: я что-то не понимаю как molden установить

[Darth Vasya]

chemcraft lite точно так же умеет генерировать z-матрицу, и ничего ждать не нужно

[amge]

Чем задавать их по-быстрому? ... Поделитесь опытом.

Я делаю так.

Рисую двумерную картинку в Marvin Sketch (примерно как в ChemDraw, это гораздо быстрее, чем создавать трехмерную структуру). Затем (для версии 5.0.1):
Structure - Add - Add Explicit Hydrogens,
Structure - Clean 3D - Clean in 3D,
File - Save As - File of Type XYZ.

Далее - molden (если у Вас Windows, то предварительно нужно поставить X-сервер, например, xming).
Read - выбираем файл (либо molden file.xyz),
ZMAT Editor - редактируем z-матрицу - Format: Mopac (кнопочка внизу) - File name ? ... - Write Z-Martix

Все упомянутые программы - бесплатные. То же самое можно с помощью ChemDraw-Chem3D, но ChemOffice платный.

[Rusia]

chemcraft lite точно так же умеет генерировать z-матрицу, и ничего ждать не нужно

А у меня не получалось...

[Rusia]

Проблема решена- пришёл платный mol2mol