внутренние координаты симметрии

[Yu/2]

Интересует алгоритм автоматической генерации внутренних координат симметрии произвольной молекулы если задан набор внутренних координат и известна точечная группа. Кто-нибудь знает работы по этой теме?

[Nord]

Точные ссылки должны быть в описании соответствующего модуля.

С другой стороны, а что, теория симметрийных проекторов разве не работает? Строим проектор на соответсвующие неприводимые представления, если нужно, избавляемся от линейной зависимости и симметизованные координаты готовы. Нужно лишь знать, правильно, точечную группу (набор генераторов) и то, как эти генераторы действуют на каждую из внутренних координат.

[Yu/2]

Спасибо за совет, будем думать. ;)

[Nord]

Пожалуйста

[Yu/2]

Просто я думал что возможно есть еще более быстрый и изящный алгоритм, но похоже что прийдется делать классически через проекторы.

[Nord]

Да уж куда быстрее и изящней-то...

[Yu/2]

Не прошло и сто лет, как я наконец (почти) сделал то, что хотел.

Строим проектор на соответсвующие неприводимые представления, если нужно, избавляемся от линейной зависимости и симметизованные координаты готовы.

Вот вопрос: как избавляются от линейной зависимости? Вот например я строю координаты симметрии для NH3 с помощью симметрийных проекторов. Получаю 8 координат, две из них лишние. Как в общем случае понять, какие 2 лишние? Для аммиака я знаю какие лишние, но меня интересует общий случай.

[Nord]

Вот вопрос: как избавляются от линейной зависимости? Вот например я строю координаты симметрии для NH3 с помощью симметрийных проекторов. Получаю 8 координат, две из них лишние. Как в общем случае понять, какие 2 лишние? Для аммиака я знаю какие лишние, но меня интересует общий случай.

Как всегда
Алгоритм хорошо известен в линейной алгебре - приведение матрицы координат к ступенчатому виду и выяснение т.н. главных и свободных координат. Свободные координаты и есть те самые линейно-независимые переменные, через которые выражаются главные. В алгоритме очень много степеней свободы - выбор независимых координат будет зависеть от упорядочения исходных векторов.

[Yu/2]

Ничего толком не понял... ну да ладно, заботаю пару книжек.