gaussian конформационный поиск
gaussian конформационный поиск
У меня есть молекула SnTPP(OH)2, мне нужно найти все его конформации в gaussian. Просьба, опишите подробный алгоритм дейтвий.
Re: gaussian конформационный поиск
Что такое SnTPP(OH)2?
Все конформации найти невозможно, их бесконечное множество. Речь идет о стабильных конформациях (конформерах)?
Гауссиан не поможет Вам найти конформеры, он для этого не предназначен. Но Вы можете вручную или с помощью других программ генерировать начальные приближения конформеров и затем дооптимизировать их стркутуру гауссианом.
Все конформации найти невозможно, их бесконечное множество. Речь идет о стабильных конформациях (конформерах)?
Гауссиан не поможет Вам найти конформеры, он для этого не предназначен. Но Вы можете вручную или с помощью других программ генерировать начальные приближения конформеров и затем дооптимизировать их стркутуру гауссианом.
Re: gaussian конформационный поиск
Хорошо, а как их генерировать, в какой программе ? =)
Re: gaussian конформационный поиск
А вы когда в последний раз омегой пользовались? Там с каждой новой версией плюшек всё больше и больше, включая перебор конформаций циклов, а число выводимых конформеров сильно зависит от параметров запуска. Есть ещё классические коммерческие генераторы Concord и CORINA, для второй можно получить бесплатную тестовую лицензию.
Re: gaussian конформационный поиск
Общей темы по конформационному поиску вроде нет, так что пишу сюда. Вот свежая статья для любителей свободного софта и генерации конформеров:
Код: Выделить всё
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci2004658
Re: gaussian конформационный поиск
starless, большое спасибо! Это как раз для меня . Статья сильно полезная. Они там хвалят RDKit, про который я, к своему стыду, не знал. Но зря не проверили Tinker scan - этот генератор в некоторых случаях (например, для макроциклов) просто очень хорош. Полезность статьи еще и в том, что проведено сравнение генераторов, можно почитать и выбрать, что лучше подходит для конкретной модели. А то смотрю литературу - люди зачастую пользуются чем попало. Даже проверил некоторые случаи (rosmaridiphenol, isosclerone, ibuprofen) и каждый раз находил пропущенные конформеры.starless писал(а):Вот свежая статья для любителей свободного софта и генерации конформеров
Re: gaussian конформационный поиск
Большое спасибо! я еще посмотреть толком не успела -- только вернулась с конференции, -- но буду изучать. Крауны -- настоящая проверка прочности для всех программ конформационного поиска
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: gaussian конформационный поиск
Истинно так! Я бы даже сказал - страшный сон, кошмар. Самые простые случаи - еще можно, но уже для 18-краун-6 тинкер нашел мне 40 тыс. (!) конформеров. Что с ними делать - ума не приложу. Мой обычный подход для таких объектов трещит по швам.sanya1024 писал(а):Крауны -- настоящая проверка прочности для всех программ конформационного поиска
Re: gaussian конформационный поиск
вот в том-то и проблема. Либо считать квантовохимически все 40 тыс., либо забить на систематический поиск. Потому что если отбирать наиболее низколежащие -- то попадание/непопадание того или иного конформера в список избранных зависит от силового поля. Каждое поле врет по-своему. Иногда даже парочка самых-самых стабильных конформеров 18-краун-6, к-рые в DFT, MP2 и рентгене конкурируют только друг с другом, в некоторых силовых полях оказывается "за гранью".
Либо надо придумать параметризацию силовых полей специально под гибкие макроциклы.
Либо надо придумать параметризацию силовых полей специально под гибкие макроциклы.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: gaussian конформационный поиск
Это точно! Сейчас я как раз тренируюсь, пытаясь найти быстрый метод (силовое поле или полуэмпирика), который дал бы результат, похожий на то что дает DFT. Пока в качестве "быстрых методов" попробовал MM2 и MMFF94 (тинкер), RM1 (мопак) и QM (природа11). Тестовый объект - 12-краун-4 (порядка сотни конформеров). Сравнивал (по коэффициентам корреляции) энергии DFT-оптимизированных структур с энергиями структур, оптимизированных быстрым методом. Последних две разновидности: энергия самого метода и энергия single point DFT. Результаты таковы:sanya1024 писал(а):попадание/непопадание того или иного конформера в список избранных зависит от силового поля. Каждое поле врет по-своему.
Код: Выделить всё
r of Fast Method (FM) vs. DFT energy
FM | FM vs. DFT | FM SP-DFT vs. DFT
---------------------------------------
MM2 | 0.44 | 0.50
MMFF94 | 0.58 | 0.90
RM1 | 0.05 | 0.67
QM | 0.77 | 0.93
Алгоритм действий может быть таким: найденные конформеры оптимизировать Природой-11, в нулевом приближении этим ограничиться. Но лучше для каждого из них сделать single point DFT. Другой приемлимый вариант - для конформеров, генерированных с использованием силового поля MMFF94 (многие генераторы это умеют), сделать single point DFT.
Отмечу еще самый стабильный конформер (структура симметрии S4) получается также самым стабильным у MMFF94 и QM и не получается у MM2 и RM1.
Re: gaussian конформационный поиск
Ребят, я что-то отстал от обсуждений конф. поиска - мало читал. Но вот вопрос - как много программ из перечисленных (в т. ч. в вышеприведенной статье) позволяют работать с комплексами переходных металлов?
Из софта для конф. поиска кот я использовал могу посоветовать PCModel, Spartan или SCAN (Tinker). Вообще мне думается что лишь несколько людей нуждаются в наистабильнейшей конформации, для обычных людей кон-ции кот в пределах 1-1,5 ккал/моль от наистабильнейшей - вполне приемлемая точность.
Из софта для конф. поиска кот я использовал могу посоветовать PCModel, Spartan или SCAN (Tinker). Вообще мне думается что лишь несколько людей нуждаются в наистабильнейшей конформации, для обычных людей кон-ции кот в пределах 1-1,5 ккал/моль от наистабильнейшей - вполне приемлемая точность.
Кто смел тот и съел
Re: gaussian конформационный поиск
Из вышеприведенной статьи - никто (за возможным исключением упоминавшегося там коммерческого генератора, возможностей которого я не знаю). Можете попробовать генератор из Marvin'а: он на дрейдинговском силовом поле и ему по барабану, переходный там металл или щелочной. Но ни получившимся геометриям, ни тем более энергиям доверять нельзя, после этого генератора обязателен этап оптимизации получившихся конформеров хорошей квантовой химией.YuraM писал(а):как много программ из перечисленных (в т. ч. в вышеприведенной статье) позволяют работать с комплексами переходных металлов?
Здесь Вы ошибаетесь. 1-1,5 ккал/моль - это достаточно много, в терминах больцмановской заселенности это лишь 20-10%. Кроме того, пока нет исчерпывающего конформационного поиска, где гарантия, что ошиблись на 1-1.5, а не на 10-15 ккал/моль?YuraM писал(а):Вообще мне думается что лишь несколько людей нуждаются в наистабильнейшей конформации, для обычных людей кон-ции кот в пределах 1-1,5 ккал/моль от наистабильнейшей - вполне приемлемая точность.
Позвольте продемонстрировать на работе по определению абсолютной конфигурации изосклерона [Eur. J. Org. Chem., 2011, 5564-5570, DOI: 10.1002/ejoc.201100941].
Код: Выделить всё
A 0.0 -17.50
B 0.32 67.92
C 1.03 95.72
D 1.48 17.72
Аналогично с ЯМР, могу привести массу примеров, когда строение именно самого стабильного конформера определяет ключевые параметры спектра.
Re: gaussian конформационный поиск
amge, спасибо за замечательное исследование!
И насчет корреляции конформации с ЯМР-спектром тоже чистая правда. Иногда даже можно конформеры по спектрам различить, если они не слишком быстро переходят друг в друга. Более того, я занималась случаями, когда конформация краун-эфира (точнее, его комплекса с металлом) существенно влияла на УФ спектр присобаченного к крауну заместителя.
Я сейчас крауны оставила (надоели!), выходят только совместные с экспериментаторами статьи по старому материалу. И не в последнюю очередь оставила потому, что угадать наиболее стабильную конформацию крауна нельзя. Максимум -- можно ориентироваться на рентген родственных макроциклов, и то не всегда. А если краун новый, еще не исследованный, и рентгена нет... остается только ждать рентгена.
И насчет корреляции конформации с ЯМР-спектром тоже чистая правда. Иногда даже можно конформеры по спектрам различить, если они не слишком быстро переходят друг в друга. Более того, я занималась случаями, когда конформация краун-эфира (точнее, его комплекса с металлом) существенно влияла на УФ спектр присобаченного к крауну заместителя.
Я сейчас крауны оставила (надоели!), выходят только совместные с экспериментаторами статьи по старому материалу. И не в последнюю очередь оставила потому, что угадать наиболее стабильную конформацию крауна нельзя. Максимум -- можно ориентироваться на рентген родственных макроциклов, и то не всегда. А если краун новый, еще не исследованный, и рентгена нет... остается только ждать рентгена.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: gaussian конформационный поиск
...а потом придут рентгены, пять штук сразу, и все разные. Как хочет, так и складывается.
Re: gaussian конформационный поиск
И так бывает. Но тогда эти 5 рентгенов обычно укладываются где-то в 1.5-ккал/мольный интервал. А если кто не укладывается -- значит, на это у него есть веские причины типа сильного межмол. взаимодействия.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: gaussian конформационный поиск
Вот по этой ссылке увидела буквальное подтверждение своим словам. Все конформеры фенилаза-15-краун-5, к-рые мне попадались в рентгене, оказались в нижнем "кластере" -- с энергией до 1.5 ккал/моль. Правда, в этом кластере оказались и те структуры, что в рентгене не наблюдались. Но скорее всего, просто рентгеновских данных маловато, или они наблюдаются в жидкой фазе. Но чтобы это увидеть, amge сделал исчерпывающий поиск (3800 конформеров)! А сколько их будет в случае крауна побольше?
Код: Выделить всё
http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/conformers/crown/15c5-NPh/
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: gaussian конформационный поиск
sanya, а не могли бы вы по-подробнее расказать об оном влиянии. как оно там все происходит. я так понимаю вы на все это смотрели сsanya1024 писал(а): Более того, я занималась случаями, когда конформация краун-эфира (точнее, его комплекса с металлом) существенно влияла на УФ спектр присобаченного к крауну заместителя.
Я сейчас крауны оставила (надоели!), выходят только совместные с экспериментаторами статьи по старому материалу. И не в последнюю очередь оставила потому, что угадать наиболее стабильную конформацию крауна нельзя.
расчетной "колокольни". для каких объектов наблюдался сдвиг, какие метллы были в крауне? И да, сдвиг в УФ был за счет
"присобаченного заместителя" или может быть как-нибудь метал вовлекался (непосредственно)? А может у вас есть что-нибудь опубликованное на эту тему?
В общем буду рад любой информации.
Заранее спасибо
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: gaussian конформационный поиск
Из публикаций: Короче, идея такая: имеется азакраун-эфир. К азоту присобачен хромофор (работающий в видимой области). В свободном состоянии, без металла -- азакраун-эфирный фрагмент ведет себя просто как аминогруппа (для моделирования спектра хромофора его вообще можно безболезненно отрезать и оставить NMe2 -- результат будет одинаковым). Если в крауне сидит катион (у нас -- щелочной или щелочноземельный), азот координируется к нему и выключается из сопряжения с хромофором. Как если бы аминогруппа протонировалась. Т.е., эффект достаточно очевидный. Может быть, если засунуть переходный металл (и взять краун, где все гетероатомы -- азоты), можно получить и переходы с участием металла.surius писал(а): sanya, а не могли бы вы по-подробнее расказать об оном влиянии. как оно там все происходит. я так понимаю вы на все это смотрели с
расчетной "колокольни". для каких объектов наблюдался сдвиг, какие метллы были в крауне? И да, сдвиг в УФ был за счет
"присобаченного заместителя" или может быть как-нибудь метал вовлекался (непосредственно)? А может у вас есть что-нибудь опубликованное на эту тему?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 21 гость