Сравниваем персональные компьютеры (ORCA version)

[YuraM]

Linux, ORCA 5.0.1, OpenMPI 4.1.1, intel core i5 10600 K, 6 x 4.1 GHz (4.5 GHz все ядра в Turbo boost), 16 Gb RAM, 512 SDD - 00:22:43.

[Ahha]

Числа стали теряться за флудом. Никто не будет возражать, если я буду копировать все результаты куда-нибудь в заглавный пост?

Это было бы неплохо.

ORCA 5.0.1, static, openmpi 4.1.1.
2*XEON E5-2697 v2 12x2.7 GHz 30720KB/256Gb DDR3 1600 MHz/SATA HDD

nprocs 6: 0:36:58
nprocs 12: 0:22:15
nprocs 20: 0:14:49
nprocs 24: 0:12:57

Перенос директории для временных файлов в RAM время расчета ни на секунду не меняет, по крайней мере для последнего случая. Означает ли это, что в данной задаче время общения с диском - не лимитирующее? Там и временных файлов где-то 500-600 Мб всего возникает.

Та же софтварная конфигурация.
Core i7-8700 6X3.2 GHz 12288 KB/8Gb DDR4 2666 MHz/SATA HDD

nprocs 6: 0:28:49

[endlesslake]

linux, ORCA 4.2.1, openmpi 3.1.4,

Threadripper 3970x / 256Gb DDR4 3200/ SSD

nprocs 32: 0:05:32

[endlesslake]

дубль

[bigM]

Перенос директории для временных файлов в RAM время расчета ни на секунду не меняет, по крайней мере для последнего случая. Означает ли это, что в данной задаче время общения с диском - не лимитирующее? Там и временных файлов где-то 500-600 Мб всего возникает.

для решения вопроса нужен лог обращений к свап-файлу. может при таком объёме оперативы он и не нужен...

[bigM]

linux, ORCA 4.2.1, openmpi 3.1.4,

Threadripper 3970x / 256Gb DDR4 3200/ SSD

nprocs 32: 0:05:32

ультимативно!

[Shorku]

для решения вопроса нужен лог обращений к свап-файлу. может при таком объёме оперативы он и не нужен...

В Линуксе нет своп-файла. А у машин с большим объемом оперативки еще и своп-раздел часто отключают или ставят swappiness на 0, и тоже можно считать, что свопа нет. Вы просите анализировать нечто несуществующее.

P.S. если очень захотеть, своп-файл можно и под убунтой завести, но это далеко не дефолтная опция, а извращение какое-то
P.P.S. но все есть файл, так что в каком-то смысле...

[Суровый]

Хотел скачать ORCA и потестить. Посмотрел на размер и приуныл
Почему она весит больше, чем ОС?

[Shorku]

Хотел скачать ORCA и потестить. Посмотрел на размер и приуныл
Почему она весит больше, чем ОС?

Туда "вшиты" почти все используемые библиотеки. Можно скачать эти гигабайты, и просто сразу запускать, а можно пойти более традиционным путем: скачать не статик, а шаред версию орки - она будет весить куда меньше, но придется танцевать с библиотеками.

[amge]

шаред версию орки - она будет весить куда меньше, но придется танцевать с библиотеками.

Да дополнительные танцы то минимальны - все равно PATH и LD_LIBRARY_PATH вписывать в .bashrc или в скрипт-запускалку, и ничего не строит в LD_LIBRARY_PATH добавить директорию орки. Но то что шаред-версия медленнее - это существенно.

[Суровый]

Orca_4_2_1u_Win64_MSMPIv10.exe
Microsoft MPI v10.0
Win7-64

CPU G3240 3.10GHz (2 ядра)
RAM DDR3 8GB 1600MHz
MB H81M2

Timings for individual modules:

Sum of individual times ... 6767.242 sec (= 112.787 min)
GTO integral calculation ... 1.559 sec (= 0.026 min) 0.0 %
SCF iterations ... 6765.683 sec (= 112.761 min) 100.0 %
****ORCA TERMINATED NORMALLY****
TOTAL RUN TIME: 0 days 1 hours 52 minutes 47 seconds 835 msec

При расчёте диск и ОЗУ не юзались.

[Ahha]

Orca_4_2_1u_Win64_MSMPIv10.exe
Microsoft MPI v10.0
Win7-64

CPU G3240 3.10GHz ([2 ядра)
RAM DDR3 8GB 1600MHz
MB H81M2

Timings for individual modules:

Sum of individual times ... 6767.242 sec (= 112.787 min)
GTO integral calculation ... 1.559 sec (= 0.026 min) 0.0 %
SCF iterations ... 6765.683 sec (= 112.761 min) 100.0 %
****ORCA TERMINATED NORMALLY****
TOTAL RUN TIME: 0 days 1 hours 52 minutes 47 seconds 835 msec

При расчёте диск и ОЗУ не юзались.

Core i7-8700 6X3.2 GHz 12288 KB/8Gb DDR4 2666 MHz/SATA HDD, nprocs 2, ORCA 4.2.1, OpenMPI 3.1.4

Timings for individual modules:

Sum of individual times ... 3005.870 sec (= 50.098 min)
GTO integral calculation ... 3.172 sec (= 0.053 min) 0.1 %
SCF iterations ... 3002.697 sec (= 50.045 min) 99.9 %
****ORCA TERMINATED NORMALLY****
TOTAL RUN TIME: 0 days 0 hours 50 minutes 8 seconds 1 msec

Нет, я понимаю, что разные модели процессоров, памяти, разные версии MPI, разные ОСи. Но в 2 (два) раза??... Или я что-то конкретно не догоняю насчет директивы nprocs? Или в первом случае использовалось nprocs 1?

[Гесс]

Если пути не были прописаны и запуск проходил без полного пути, могла работать сериальная версия. Надо смотреть аутпут. Если Суровый выложит его сюда (в архиве или переименовав в txt) то мы глянем.

[Ahha]

Мне еще запоздало подумалось, что просто не указали nprocs, тогда она, возможно, по умолчанию 1, я не помню.

[Суровый]

Цифру 2 я указал. Без этой правки ORCA ругалась.
Output

orca.zip

Грузилось 2 ядра. В диспетчере было два запущенных процесса. Меня удивило отсутствие изменений в использовании ОЗУ. Такое ощущение, что использовался прямой расчет интегралов без их сохранения.

[Ahha]

Забавно. Инпут выглядит как правильный. Более того, в аутпуте даже есть нужные слова:

************************************************************
* Program running with 2 parallel MPI-processes *
* working on a common directory *
************************************************************

То есть как бы она хочет сказать, что запускает MPI версию. Но тогда я ничего не понимаю. И у меня нет под рукой винды, чтобы проверить, в чем тут дело.

Хорошо, на всякий случай: как вы это всё запускаете?

[Суровый]

Хорошо, на всякий случай: как вы это всё запускаете?

Вот такой командой: E:\Orca\orca.exe E:\Orca\inp\orca.inp > orca.out

Обратите внимание

SCF Procedure:
Maximum # iterations MaxIter .... 125
SCF integral mode SCFMode .... Direct
Integral package .... LIBINT
Reset frequency DirectResetFreq .... 20
Integral Threshold Thresh .... 2.500e-11 Eh
Primitive CutOff TCut .... 2.500e-12 Eh

У меня действительно был директ-ССП. Но кто-то тут писал, что у него полностью использовалась ОЗУ. Т.е. ORCA сама определяет по объему ОЗУ какой алгоритм использовать. Видимо.

[Ahha]

Нет, тут дело не в этом.
У меня тоже самое:

SCF Procedure:
Maximum # iterations MaxIter .... 125
SCF integral mode SCFMode .... Direct
Integral package .... LIBINT
Reset frequency DirectResetFreq .... 20
Integral Threshold Thresh .... 2.500e-11 Eh
Primitive CutOff TCut .... 2.500e-12 Eh

[Ahha]

Мне всё же кажется, что Гесс прав, и вам надо смотреть в сторону правильного задания путей под виндой. Тут что-то есть на эту тему: https://www.orcasoftware.de/tutorials_o ... stall.html

[Суровый]

Запустил на 1 процессоре. Если через 2 часа не отпишусь, значит отпишусь через 4.