Точность в PCGAMESS

VTur · Сообщение **VTur** » Вт апр 15, 2008 5:51 pm

При решении уравнения Хатри-Фока-Рутана в приближении Борна-Оппенгеймера не стоит вообще говорить о температуре. Даже фраза "0 К" бессмысленна. И неважно, ансамбль это молекул или просто пересчёт на 1 моль.

lucky-ph · Сообщение **lucky-ph** » Чт апр 17, 2008 3:10 pm

А кто нибудь сравнивал результаты GAMESS и PCGAMESS. Какой пакет дает лучшее согласие с экспериментом?
Расскажите пожалуйста насколько успешно и для каких задач Вы используете DFT в PCGAMESS.

Darth Vasya · Сообщение **Darth Vasya** » Чт апр 17, 2008 3:21 pm

lucky-ph писал(а):А кто нибудь сравнивал результаты GAMESS и PCGAMESS. Какой пакет дает лучшее согласие с экспериментом?

Давайте уж сразу к основам: какой язык программирования даёт лучшее согласие с экспериментом, на какой операционной системе и т.д.

Rusia · Сообщение **Rusia** » Чт апр 17, 2008 7:47 pm

Darth Vasya писал(а):
lucky-ph писал(а):А кто нибудь сравнивал результаты GAMESS и PCGAMESS. Какой пакет даёт лучшее согласие с экспериментом?
Давайте уж сразу к основам: какой язык программирования даёт лучшее согласие с экспериментом, на какой операционной системе и т.д.

Я думал, что и то и то на фортране....

От себя добавлю- а вопрос идёт просто о пакетах или о басизных функциях, различных методах? (не буду умничать- вы хотите сравнить БМВ и мерседес- вроде одно и то же, ездит, выглядит прилично, но есть нюансы)

lucky-ph · Сообщение **lucky-ph** » Пт апр 18, 2008 7:29 am

Rusia писал(а):От себя добавлю- а вопрос идёт просто о пакетах или о басизных функциях, различных методах? (не буду умничать- вы хотите сравнить БМВ и мерседес- вроде одно и то же, ездит, выглядит прилично, но есть нюансы)

Меня интересует причина увеличения скорости расчета в PCGAMESS.

Nord · Сообщение **Nord** » Пт апр 18, 2008 8:29 am

lucky-ph писал(а):Меня интересует причина увеличения скорости расчета в PCGAMESS.

Он в большей мере учитывает особенности архитектуры i386. Как известно, в современных процессорах этой архитектуры используется конвейер инструкций, предвыборка, несколько уровней кэш-памяти. Если эффективно использовать эти технологии, то можно существенно увеличить производительность программы. Сразу упреждая вопрос "почему это не сделано в GAMESS(US)". А потому, что он работает на существенно более широком круге компьютерного железа, в том числе, и НЕ i386, а поэтому некоторая доля производительности принесена в жертву портируемости.

Darth Vasya · Сообщение **Darth Vasya** » Пт апр 18, 2008 10:11 am

Впрочем, Интел сейчас раздаёт свои компиляторы (под Линукс) и МКЛ на халяву, так что вполне возможно, что при максимальной оптимизации Гамесс окажется не слишком медленнее ПЦГамесса... Есть желающие проверить?

Nord · Сообщение **Nord** » Пт апр 18, 2008 1:56 pm

Darth Vasya писал(а):Впрочем, Интел сейчас раздаёт свои компиляторы (под Линукс) и МКЛ на халяву, так что вполне возможно, что при максимальной оптимизации Гамесс окажется не слишком медленнее ПЦГамесса... Есть желающие проверить?

Я проверял. Но А.А. Грановский отнюдь не занимается простой перекомпиляцией. Собранный интеловским компилятором GAMESS(US) на некоторых задачах ускоряется, а на некоторых -- gcc оказывается быстрее, но даже там, где он ускоряется, он почти всегда остается медленнее PC-GAMESS.

Darth Vasya · Сообщение **Darth Vasya** » Пт апр 18, 2008 2:05 pm

Nord писал(а):он почти всегда остается медленнее PC-GAMESS.

Несомненно, никакой оптимизирующий компилятор не заменить грамотного программирования (хотя и отлично его дополнит).

Nord писал(а):Собранный интеловским компилятором GAMESS(US) на некоторых задачах ускоряется, а на некоторых -- gcc оказывается быстрее

А вот в это, при всём уважении, верится с трудом - флаги компиляции в студию

Впрочем, куда сильнее влияют библиотеки. Вы с МКЛ сравнивали или с АТЛАС?

Nord · Сообщение **Nord** » Пт апр 18, 2008 4:01 pm

Darth Vasya писал(а):А вот в это, при всём уважении, верится с трудом - флаги компиляции в студию Впрочем, куда сильнее влияют библиотеки. Вы с МКЛ сравнивали или с АТЛАС?

Я MKL вообще не пользовал

Только атлас.

Rusia · Сообщение **Rusia** » Пт апр 18, 2008 7:08 pm

lucky-ph писал(а):
Rusia писал(а):От себя добавлю- а вопрос идёт просто о пакетах или о басизных функциях, различных методах? (не буду умничать- вы хотите сравнить БМВ и мерседес- вроде одно и то же, ездит, выглядит прилично, но есть нюансы)
Меня интересует причина увеличения скорости расчета в PCGAMESS.

Ну Грановский переделал ОЧЕНЬ много кода. По крайней мере я такое читал от других людей и сам наблюдал отличную скорость расчётов. Только пока есть трудности с работой на несколько процессоров сразу...

lucky-ph · Сообщение **lucky-ph** » Сб апр 19, 2008 6:37 am

Rusia писал(а):Ну Грановский переделал ОЧЕНЬ много кода. По крайней мере я такое читал от других людей и сам наблюдал отличную скорость расчётов. Только пока есть трудности с работой на несколько процессоров сразу...

А какие у Вас сложности с параллельными расчетами?

Rusia · Сообщение **Rusia** » Сб апр 19, 2008 12:18 pm

lucky-ph писал(а):А какие у Вас сложности с параллельными расчетами?

Если отвечать просто- то не запускаются. Но я пока пытаюсь под 64 битной вистой. И уменя МПИЧ не идёт нормально. А под линуксом пока просто запустить проблема.

lucky-ph · Сообщение **lucky-ph** » Сб апр 19, 2008 1:34 pm

Rusia писал(а):Если отвечать просто- то не запускаются. Но я пока пытаюсь под 64 битной вистой. И уменя МПИЧ не идёт нормально. А под линуксом пока просто запустить проблема.

Vista для расчетов? Ставьте Fedora 8 64 битную. Там по умолчанию уже все настроено. Указываете пакету опцию -p4pg файл с процессорами. Формат этого файла смотрите в документации mpich. Все прекрасно считается, а комп еще и не тормозит (не то что в винде).

Rusia · Сообщение **Rusia** » Сб апр 19, 2008 3:08 pm

lucky-ph писал(а):Ставьте Fedora 8 64 битную. Там по умолчанию уже все настроено. Указываете пакету опцию -p4pg файл с процессорами. Формат этого файла смотрите в документации mpich. Все прекрасно считается, а комп еще и не тормозит (не то что в винде).

спасибо. Только федора вроде как уничтажает всё, что на компе стоит... Надо будет поговорить с сисадмином.

Darth Vasya · Сообщение **Darth Vasya** » Сб апр 19, 2008 11:47 pm

Nord писал(а):Только атлас.

Ага, вот вам ещё 10% к скорости (судя по моим сравнениям MKL и ATLAS в составе SIESTA). Небось, если использовать сами знаете чьи легендарные алгоритмы диагонализации, американский гамесс ещё и обгонит Грановского

Nord · Сообщение **Nord** » Вс апр 20, 2008 12:06 am

Rusia писал(а):Только федора вроде как уничтажает всё, что на компе стоит...

Ага, еще соблазняет чужих жен и ест детей.

lucky-ph · Сообщение **lucky-ph** » Пн апр 21, 2008 7:20 am

Rusia писал(а):спасибо. Только федора вроде как уничтажает всё, что на компе стоит... Надо будет поговорить с сисадмином.

Ничего она не уничтожает! Нужно правильно разбивать диск!

Yurii · Сообщение **Yurii** » Пн апр 21, 2008 9:48 pm

Darth Vasya писал(а):
Nord писал(а):Только атлас.
Ага, вот вам ещё 10% к скорости (судя по моим сравнениям MKL и ATLAS в составе SIESTA). Небось, если использовать сами знаете чьи легендарные алгоритмы диагонализации, американский гамесс ещё и обгонит Грановского

Обгоняет. См. тему "Сравнение gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов.", где можно скачать (с моей страницы, на которую там есть ссылка) и три статьи с констатацией этого факта. Только теперь разрыв еще больше, т.к. только в конце 2006 года удалось открыть новый алгоритм матричного умножения при завершении метода Хаусхолдера. Что касается неэмпирики, то для некоторых методов важна скорость умножения матриц, где неоценимую услугу может оказать разработанный мною алгоритм быстрого перемножения матриц, разработанный в конце прошлого года и имеющий ряд важных преимуществ по сравнению с известным алгоритмом Штрассена-Винограда и его различными реализациями, известными на настоящее время:
минимальное влияние ошибок округления на точность вычислений;
минимальные требования к размеру используемой дополнительной оперативной памяти;
Об этом можно почитать на моей странице, посвященной процессору Core2 Duo для IA32. Следует отметить, что данные, опубликованные на моей странице, устарели. Но я сейчас занимаюсь другой проблемой и мне не до диагонализации. Но ориентиры я указал, чем успешно воспользовался Грановский для перемножения м-ц.

Darth Vasya · Сообщение **Darth Vasya** » Пн апр 21, 2008 11:58 pm

Yurii писал(а):моей странице, посвященной процессору Core2 Duo для IA32

Ммм... а вот это вот можно пояснить? Core2, конечно, поддерживает инструкции IA32, но что может скрываться за фразой "страница, посвящённая (процессору) для (архитектуры)"?

Форум химиков

Точность в PCGAMESS

Кто сейчас на конференции