афинная хроматография. линкер диглицид эфиры

[Cherep]

смотрю литературу
везде пока почемуто в качестве одного из компонентов линкера используют диглицидиловый эфтр бутандиола-1,4

а почему не диглицидиловый эфир этиленгликоля?

[Smol]

а почему не диглицидиловый эфир этиленгликоля?

ИМХО - его от воды трудно полностью очистить, он хорошо в ней растворяется. 1,4-БД более гидрофобен.

[avor]

ИМХО! Он длиннее. Чем длиннее спейсер тем меньше вероятности, что белок денатурирует при пришивке, плюс чем длиннее спейсер тем меньше вероятность стерических затруднений при взаимодействие с мишенью(грубо говоря чем на более длинной веревочке болтается леденец тем он доступней).

Но тогда вопрос: а почему не используют диглицидиловый эфир ДЭГ или даже ПЭГ 400? Я не знаю ответа, возможно они гораздо менее доступны, а возможно глупый консерватизм.

[Cherep]

а почему не диглицидиловый эфир этиленгликоля?

ИМХО - его от воды трудно полностью очистить, он хорошо в ней растворяется.

Ну так его чистят перегонкой в вакууме. А конденсации с ним проводят в воде.

[Cherep]

ИМХО! Он длиннее. Чем длиннее спейсер тем меньше вероятности, что белок денатурирует при пришивке,

Мне надо было сделать уточнее, что сначала агарозу или сефарозу окучивают диглицидиловым эфиром бутандиола. А потом ещё наращивают ещё...
И главное, есть работа, где модифицируя сефаразу, акцентируют внимание на процесс кросс-сшивку диглицидиловым эфиром.

плюс чем длиннее спейсер тем меньше вероятность стерических затруднений при взаимодействие с мишенью(грубо говоря чем на более длинной веревочке болтается леденец тем он доступней).

Чтож... может что-то в этом есть.

Но тогда вопрос: а почему не используют диглицидиловый эфир ДЭГ или даже ПЭГ 400? Я не знаю ответа, возможно они гораздо менее доступны, а возможно глупый консерватизм.

ДЭГ - интересный вариант.

[StYV]

Называется этот продукт ДЭГ-1 и производится промышленно.
С уважением StYV.

[Iskander]

ПЭГ-и высокой очистки дорого даются. ПЭГ 400 - та ещё смесь обычно.

Помимо длины иногда нужно учитывать ещё подвижность линкера. Простые эфиры считаются очень подвижными, алкильные цепи - менее. Ароматика, полиамиды - жёсткие. Хотя это всё довольно условно.

[StYV]

Видел работы в которых делали ПЭГи строго нужной длины типа ПЭГ-10 из доступных гликолей. Наверно можно сделать и типа ПЭГ-400, но наверняка это будет дорого. Самое доступное в каталоге Aldrich это ПЭГ-3, ПЭГ-4 уже дороже, а все остальное ой.
PS То что называю ПЭГ-10 это и есть ПЭГ-400, только молекулярная масса немного больше.
С уважением StYV.

[Cherep]

ёлки-палки-серо-буро-малиновые
А что значит ПЭГ-400? Что его молмасса в районе 400 (10 штук этиленгликолей)? Или что это 400 штук этиленгликолей?

[StYV]

В ПЭГах число обозначает среднюю молекулярную массу, если что то коллеги поправят. В моих сообщениях имелось ввиду число мономерных звеньев. То есть для ПЭГ-10 молекулярная масса равна 10*(44)+18=458.
С уважением StYV.

[Iskander]

ПЭГ-и маркируют как по молмассе (средней), так и по звеньям. Это в целом приводит к путинице. То есть может быть ПЭГ-400 и ПЭГ-35. ПЭГ-и более 2000 обычно твёрдые при комнатной температуре. 400-600 - жидкие. Если маркировка по звеньям, то там обычно числа менее 50. По Молмассе - видел 20000 и вроде даже 35000.

[Cherep]

ясно. короче без масс-спектрометра не разберёшься )))

[StYV]

Есть в банке ПЭГ10000, он твердый. Его используют для получения монолитных колонок для ВЭЖХ. Если что, могу отсыпать.
С уважением StYV.

[avor]

ясно. короче без масс-спектрометра не разберёшься )))

Зачем, слюшай, масс-спектрометра?
Тот который 400 масса - коротеньки, жидкий маловязкий. Тот который 400 звено - твердый воск, в воде вязкие раст-воры дает, панимаешь.

Я, конечно, маленький имел ввиду.

[VOVAN CIR]

а почему не диглицидиловый эфир этиленгликоля?

Могу предположить, что варить и чистить его сложнее. Из этиленгликоля и глицидилхлорида выход низкий будет из-за внутримолекулярной циклизации.

[palek]

Помимо длины иногда нужно учитывать ещё подвижность линкера. Простые эфиры считаются очень подвижными, алкильные цепи - менее. Ароматика, полиамиды - жёсткие. Хотя это всё довольно условно.

Эта подвижность связана с конформационными барьерами или гидратными оболочками (в воде)? А как на подвижность линкера влияют аминогруппы в составе цепи (если -О- поменять на -NH-)? Снижают по сравнению с эфирами но не до такой степени как алкилы?

[Iskander]

Эта подвижность связана с конформационными барьерами или гидратными оболочками (в воде)?

Скорее с конформационными барьерами. Ближе всего понятие "длина сегмента Куна", из ВМС. Длинносегментные полимеры (целлюлоза, полиарамиды, дуплексы ДНК) считаются жёсткими, короткие - конформационно подвижными. Конечно, это не прямая аналогия, но сравнивать можно.

А как на подвижность линкера влияют аминогруппы в составе цепи (если -О- поменять на -NH-)? Снижают по сравнению с эфирами но не до такой степени как алкилы?

По-моему, они сопоставимы с эфирами. Но их (избытка) категорически не любят биохимики, поскольку аминогруппы способны протонироваться и за счёт этого корёжить конформацию белка до состояния яичницы.

Важную роль играет гидрофобность линкера (по той же причине). Скажем, амиды при их жёсткости - гидрофильны, алкилы (более подвижные чем амиды) - нет. ПЭГ-и близки к идеалу, у них соотношение фильность/фобность близко к 1.

[Cherep]

а почему не диглицидиловый эфир этиленгликоля?

Могу предположить, что варить и чистить его сложнее. Из этиленгликоля и глицидилхлорида выход низкий будет из-за внутримолекулярной циклизации.

да не, я тогда ссылки в Лернере на него нашёл, нормально получается, если верить книжкам