Программы для спектроскопистов
Программы для спектроскопистов
Здравствуйте,
Я хотел бы спросить спектроскопистов и прочих экспериментаторов, могу ли я внедрить в мою программу Chemcraft новые возможности, полезные для них.
Например такую: подсчёт интегральной площади пика на спектре. Предположим, у нас есть такой спектр:
Программа позволит вручную указать границы, по которым проводится подсчёт площади, и какие-то характеристики базовой линии (основания, или как она называется в спектроскопии), от которой идёт отсчёт высоты пика в каждой точке:
Я думаю, эту базовую линию в каждом случае нужно будет рисовать по-своему, тут нужна ручная настройка и визуализация.
Другая возможность – быстрый подсчёт пиков в ЯМР-спектре. Тут, наверно, мне нужно будет много разбираться; вопрос в том, устраивают ли химиков возможности уже имеющихся программ.
Я хотел бы спросить спектроскопистов и прочих экспериментаторов, могу ли я внедрить в мою программу Chemcraft новые возможности, полезные для них.
Например такую: подсчёт интегральной площади пика на спектре. Предположим, у нас есть такой спектр:
Программа позволит вручную указать границы, по которым проводится подсчёт площади, и какие-то характеристики базовой линии (основания, или как она называется в спектроскопии), от которой идёт отсчёт высоты пика в каждой точке:
Я думаю, эту базовую линию в каждом случае нужно будет рисовать по-своему, тут нужна ручная настройка и визуализация.
Другая возможность – быстрый подсчёт пиков в ЯМР-спектре. Тут, наверно, мне нужно будет много разбираться; вопрос в том, устраивают ли химиков возможности уже имеющихся программ.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Программы для спектроскопистов
Не получается добавить две картинки в пост, вот вторая картинка:
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
-
- Сообщения: 979
- Зарегистрирован: Сб фев 04, 2012 4:20 pm
Re: Программы для спектроскопистов
а вы не думали под свой Chemcraft привязать тему с искусственным интеллектом и/или нейросетями? Тема модная нынче...Поучилась бы она и сама без расчетов начала бы рисовать молекулы и спектры, а там не далеко и до свойств веществ
- Вас Кузьмой зовут?
- Кузенькой, можно Кузькой, маленький я ещё, семь веков всего, восьмой пошел.
Из м/ф "Домовенок Кузя"
- Кузенькой, можно Кузькой, маленький я ещё, семь веков всего, восьмой пошел.
Из м/ф "Домовенок Кузя"
Re: Программы для спектроскопистов
Полуофф, а можно шепотом, чтоб не побили, а на обычных ЯМРах, базовая линия сильно плывет, что корректировка нужна, или только вблизи пика сольвента?
В моем ЯМРе у меня, к сожалению, плывет, но я ее многомерностью удаляю, и, плывет она из-за типа эксперимента, что я делаю. На 600-900ках то, что приходило мне на обработку там не до базовой линии было, только многомерные замесы и, из-за этого я не знаю как обычно у других бывает, так как нету под рукой Магретека или Оксфорда на перманентных магнитах.
В моем ЯМРе у меня, к сожалению, плывет, но я ее многомерностью удаляю, и, плывет она из-за типа эксперимента, что я делаю. На 600-900ках то, что приходило мне на обработку там не до базовой линии было, только многомерные замесы и, из-за этого я не знаю как обычно у других бывает, так как нету под рукой Магретека или Оксфорда на перманентных магнитах.
Re: Программы для спектроскопистов
chemigor
Я не очень понял ваш вопрос. В моём примере, как видно, базовая линия плывёт везде. Это какие-то студенты снимали. Я к сожалению не знаток в ЯМР, и не знаю насколько такое распространено.
Я не очень понял ваш вопрос. В моём примере, как видно, базовая линия плывёт везде. Это какие-то студенты снимали. Я к сожалению не знаток в ЯМР, и не знаю насколько такое распространено.
Re: Программы для спектроскопистов
Ой, ну да.
С ЯМР я не помню, чтобы у меня была задача проведения линии фона и подсчёта площади пика. Но с ЯМР много своих заморочек, насколько хватает возможностей имеющихся программ?
С ЯМР я не помню, чтобы у меня была задача проведения линии фона и подсчёта площади пика. Но с ЯМР много своих заморочек, насколько хватает возможностей имеющихся программ?
Re: Программы для спектроскопистов
Спасибо больше за ответы!
Я в общем спрашивал, больше как софтописатель, а не как юзер, а, так как пока имею опыт только своих данных с ЯМРа и видел то, что делается на очень сильных магнитах, просто любопытствую как бывает у других.
Я в общем спрашивал, больше как софтописатель, а не как юзер, а, так как пока имею опыт только своих данных с ЯМРа и видел то, что делается на очень сильных магнитах, просто любопытствую как бывает у других.
Re: Программы для спектроскопистов
Если мы про окончательный вид спектра (а не про всякое фурье) то там обычно в центральной части базовая линия вполне горизонтальная если вещество не из канавы а у оператора руки не из жопы, даже на 40-вках. В прогах типа Topspin есть утилиты для игр с базовой линией. Но я ЯМР софтом в последний раз пользовался лет 10 назад.
Re: Программы для спектроскопистов
Спасибо Гесс, я примерно такое же раньше тоже видел на 600-900, и, по началу базовой линией заморачиваться не собирался.
Да, я именно про окончательный вид спектра имел ввиду.
Если брать не дейтерированные сольвенты, то одномерные спектры в районе пиков воды имеет сказочную базовую линию, но она-то идеально вытаскивается второй размерностью (NOESY или HSQC) или градиентом по концентрации, что собственно у меня и делается.
Также из-за того, что в свое время делал пик-пикинг в хроматографии, могу на раз подцепить свой же софт по вытаскиванию пиков на плывущей базовой линии. Вот необходимость в этом у меня пока вызывала сомнения, а увидев тут выше такую замечательную картинку решил спросить на всякий случай.
Да, я именно про окончательный вид спектра имел ввиду.
Если брать не дейтерированные сольвенты, то одномерные спектры в районе пиков воды имеет сказочную базовую линию, но она-то идеально вытаскивается второй размерностью (NOESY или HSQC) или градиентом по концентрации, что собственно у меня и делается.
Также из-за того, что в свое время делал пик-пикинг в хроматографии, могу на раз подцепить свой же софт по вытаскиванию пиков на плывущей базовой линии. Вот необходимость в этом у меня пока вызывала сомнения, а увидев тут выше такую замечательную картинку решил спросить на всякий случай.
Re: Программы для спектроскопистов
Не, где то в районе 2005-2010 я видел несколько спектров где скажем мультиплет в районе ароматики превращался в единый горб и уходил в слабое поле пологой гиперболой, но это не каждый день. Ну а негативные пики справа (опционально слева) от положительных я думаю всем знакомы, их нам оператор выкручивала до симметричного вида (40вка умела писать спектры только на бумагу, поэтому А3 и никаких этих ваших ненадежных электронных форматов и постобработки).
Re: Программы для спектроскопистов
Скажите, насколько толков и продуман интерфейс для распознавания мультиплетов в современных ЯМР-программах?
Или распознавания мультиплетов вообще нет, а есть только распознавание отдельных пиков?
Или распознавания мультиплетов вообще нет, а есть только распознавание отдельных пиков?
Re: Программы для спектроскопистов
10 лет назад такого небыло. Как сейчас не знаю, но я с большим подозрением отношусь к софту умнее меня. Расставить метку над каждым пиком проги умели уже тогда и я ни разу не видел чтобы эта опция давала какой то толковый результат на реальных ПМР. Я привык к спектрам до 300ок, и на мой взгляд если два дублета дублетов перекрываются то там уже ловить чтото проблемно. А обычно в мультиплеты набивается больше двух протонов.
Re: Программы для спектроскопистов
АСДЛабз умеет распознавать мультиплеты и считать кссв автоматом, но делает это не идеально. Идеально, подозреваю, сделать можно только вручную.
Re: Программы для спектроскопистов
Там есть возможность выбрать между ручным/автоматическим распознаванием, скорректировать вручную автоматическое, настроить его?
-
- Сообщения: 9448
- Зарегистрирован: Вт дек 21, 2004 11:42 am
Re: Программы для спектроскопистов
Приведенный ИК интегрировать не надо, там по Y пропускание, а не поглощение, сначала надо сконвертировать. В своей программке я сделал интегрирование того интервала, что на экране и проведение базовой по самостоятельно расставляемым точкам, при этом базовая проводится либо сплайном, либо прямыми между точками. Мне (и моим сотрудникам) это кажется более адекватным, чем автоматические варианты.
Re: Программы для спектроскопистов
Я ведь тоже думаю о том, чтобы именно такой вариант реализовать в Chemcraft: ручное задание опорных точек для сплайна или полинома (хотя и автоматическое тоже можно, кому что понравится; в любом случае линия фона будет показана на общем графике). Вся "идеология" Chemcraft построена на таких принципах, а также на максимальной интеграции программы с другими, вроде Origin (например рассчитанный спектр с уширениями линий в Chemcraft можно через Clipboard скопировать в Origin/Excel).Polychemist писал(а): ↑Сб окт 13, 2018 4:26 pmПриведенный ИК интегрировать не надо, там по Y пропускание, а не поглощение, сначала надо сконвертировать. В своей программке я сделал интегрирование того интервала, что на экране и проведение базовой по самостоятельно расставляемым точкам, при этом базовая проводится либо сплайном, либо прямыми между точками. Мне (и моим сотрудникам) это кажется более адекватным, чем автоматические варианты.
И ещё хочу заодно задать очень сумбурный вопрос: не будут ли недовольны какие-нибудь пользователи, если программы вроде моей будут предлагать совсем уж широкий выбор сервисных утилит для чего угодно, из-за чего в научной работе станет ненужным умение программировать?
Re: Программы для спектроскопистов
пока у Вас в софте не будет достаточных компонент искусственного интеллекта, которые бы смогли бы у Вашего пользователя самому вникнуть в его проблему, склассифицировать то, что надо решить, вывести необходимые математические формулы, на основе них все запрограммировать, обработать результаты химических экспериментов, а потом написать статью, что ни один рецензент не сможет докопаться, то можно об этом не беспокоиться.Vit Nhoc писал(а): ↑Сб окт 13, 2018 6:49 pmИ ещё хочу заодно задать очень сумбурный вопрос: не будут ли недовольны какие-нибудь пользователи, если программы вроде моей будут предлагать совсем уж широкий выбор сервисных утилит для чего угодно, из-за чего в научной работе станет ненужным умение программировать?
Re: Программы для спектроскопистов
Мне пришла в голову идея ещё одной утилиты.
Когда читаешь старые статьи, например с ИК-спектрами, часто в таблицах приводится не вся информация, которую видно на графике спектра. Например, там могут быть отдельные слабые частоты, не представленные в таблице. Тогда может потребоваться узнать частоту и интенсивность этих полос спектра.
А как узнать в цифрах положение полосы, если есть просто картинка? Тут можно, например, использовать линейку, приложив её к экрану. Конечно такой подход очень неудобный, проще иметь специальную программу. В этой программе вы через Clipboard вставите рисунок графика (скопированный через клавишу PrintScreen), далее кликнете на двух точках, для которых подписана абсцисса и ордината, и далее кликните на нужной точке, и программа пересчитает её координату.
Нужна кому-нибудь такая утилита?
Когда читаешь старые статьи, например с ИК-спектрами, часто в таблицах приводится не вся информация, которую видно на графике спектра. Например, там могут быть отдельные слабые частоты, не представленные в таблице. Тогда может потребоваться узнать частоту и интенсивность этих полос спектра.
А как узнать в цифрах положение полосы, если есть просто картинка? Тут можно, например, использовать линейку, приложив её к экрану. Конечно такой подход очень неудобный, проще иметь специальную программу. В этой программе вы через Clipboard вставите рисунок графика (скопированный через клавишу PrintScreen), далее кликнете на двух точках, для которых подписана абсцисса и ордината, и далее кликните на нужной точке, и программа пересчитает её координату.
Нужна кому-нибудь такая утилита?
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Программы для спектроскопистов
Вообще такие утилиты существуют, и даже в некотором разнообразии (емнип, даже в Origin есть плагин для такого). Но если Вы сделаете интерфейс лучше, чем у них, то будет здорово.
PrintScreen не очень хорошо, т.к. его разрешение фиксировано, а графики бывают весьма значительного размера/иметь некоторые детали, которые необходимо увеличивать. Поэтому в таких утилитах обычно сразу загружают исходник изображения (автоматически подразумевается чтение кучи разных форматов).
Вообще, из того, с чем лично я сталкивался, обычно самым фиговым является именно задание абсциссы и ординаты парой точек:
- их можно не очень прямо поставить относительно оси (учитывая, что сканы могут быть весьма кривыми),
- иногда расплывшиеся точки затрудняют постановку отметок на разных отметках на осях (лучше иметь возможность понаставить кучу точек в разных местах с разными значениями, а потом усреднить).
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 24 гостя