Места рестрикции плазмид

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
Ответить
LenoxGold
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Сб авг 22, 2020 9:54 am

Места рестрикции плазмид

Сообщение LenoxGold » Сб авг 22, 2020 10:12 am

Здравствуйте уважаемые участники форума!

У меня есть вопрос на тему исследования плазмид.

Для эксперимента должна будет составлена карта мест рестрикции одного неизвестного плазмида. Даля этого он обрабатывается комбинацией из разных рестрикционных ферментов, для которых у него имеется MCS. Полученные ДНК-фрагменты разделяются с помощью гель-электрофореза.
Однако этот метод не даёт возможности сделать выводы о точном расположении, близко лежащих друг к другу мест рестрикции.

Может ли кто-нибудь подсказать метод, с помощью которого можно будет установить даже их правильный порядок?

Заранее благодарю за ответ!

(Русский не мой родной язык, так что возможны ошибки)

Nickolas
Сообщения: 1121
Зарегистрирован: Пн авг 27, 2007 8:15 pm

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение Nickolas » Сб авг 22, 2020 10:42 am

Вам помогут тут:
http://molbiol.ru/forums/index.php

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12496
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение avor » Сб авг 22, 2020 1:28 pm

У вас вопрос методический(перед вами стоит задача экспериментально установить карту сайтов рестрикции в неизвестной плазмиде) или учебный(это теоретический вопрос в учебном задании)? Каков размер плазмиды и каково ее происхождение? Есть ли доступ к секвенаторам и каким? Для скольких рестриктаз нужна карта?

LenoxGold
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Сб авг 22, 2020 9:54 am

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение LenoxGold » Сб авг 22, 2020 5:58 pm

Вопрос учебный.
Размер плазмида 5,6 kB
Резался ферментами: HindIII (5,6kB), EcoRI (1,4 и 4,2kB), BamHI (5,6kB), Spel (0,7 и 4,9kB)
EcoRI + HindIII (1,4 и 4,2kB), HindIII + BamHI (5,6kB), BamHI + Spel (0,7 и 4,9kB), Spel + EcoRI (0,7 и 1,4 и 3,5kB)

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12496
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение avor » Сб авг 22, 2020 6:18 pm

Тут возникает щекотливый вопрос учитывается ли суперспиральная конформация плазмиды на электрофорезе?

Т.е. запись HindIII(5,6) Означает что рестриктаза не сработала или, что она сработала, но получился один линейный продукт( т.е. имеется единственный сайт рестрикции)

Вообще раз это учебная задачка. Хотелось бы увидеть полный оригинальный текст. Можно даже на немецком. Если текст сопровождается форезными картинками это дополнительно облегчило бы понимание проблемы.

LenoxGold
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Сб авг 22, 2020 9:54 am

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение LenoxGold » Сб авг 22, 2020 7:27 pm

Стесняюсь спросить, а как отправить фото?

Für ein Experiment soll eine Karte mit Schnittstellen von einem unbekannten Plasmid erstellt werden. Dazu wird es mit einer Kombination aus verschiedenen Restriktionsenzymen geschnitten, für die das Plasmid eine multiple Klonierungsstelle besitzt. Die entstehenden DNA-Fragmente werden über eine Aragose-Gelelektrophorese getrennt.

Zeichnen Sie auf Grundlage des Bandenmusters so exakt wie möglich die sich daraus ergebende Restriktionskarte. Kennzeichnen Sie die Lage der MCS, an der das Gen später eingefügt werden kann. Beurteilen Sie anschließend, welche/s Enzym/e für das Einfügen eines beliebigen Gens an der MCS am geeignetsten ist/sind.

Die beschriebene Methode der Kartierung eines Plasmids erlaubt keine Rückschlüsse auf die genaue Lage sehr eng beieinander liegender Schnittstellen. Nennen Sie eine Methode, mit der auch diese in ihrer richtigen Reihenfolge bestimmt werden können. Geben Sie je einen Vor- und Nachteil dieser Methode an.

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12496
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение avor » Сб авг 22, 2020 8:27 pm

Значит картинки есть!
Ну, либо их можно добавить при составлении ответа - там есть возможность вставить файл( но там ограничения по размеру). Либо загрузить в какое-нибудь хранилище например на Гугле и потом дать на них ссылки.

LenoxGold
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Сб авг 22, 2020 9:54 am

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение LenoxGold » Сб авг 22, 2020 8:58 pm

BD35836D-3F68-4E89-8462-D7B221EE6F4A.png
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12496
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение avor » Сб авг 22, 2020 9:06 pm

Ага! Теперь ситуация более менее ясная! Так как вопрос учебный. А мы тут действуем в духе?
https://chemport.ru/forum/viewtopic.php?f=8&t=18284
То я должен задать вопрос: какие у вас мысли по поводу решения этого задания?

LenoxGold
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Сб авг 22, 2020 9:54 am

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение LenoxGold » Сб авг 22, 2020 10:41 pm

До сих пор пока занималась только составлением карты для этого плазмида, однако постоянно натыкалась на проблему несостыковки размеров некоторых кусков.
Задание с методом начина делать сравнительно недавно. Из методов, который показался пока что более менее уместным было риботипирование, однако я не думаю, что в данной ситуации оно сильно поможет

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12496
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение avor » Вс авг 23, 2020 4:02 am

Наводящий вопрос:
Что вы знаете о топологии и третичной структуре плазмид?
(для справки плазмида - в русском языке женского рода, хотя вектор, например, - мужского)

Ещё один наводящий вопрос:
Что такое MCS?

И что там у вас не состыковывается в данной плазмиде?

LenoxGold
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Сб авг 22, 2020 9:54 am

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение LenoxGold » Вс авг 23, 2020 4:05 pm

Если честно, конкретно вопросом плазмид я раньше никогда не занималась, а потому и решила обратиться за помощью на форум. То есть многого мне о них пока ещё не известно.

MCS это сайт множественного клонирования или же полилинкер. Короткий сегмент ДНК, содержащий много сайтов рестрикции (до 20).
В данной плазмиде я не могу понять где должны будут располагаться разрезы, так как отталкиваясь от уже имеющейся информации о составлении карт, их у меня получается странное количество.

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12496
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение avor » Вс авг 23, 2020 5:47 pm

LenoxGold писал(а):
Вс авг 23, 2020 4:05 pm
MCS это сайт множественного клонирования или же полилинкер. Короткий сегмент ДНК, содержащий много сайтов рестрикции (до 20).
Отлично! С этим разобрались.
LenoxGold писал(а):
Вс авг 23, 2020 4:05 pm
В данной плазмиде я не могу понять где должны будут располагаться разрезы, так как отталкиваясь от уже имеющейся информации о составлении карт, их у меня получается странное количество.
А подробнее, что значит "странное" количество. Почему странное?

Ещё раз повторю вопрос: что из себя представляет плазмида топологически?

И ещё наводящий вопрос: есть ли среди представленных в задаче рестриктаз, имеющие сайт рестрикции в полилинкере и если есть, то какие?

LenoxGold
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Сб авг 22, 2020 9:54 am

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение LenoxGold » Пн авг 24, 2020 8:05 pm

На счёт странного количества я имею ввиду, что получаются несостыковки в размерах отрезков.

На счёт информации о плазмидах. Вся информация, которая только есть о этом плазмиде написана в задаче или изображена на фотографии фореза. Больше никакой информации нет.

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12496
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение avor » Пн авг 24, 2020 10:23 pm

Какие такие нестыковки? Посчитайте суммы длин фрагментов для каждого случая и напишите где не стыковки!

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12496
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение avor » Пн авг 24, 2020 10:27 pm

LenoxGold писал(а):
Пн авг 24, 2020 8:05 pm
На счёт информации о плазмидах. Вся информация, которая только есть о этом плазмиде написана в задаче или изображена на фотографии фореза. Больше никакой информации нет.
Вы сами, что-ибудь знаете про плазмиды как объект, кроме того, что в них может быть полилинкер?
Что это за хрень такая и с чем ее едят?

LenoxGold
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Сб авг 22, 2020 9:54 am

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение LenoxGold » Вт авг 25, 2020 10:45 am

Честно говоря не особо. До получения этого задания я не особо интересовалась этой темой. Информацию начала собирать тоже сравнительно недавно, ну а после того как совсем запуталась решила всё-таки написать на форум. Знаю о плазмидах только общую информацию без сильных углублений.

Мне хотя бы узнать о источниках, где можно будет поискать/прочесть информацию касательно этой темы. Сайты там или книги. Хочется всё-таки понять как все это делается

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12496
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение avor » Ср авг 26, 2020 10:40 pm


LenoxGold
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Сб авг 22, 2020 9:54 am

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение LenoxGold » Чт авг 27, 2020 9:12 am

Спасибо)
Вторая сказочка не хочет грузится 😅

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12496
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Места рестрикции плазмид

Сообщение avor » Чт авг 27, 2020 10:32 am

Хочет, хочет у не просто формат не пдф, a djvu. Найдите в сети читалку она бесплатная. Книжка на русском языке(перевод с американского).

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя