Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить

Какой графический стиль вы бы предпочли?

Белый фон, жёлтые атомы углерода (как было раньше)
12
27%
Белый фон, розовые атомы углерода
1
2%
Белый фон, серые атомы углерода
13
30%
Чёрный фон, желтые атомы углерода
6
14%
Чёрный фон, розовые атомы углерода (как стало сейчас)
3
7%
Чёрный фон, серые атомы углерода
6
14%
Всё равно
3
7%
Другое
0
Голосов нет
 
Всего голосов: 44

iAlex
Сообщения: 127
Зарегистрирован: Пт окт 29, 2010 10:33 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение iAlex » Вс мар 01, 2020 4:54 pm

Вот чего-чего, а анализа вкладов в ChemCraft категорически не хватает, добавьте хотя бы их расчет простым методом для сферических гармоник.
Например в Chemissian это реализовано так:
222.png
Но, удобнее работать, если данные будут выводиться в виде таблицы:
333.png
В ChemCraft есть вывод егенвекторов
444.png
Необходимо только их возвести в квадрат, просуммировать, нормировать и вывести в % для каждого электрона каждого атома в каждой МО с учетом виртуальных базисных функций, чтобы сумма вкладов в каждой МО равнялась 100% или 1.
Для метода Маллекена чуть посложнее будет, т.к. необходимо учесть интегралы перекрывания и избавится от отрицательных значений вкладов. Мы обычно избавляемся от отрицательных вкладов путем нормировки с учетом значения вклада отдельного атома (расчитываем из выдачи MULLIKEN ATOMIC POPULATION IN EACH MOLECULAR ORBITAL) в МО. В итоге получаем сумму s/p/d/f вкладов отдельного атома, которая равна суммарному вкладу атома в МО, а сумма всех вкладов всех атомов в МО равна 100%. При этом очень удобно смотреть как вклад отдельного атома в МО, так и вклады его электронов.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Вступайте в ряды Фурье!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!

alexp51
Сообщения: 33
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Сб мар 07, 2020 12:55 am

iAlex прошу прощения а куда исчез Ваш пост про DOS ? В нем было много интересных замечаний .
По моему в gausssum http://gausssum.sourceforge.net/ реализовано то о чем вы писали. Или я ошибаюсь?

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 736
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Сб мар 07, 2020 12:00 pm

iAlex прошу прощения а куда исчез Ваш пост про DOS ? В нем было много интересных замечаний .
Действительно, был интересный пост, куда он пропал?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12130
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вт мар 24, 2020 5:09 pm

Nocoloring.jpg
А почему Color atoms by atomic properties не работает?
Ни из орки, ни из гауссина, ни в build 526b, ни в 568b.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12130
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вт мар 24, 2020 5:48 pm

Вот кстати еще один неприятный баг:
Открываю аутпут расчета частот.
отмечаю несколько атомов
показываю параметр
включаю колебание
делаю клик правой кнопкой мыши по меняющемуся значению (ок, это совершенно нелогичное действие но оно не должно вызывать ТАКОГО поведения)
получаю
Nonclosable.jpg
при закрытии окна ошибки оно моментально открывается заново.
основное окно неоперабельно, я не могу его даже закрыть.
Из панели задач закрыть программу невозможно, только убить диспетчером задач.
Глюк прекрасно воспроизводится в обоих вышеупомянутых билдах в нескольких опробованных стилях, включая Basic1, Basic2 и собственный на основе Гиперхемовского. Тестить все - мне надоело дергать диспетчер задач.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 736
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт мар 24, 2020 5:53 pm

Гесс писал(а):
Вт мар 24, 2020 5:09 pm
А почему Color atoms by atomic properties не работает?
Ни из орки, ни из гауссина, ни в build 526b, ни в 568b.
Исправил в b574.

alexp51
Сообщения: 33
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Пн мар 30, 2020 10:44 pm

Коллеги, а у меня Color atoms by atomic properties не работает для конкретного out файла Gaussian.
Гляньте пожалуйста.
Спасибо
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

alexp51
Сообщения: 33
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Пн мар 30, 2020 11:00 pm

Коллеги и еще вопрос по VASP. У меня на 574 версии и на всех остальных на открываются POSCAR .
Это стандартные фалы взятые из https://www.vasp.at/wiki/index.php/Ni_1 ... relaxation и
https://www.vasp.at/wiki/index.php/CO_on_Ni_111_surface
Пардон что заархивировал, в незазипированном виде они почему то не приаттачиваются
Не подскажете почему не открываются?
Спасибо!
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12130
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Пн мар 30, 2020 11:47 pm

Я с телефона, 568 и 526 которые у меня открывают поскары. Но Direct координаты для неортогональных ячеек некорректны (декартовы нормально). Ваши файлы гляну позже.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 736
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт мар 31, 2020 11:09 am

alexp51 писал(а):
Пн мар 30, 2020 10:44 pm
Коллеги, а у меня Color atoms by atomic properties не работает для конкретного out файла Gaussian.
Гляньте пожалуйста.
Спасибо
В build574 это исправлено.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 736
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт мар 31, 2020 12:12 pm

alexp51 писал(а):
Пн мар 30, 2020 11:00 pm
Коллеги и еще вопрос по VASP. У меня на 574 версии и на всех остальных на открываются POSCAR .
Это стандартные фалы взятые из https://www.vasp.at/wiki/index.php/Ni_1 ... relaxation и
https://www.vasp.at/wiki/index.php/CO_on_Ni_111_surface
Пардон что заархивировал, в незазипированном виде они почему то не приаттачиваются
Не подскажете почему не открываются?
Спасибо!
Эти файлы какие-то нестандартные. Chemcraft не может найти в них обозначения типов атомов в молекуле. В старом формате VASP в первой строке напечатаны типы файлов, например Bi I. В новом формате в первой строке напечатана брутто-формула. В ваших файлах нет ни этого ни этого.

alexp51
Сообщения: 33
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Вт мар 31, 2020 1:33 pm

Спасибо большое за ответы, но дело в том , что именно для файла C16H10ram.zip который я приаттачил и build574 не работает , для больших структур работает. Если можно, гляньте пожалуйста именно этот файл.
И по поводу VASP - таки да похоже не стандартные , но самое интересное что не я их придумывал , а они взяты прямо с сайта VASP причем в VESTA они открываются, но мне стиль Chemcraft больше нравится ...

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12130
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вт мар 31, 2020 1:36 pm

Как бы тупо это не прозвучало, но я вынужден согласиться - файлы на официальном сайте васпа нелогичны. То есть я готов поверить что в паре с POTCAR - VASP сможет по ним считать но вцелом файлы не содержащие указания КАКИЕ в них атомы это нелогично. CONCAR (по сути окончательный POSCAR) которые мне генерирует васп - логичны (содержат типы атомов, хотя вних геометрии вчастичных координатах). OUTCAR должны визуализироваться нормально.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12130
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вт мар 31, 2020 1:38 pm

alexp51 писал(а):
Вт мар 31, 2020 1:33 pm
причем в VESTA они открываются
С каким типом атомов??!?

alexp51
Сообщения: 33
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Вт мар 31, 2020 4:00 pm

Спасибо Гесс! По поводу типов я уже писал но почему то это на форуме не появилось . Нет там вообще какие то левые атомы рисуются. То есть вы считаете что в таком виде задачу можно запускать на счет?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12130
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вт мар 31, 2020 4:15 pm

Я не знаю. ВАСП должен откуда то узнать типы атомов. Единственное место где они прописаны - это POTCAR.
Я надеюсь что на официальном сайте ВАСПа должны быть рабочие инпуты. Добавьте к ним POTCAR и проверьте. Мне счас недосуг.

alexp51
Сообщения: 33
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Вт мар 31, 2020 4:22 pm

Спасибо! Дальше я сам разберусь.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 736
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт мар 31, 2020 5:08 pm

alexp51 писал(а):
Вт мар 31, 2020 1:33 pm
Спасибо большое за ответы, но дело в том , что именно для файла C16H10ram.zip который я приаттачил и build574 не работает , для больших структур работает. Если можно, гляньте пожалуйста именно этот файл.
Посмотрел - у меня всё раскрасилось нормально.

Update: нет, действительно первая секция с визуализацией не раскрасилась, хотя вторая (с частотами) раскрасилась. Буду разбираться.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 736
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пн июн 08, 2020 5:33 pm

Необходимо только их возвести в квадрат, просуммировать, нормировать и вывести в % для каждого электрона каждого атома в каждой МО с учетом виртуальных базисных функций, чтобы сумма вкладов в каждой МО равнялась 100% или 1.
Поясните, что значит "с учётом виртуальных базисных функций"? Сумма вкладов занятых АО должна быть равна 100%, или всех? И не очень понял, что значит "для каждого электрона каждого атома".

Tatyana111
Сообщения: 34
Зарегистрирован: Вс янв 17, 2016 3:25 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Tatyana111 » Сб сен 12, 2020 4:23 pm

Здравствуйте, Vit Nhoc!

Я в свое время официально покупала программу ChemCraft с бессрочной лицензией.
Сейчас у меня переустановлена Windows, и я не могу установить программу ChemCraft.
Программа пишет, что срок действия ключа истек, его нужно обновить, отправив запрос с указанием e-mail.
Запрос я отправляю, и на почту приходит письмо с информацией, что срок действия лицензии истек, а мне предлагается купить новую лицензию.

Вашей программой я активно пользуюсь, и всегда даю ссылку на нее в статьях.
Понятно, что такая ситуация меня не очень устраивает.
Как теперь быть?
Последний раз редактировалось Tatyana111 Сб сен 12, 2020 5:49 pm, всего редактировалось 1 раз.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей