Заморозка атомов в программном пакете PRIRODA

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Nikolya_Rodionov
Сообщения: 21
Зарегистрирован: Вт дек 22, 2020 4:58 pm

Заморозка атомов в программном пакете PRIRODA

Сообщение Nikolya_Rodionov » Пт мар 26, 2021 11:05 pm

Добрый день, господа! Просвятите, пожалуйста, как в PRIRODA морозить атомы? В мануале прописано только про длины связей, углы и тд. А как насчет полной заморозки координат? Просто если через длины и углы морозить-это с ума сойдешь, когда речь идет и фиксации подложки?

Metalian
Сообщения: 83
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Заморозка атомов в программном пакете PRIRODA

Сообщение Metalian » Сб мар 27, 2021 6:55 am

Заморозить тупо отдельные атомы или даже отдельные xyz-координаты отдельных атомов, как это делается, скажем, в Quantum Espresso, в Природе невозможно. Ну или, по крайней мере, в тех версиях, с которыми я работал, было так. Вероятно, дело в том, что оптимизация геометрии идёт во внутренних координатах, которые так или иначе генерируются через длины связей, углы и т.д.

Nikolya_Rodionov
Сообщения: 21
Зарегистрирован: Вт дек 22, 2020 4:58 pm

Re: Заморозка атомов в программном пакете PRIRODA

Сообщение Nikolya_Rodionov » Сб мар 27, 2021 12:10 pm

Metalian писал(а):
Сб мар 27, 2021 6:55 am
Заморозить тупо отдельные атомы или даже отдельные xyz-координаты отдельных атомов, как это делается, скажем, в Quantum Espresso, в Природе невозможно. Ну или, по крайней мере, в тех версиях, с которыми я работал, было так. Вероятно, дело в том, что оптимизация геометрии идёт во внутренних координатах, которые так или иначе генерируются через длины связей, углы и т.д.
Там просто есть команда cartesian=1, которая, как я понял, заставляет вести расчет не через внутренние координаты, а именно через xyz из input файла... Думал, что можно как-то заставить из не двигаться)
Просто хотелось сократить немного время расчетов.

Metalian
Сообщения: 83
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Заморозка атомов в программном пакете PRIRODA

Сообщение Metalian » Сб мар 27, 2021 12:52 pm

Попробуйте написать автору. В Природе очень много всего недокументированного, но обычно Дмитрий отвечает на письма и делится секретами.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя