Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[Vit Nhoc]

Ну вообще-то, на 64 разрядной версии линукса содержать wine не очень удобно.

А Windows64-версия не решает проблему?

[Vit Nhoc]

Новая версия программы:

http://www.chemcraftprog.com/files/Chem ... 65_win.exe

Исправлен баг с Edit/Set point group, и генератор входных файлов с нестандартными базисными наборами теперь поддерживает формат Gaussian.

[Vit Nhoc]

Исправлены некоторые баги:

http://www.chemcraftprog.com/files/Chem ... 72_win.exe

Я вот думаю, может мне стоит переименовать программу? Например, в QChemTools.

[Гесс]

Дело конечно ваше, но имхо Chemcraft - уже устоявшееся имя.
А раскрутку QChemTools надо будет начинать с начала. Плюс ассоциации с Q-Chemом.

[Tatyana111]

11) Любые другие предложения

Здравствуйте!

Хочу поблагодарить за очень удобную программу и внести некоторые предложения, касающиеся усовершенствований в части работы с симметричными системами.

1. Можно ли сделать так, чтобы при изменении какого-либо параметра молекулы автоматически изменялись симметричные параметры с сохранением исходной симметрии молекулы?
Например, если мы имеем молекулу с несколькими симметричными связями, то чтобы при изменении длины одной связи автоматически менялись длины всех симметричных связей и симметрия молекулы сохранялась. И то же самое касается валентных и двугранных углов.
Вроде бы подобная опция есть в GaussView, но неудобно бегать от одной программы к другой, хочется работать уже только с одной, и ChemCraft во многих отношениях удобней.

2. Можно ли расширить набор задаваемых и определяемых точечных групп симметрии?
Конкретно интересует возможность задавать симметрию плоских молекул с порядком главной оси выше восьми (в нынешней версии это максимальный порядок), т.е. D9h, D10h, D11h и с порядком до 14-16ти.
Подобные молекулы нередко изучаются, и приходится либо задавать нужную симметрию через z-матрицу, либо через Gamess, что не очень удобно.

Спасибо.

[Vit Nhoc]

11) Любые другие предложения

Здравствуйте!

Хочу поблагодарить за очень удобную программу и внести некоторые предложения, касающиеся усовершенствований в части работы с симметричными системами.

1. Можно ли сделать так, чтобы при изменении какого-либо параметра молекулы автоматически изменялись симметричные параметры с сохранением исходной симметрии молекулы?
Например, если мы имеем молекулу с несколькими симметричными связями, то чтобы при изменении длины одной связи автоматически менялись длины всех симметричных связей и симметрия молекулы сохранялась. И то же самое касается валентных и двугранных углов.
Вроде бы подобная опция есть в GaussView, но неудобно бегать от одной программы к другой, хочется работать уже только с одной, и ChemCraft во многих отношениях удобней.

2. Можно ли расширить набор задаваемых и определяемых точечных групп симметрии?
Конкретно интересует возможность задавать симметрию плоских молекул с порядком главной оси выше восьми (в нынешней версии это максимальный порядок), т.е. D9h, D10h, D11h и с порядком до 14-16ти.
Подобные молекулы нередко изучаются, и приходится либо задавать нужную симметрию через z-матрицу, либо через Gamess, что не очень удобно.

Спасибо.

1. Мне кажется это нецелесообразно. Вы можете изменить параметр и потом выбрать Edt/Set point group.

2. Пожалуйста приведите пример молекулы с такой симметрией.

[Tatyana111]

1. Мне кажется это нецелесообразно. Вы можете изменить параметр и потом выбрать Edt/Set point group.

Здесь не так просто. Если мы меняем один из симметричных параметров в молекуле, а потом устанавливаем прежнюю симметрию, то у нас все симметричные параметры усредняются, т.е. усредняются один измененный параметр и оставшиеся неизмененные. На выходе мы получаем не то значение, которые мы установили, а совершенно другое.
Впрочем, это мелочи. Программа и так замечательная, а с этими мелочами можно приспособиться.

2. Пожалуйста приведите пример молекулы с такой симметрией.

Самый известный пример - призманы, членом этого ряда является кубан C8H8, который есть в библиотеке ChemCrafta.
Один из последних изученных членов ряда - вот такой [12]-призман с симметрией D12h. Он сконструирован из двух параллельных циклических фрагментов C12H12.



Кроме призманов, есть и другие типы молекул с высокой симметрией, которые сейчас изучаются. Если надо - можно привести примеры.

[Гесс]

Оффтоп, just for record, ЕМНИП ладдераны такого размера начинает скручивать и симметрию там использовать тупо опасно.
И я реально затрудняюсь назвать реальные молекулы такой симметрии, так что если можно - мне будут интересны и другие примеры (я люблю симметрии).

[Tatyana111]

ладдераны такого размера начинает скручивать и симметрию там использовать тупо опасно.

Призманы тоже скручиваются, начиная с n=11, а вот D9h и D10h формы призманов все еще устойчивы. Но рассчитывать высокосимметричные формы все равно нужно и для тех, что скручиваются, чтобы знать тип стационарной точки и полную топологию ППЭ. Считаются с высокой симметрией без проблем.

И я реально затрудняюсь назвать реальные молекулы такой симметрии, так что если можно - мне будут интересны и другие примеры (я люблю симметрии).

Если брать из популярных на сегодня, то это разные производные циркуленов и короненов.
Такого типа (D10h и D12h-симметрия):


Варьируя природу атомов X и Y, можно стабилизировать плоские высокосимметричные формы, в литературе есть примеры расчетов плоских систем с n=9, 10, 12. Экспериментальные работы тоже есть.

Ну и бывает, что нужно посчитать простые системы типа аннуленов С12H12, C14H14 в плоской форме Dnh-симметрии (n=10, 12, 14), хотя это и не минимумы. Просто для того, чтобы знать тип стационарной точки, полную топологию ППЭ и механизмы конформационных превращений.

[Tatyana111]

сообщения о багах

Программа невероятно тормозит или вообще зависает при определении симметрии групп Oh, Ih, Td
по команде Edit > Set point group > Auto.

После отвисания определяет нереально долго даже симметрию таких простых молекул, как С4 (Td) или C8H8 (Oh), не говоря уже о фуллеренах.
Можно проверить на примерах из встроенной библиотеки ChemCraft (раздел "Molecules">"3d rings" или "Fullerenes").
С версиями прошлых годов таких проблем не было.

Зависания - только на группах Oh, Ih, Td.
Другие группы симметрии определяет без проблем, в том числе и для молекул большого размера.

[amge]

Пожалуйста приведите пример молекулы с такой симметрией.

Еще вот: Плоские NbB10 и TaB10

[AlexKsen]

Было бы удобнее, если файлы можно было открывать перетаскиванием:)

[VIPer]

было бы удобно ещё использовать chemcraft как монитор out файлов в процессе расчёта, т.е. функция переоткрытия файла есть по cntrl + R или по пункту меню. было бы здорово добавить возможность автоматического переоткрытия файла через выбранный пользователем промежуток времени, скажем раз в 1, 2, 5, 10 и т.д. минут. плюс возможность отключения этого в любой момент.
и ещё когда большое количество шагов оптимизации у файла out слева в "дереве", не очень удобно, когда этот список "бегает", когда выбираешь какой-то пункт, который ниже той части, что помещается на экране.. не знаю, понятно ли объясняю, но как это показать на скрине, не знаю..
может быть, добавить возможность вкладок - т.е. возможность открытия больше, чем одного файла в пределах одного окна. было бы удобно группировать открытые файлы, когда их много.

[VTur]

В предыдущей версии перестали слетать номера и символы атомов при переходе от входной структуры к оптимизированной, в новой снова слетают.
Нет возможности выбрать при открытии out/log файла автоматического изображения номеров и символов атомов. Только символы, да и те слетают при любых переходах

[ Post made via Android ]

[EvgeniX]

ChemCraft не открывает molden-файлы с молекулярными орбиталями, больше чем, примерно 20-30 МБ.
Могу 2 примера привести одного и того же соединения, посчитанного в разных базисах (10 МБ и 35 МБ), в остальном всё одинаково, первый открывает, второй нет.

[EvgeniX]

В файле Molden с открытой волновой функцией сначала идут Alpha-спиновые обитали (занятые и незанятые), а потом Beta-спиновые обитали (занятые и незанятые). В ChemCraft отображает их всех как Alpha (и по названию в списке, и по цвету/знаку на рисунке).

[Vit Nhoc]

ChemCraft не открывает molden-файлы с молекулярными орбиталями, больше чем, примерно 20-30 МБ.
Могу 2 примера привести одного и того же соединения, посчитанного в разных базисах (10 МБ и 35 МБ), в остальном всё одинаково, первый открывает, второй нет.

Пожалуйста заархивируйте второй файл и пришлите его мне на email, указанный на этой странице:

http://www.chemcraftprog.com/contacts.html

[EvgeniX]

Пожалуйста заархивируйте второй файл и пришлите его мне на email, указанный на этой странице:
http://www.chemcraftprog.com/contacts.html

Выслал. Заодно и пример МО из ПРИРОДы.

[Vit Nhoc]

EvgeniX
Я исправил чтение файлов Molden (проблемы были из-за g-функций). Наверно скоро выложу новую версию. Что касается Природы, тут пока никак. Чтобы сделать визуализацию молекулярных орбиталей из Природы, мне надо сотрудничать с Лайковым (насколько я знаю, сейчас в файлах Природы не печатается достаточно данных чтобы построить орбитали). Я писал Лайкову на email (я вообще хотел бы с ним сотрудничать), а он не отвечает. Ну да, настоящие учёные - они такие (Перельмана вот ещё взять)...

[EvgeniX]

EvgeniX
Я исправил чтение файлов Molden (проблемы были из-за g-функций). Наверно скоро выложу новую версию.

Спасибо!

Что касается Природы, тут пока никак. Чтобы сделать визуализацию молекулярных орбиталей из Природы, мне надо сотрудничать с Лайковым (насколько я знаю, сейчас в файлах Природы не печатается достаточно данных чтобы построить орбитали). Я писал Лайкову на email (я вообще хотел бы с ним сотрудничать), а он не отвечает. Ну да, настоящие учёные - они такие (Перельмана вот ещё взять)...

Из файла ПРИРОДы можно получить файл molden:
1. Взять целиком секцию mos>
2. Заменить "Occup=" на "Occup= "
Это и будет готовый файл Molden! Разве в файле Molden недостаточно данных?

Более того, все отправленные файлы Molden были выдраны мной из ПРИРОДных out-ов.