Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[Гесс]

....

практически ППКС

[Vit Nhoc]

surius,

Всё-таки что это за киллерфичи - GUI для генерации входных файлов?

[surius]

surius,

Всё-таки что это за киллерфичи - GUI для генерации входных файлов?

то-то и оно, что практически ни у одного вьювера нет таковых (GUI для генерации, преимущественно, ну и так спектр какой-нибудь глянуть, переходы, и МО), но у них есть родительский софт (Gaussian, Turbomole, ADF) и люди (я) пользуют его не за то что он умеет что-то такое-эдакое, а просто потому что он дефолтный, есть и покрывает 90% нужд. Проще говоря им (основным игрокам на рынке КХ ПО) не нужно сильно и пыхтеть, даже если вьювер будет только для галочки им (вьювером) один черт будет пользоваться. И только те 10% задач (примерно, может и того меньше) идет на стороннй софт. Тут видимо МД'шники со мной не согласятся, так как у меня сложилось впечатление что именно в МД как разнообразность софта основного (расчетного) так и визуализаторов просто огромна (взгляд сугубо со стороны).
Дополнительный негативный эффект и использованию 3-его (стороннего) приложения кроется в том что в "регулярном вьювере" вы все занете, вы просто делаете и не думаете над рутиной, а в новом софте (не тем который вы постоянно пользуете) нужно хоть немного, но "тыкаться" (может просто я старый ).

[Shorku]

Опять никто ничего не знает о Chemcraft. Чтобы экспортировать уширенный спектр, в окне спектра нажмите Export values, затем Copy. Кнопка Interpolation coordinates позволяет вручную задать, по каким границам с какими интеравалами строится уширенный график.

упс, под вайном эта кнопка наполовину съелась, я и не заметил, прошу прощения

[Vit Nhoc]

Прошу ознакомитсья с предварительной новой версией Chemcraft:

http://www.chemcraftprog.com/files/Chem ... 31_win.exe

Что нового:
Базовая поддержка формата PSI (геометрии, градиент, частоты, дипольные моменты, энергии, SCF/CC сходимости).
Усовершенствован режим 2d style
Программа читает и записывает MDL файлы (v2000 и v3000)
XYZ файлы от Empire с пятью колонками могут быть открыты
При визуализации файла Gaussian со сканированием, сканированный параметр может быть быстро отображён на рисунке
Исправлена визуализация файлов PDB
Разные доработки, исправления багов.

[Гесс]

немного оффтоп, одна из немногих статей где я опознаю кемкрафт

[alxyppv]

Мне наконец пришло в голову пришло, чего мне в Chemcraft не хватает (или я не понимаю, как это сделать; так-то Chemcraft у меня уже много лет стандартный вьюер на каждый день):

1) проецирование данных из cube файла на поверхность (изоповерхность из другого cube файла). Стандратное применение такой процедуры - визуализация электростатического потенциала на изоповерхности электронной плотности. Насколько я понимаю, в настоящий момент можно делать такую проекцию только на сферы вокруг атомов (см. рисунок как это обычно получается в Chemcarft), что в некотором роде близко к изоповерхности электронной плотности, но все-таки не совсем...

ESP.png

2) «сглаживание» изоповерхностей построенных на не очень частой сетке – хотя это, конечно, пижонство уже... я такое в одном пакете только видел (VESTA). Бывает полезно например, когда для чего-то надо визуалировать атомные бассейны (см. рисунок – на нем хорошо видны «ступеньки» из-за ограниченоости сетки, а чаще сетку сделать сложно или очень затратно)

basin.png

3) этот пункт уже совсем неважный, но если его легко "исправить" - то почему бы и нет...
У меня в Windows по умолчанию стоит открывать *.xyz при помощи Chemcraft. Проблема в том, что молекулярно-динамические траектори тоже часто xyz. И если в траектории больше 1000 шагов (что стандартно), и я по ошибке пытаюсь открыть этот файл Chemcraft'ом, то он очень долго думает, а потом выдает несколько сообщений об ошибке типа "The exception unknown software exception () occured..." и "Access violation..." причем последнее сообщение может быть много раз подряд. Если бы вместо этого был бы просто check на количество шагов и одно сообщение - "не могу, мол, и не просите", было бы наверное лучше.

[Vit Nhoc]

1. Мне надо думать, как сделать чтобы о возможностях программы все знали заранее. Для наложения куба на изоповерхность можно выбрать Map other (под кнопкой Both-signed).
Для вашей задачи надо сделать так:
1) Получить chk-файл вашей молекулы;
2) С помощью программы formchk.exe превратить его в .fch файл;
3) С помощью программы cubegen.exe построить из этого файла два куба (первый - с ключом Density, второй с ключом Potential=SCF);
4) Открыть оба куба в Chemcraft через File/Open multiple files
5) Выбрать куб Density, нажать Show isosurface, после чего выбрать Map other / 1.

2. Если будут ещё запросы, я это попробую сделать. Всё-таки это довольно трудоёмко.

3. Вроде последняя версия программы открывает multiple xyz любых размеров, проверьте.

[endlesslake]

Немного оффтоп, но может быть кто нибудь подскажет, какой на данный момент наиболее удобный способ визуализации орбиталей из Орки?

[alxyppv]

это наврное не совсем то, что Вы хотите, но когда мне надо визулизировать орбитали из Орки, я через orca_plot и gbw файл создаю кубы для нужных мне орбиталей.

[alxyppv]

1. Мне надо думать, как сделать чтобы о возможностях программы все знали заранее. Для наложения куба на изоповерхность можно выбрать Map other (под кнопкой Both-signed).

Н-да, так просто... А я пару лет назад бился с ними и так и не понял как сделать то, что надо.

2. Если будут ещё запросы, я это попробую сделать. Всё-таки это довольно трудоёмко.

ну, как я написал - это уже пижонство - если не очевидно, как это делать, то не стоит тратить на это время

3. Вроде последняя версия программы открывает multiple xyz любых размеров, проверьте.

н-да, оказывается я уже 8 лет кемкрафтом пользуюсь, пора лезть за кошельком...
Вопрос - в новой версии изменен формат схем (schemes)? мои старые схемы не "открываются" - или это потому что триал версия, а когда я новую лицензию куплю, все заработает?

[endlesslake]

это наврное не совсем то, что Вы хотите, но когда мне надо визулизировать орбитали из Орки, я через orca_plot и gbw файл создаю кубы для нужных мне орбиталей.

Я так же делаю, но если способов сгенерировать и открыть один файл нет, то наверное было бы хорошо сделать возможным открытие произвольного числа кубов из командной строки.

[Vit Nhoc]

Вопрос - в новой версии изменен формат схем (schemes)? мои старые схемы не "открываются" - или это потому что триал версия, а когда я новую лицензию куплю, все заработает?

Я изменил формат схем и специально изменил названия файлов, поскольку слишком неудобно было бы поддерживать и старый, и новый формат. Надеюсь, больше изменения формата не будет.

По Орке - надо во входном файле указать “printbasis” and "largeprint", тогда Chemcraft будет строить орбитали по выходному файлу. Только для меня вечная головная боль - как проверить, что орбитали рисуются без ошибок. С Gaussian-ом для этого я пользовался cubegen.exe.

Несколько кубов сразу можно открыть через File/Open multiple files.

[alxyppv]

Это ответ endlesslake
Это уже немного офф-топ (точнее, не по теме ветки) - наверное стоит куда-то перекинуть это посты...

если честно, я не совсем Вас понял. На всякий случай, точнее опишу что я делаю
1) в результате расчета Орка создает файл *gbw
2) далее я запускаю команду orca_plot *.gbw -i
3) в и"интерактивном№ режиме выбираю параметры куба (тип файла, частоту сетки)
4) там же даю номер нужной мне орбиталии и выбираю "создать куб"
5) если мне надо больше одной орбитали, то не выходя из программы даю номер следующей, выбираю "создать куб", и так сколько угодно раз (параметры куба заново вводить не надо). в зависимости от размера молекулы и сетки, генерация одного куба занимает от пары секунд до нескольких десятков секунд, т.е. создание 5-10-20 орбиталей не занимает много времени
6) если известно заранее, каки орбитали нужны, то можно их прописать уже во входном файле Орки (в блоке %plots ), и тогда они сгенерятся автоматически в конце расчета

[alxyppv]

1. Мне надо думать, как сделать чтобы о возможностях программы все знали заранее.

Мне кажется, у Вас на сайте не хватает вкладки типа Gallery, где было бы приведено много примеров визуализации разных объектов (молекул, кубов, спектров и т.п., операций с кубами, орбиталями и проч.) при помощи Chemcraft. Т.е. того, что уже есть во вкладке Demonstration, но примеров дать больше (например про уширение линий почти никто не знал, хотя это веьсма удобно и многим нужно) - ну и может для каждого примера в 1-2 предложения написать, какими опциями программы это достигается.

[endlesslake]

Это ответ endlesslake
Это уже немного офф-топ (точнее, не по теме ветки) - наверное стоит куда-то перекинуть это посты...

если честно, я не совсем Вас понял. На всякий случай, точнее опишу что я делаю
1) в результате расчета Орка создает файл *gbw
2) далее я запускаю команду orca_plot *.gbw -i
3) в и"интерактивном№ режиме выбираю параметры куба (тип файла, частоту сетки)
4) там же даю номер нужной мне орбиталии и выбираю "создать куб"
5) если мне надо больше одной орбитали, то не выходя из программы даю номер следующей, выбираю "создать куб", и так сколько угодно раз (параметры куба заново вводить не надо). в зависимости от размера молекулы и сетки, генерация одного куба занимает от пары секунд до нескольких десятков секунд, т.е. создание 5-10-20 орбиталей не занимает много времени
6) если известно заранее, каки орбитали нужны, то можно их прописать уже во входном файле Орки (в блоке %plots ), и тогда они сгенерятся автоматически в конце расчета

Просто я написал скрипт который это делает для заданного диапазона орбиталей, но программа которая клеит кубы в многоорбитальный куб пока медленная и глючная. Возможность открыть несколько кубов через командную строку позволила бы от нее избавиться. Искать их через меню - уже не то, с моей точки зрения.


Vit Nhoc, “printbasis” and "largeprint" - попробую, спасибо.

[Гесс]

угу, какая то комбинация "мануала" или большого списка (как то структурированного, типа - "1) фичи для построения молекул": стандартные фрагменты, выделение сразу кучи атомов, выделение атомов фрагмента, думмиатомы в центр выделения, задание параметров, симметричный и несимметричный сдвиги при задании новых параметров, перемещение выделенного фрагмента, задание связи, замена атомов.... "2) фичи для вывода геометрии в инпут": задание зет-матриц, типы файлов сохранения... "3) Работа с аутпутами", "4) Создание анимаций", "5) Работа с кубами") с отсылами на видеоролики

[Shorku]

Vit Nhoc, “printbasis” and "largeprint" - попробую, спасибо.

Если не заведется с largeprint, то printbasis в строке после ! и отдельным блоком %output print [ p_mos ] 1 end

[Vit Nhoc]

Перерыл ноут, но таки нашел визуализатор CD, ORD, UV и почему то HPLC.

Я его посмотрел, пока не разобрался что такое ORD и HPLC. Очевидно мне нужно реализовать в Chemcraft визуализацию TD и MRCI спектров из файлов Turbomole, Orca, Dalton, ADF, NWChem, но для этого нужны примеры выходных файлов.
Визуализация CD спектров из файлов Gaussian в Chemcraft есть.

Для DFT-D расчетов иметь возможность посмотреть на график сводимости как с так и без Д-коррекции. (или на оба чтоб видеть как плавала поправка Гримме). Некритично мне.

Вы имеете в вилу график сходимости оптимизации геометрии?

[Vit Nhoc]

Я сделал галлерею. Прошу взглянуть на неё, и подсказать что стоит добавить:

http://www.chemcraftprog.com/gallery.html